HsaINT1010898 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28404]
Coordinates
chr1:197553022-197583253:-
Coord C1 exon
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Length
30039 bp
Sequences
Splice sites
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TTTATTTGATACATTTTATTTGACACTTTTTAATTCTAG
Seq C2 exon
TTTATCGATGGTCGACTGGCAAAACTAAATGCAGGAAGGGGTTTCTCTGATGTATTTGAAGAAGAGATCACTTCAGGTGGCTTTTGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047:ENST00000620048:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345514=dDENN=FE(49.3=100)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PD(6.0=12.9)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains