Special

HsaINT1010898 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28404]
Coordinates
chr1:197553022-197583253:-
Coord C1 exon
chr1:197583152-197583253
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr1:197553022-197553112
Length
30039 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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TTTATTTGATACATTTTATTTGACACTTTTTAATTCTAG
Seq C2 exon
TTTATCGATGGTCGACTGGCAAAACTAAATGCAGGAAGGGGTTTCTCTGATGTATTTGAAGAAGAGATCACTTCAGGTGGCTTTTGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047:ENST00000620048:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0345514=dDENN=FE(49.3=100)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PD(6.0=12.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains