DreINT0058300 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062630 | dnah9l
Description
dynein, axonemal, heavy polypeptide 9 like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050506-1]
Coordinates
chr6:10427474-10430668:-
Coord C1 exon
chr6:10430577-10430668
Coord A exon
chr6:10427601-10430576
Coord C2 exon
chr6:10427474-10427600
Length
2976 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGTG
5' ss Score
4.58
3' ss Seq
TCTGTTAATGTGTATTTCAGGCT
3' ss Score
8.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCAATGATCAGCATTGTGGAGACAGATAATGTGATAAAGGTCACTAACCAGCCAGGCTTCTTGGAGCAACTTGAAACTCTTCAGCAGAG
Seq A exon
GTAGTGTGCGTTATTATTCCCAGTGTAAATGACCCCAAATAATCCATCTTAACAGTTCATTGTTAAATTCAGGGTTCATAGGGGAAAACTTTGAAATGTAGTCATTTTAGTTAAGTGTTTTCAAGACATTTTGGATAAAGTTCTTGAAAAATGTAATTGTATTGCTTTTCTAATAATGTATCTTACTAAATAGTATCTTACTTATAAAATAATTACTATACTATTCTACACTATACTATACTGTGCTGTATTGTTTTATACTATACTATACTATATTATACTATGCTATACTGTGCTGTACTGTTTTATACTATACTATACTGTGCTGTACTGTCATGTTTTATACTATACAATACTATACTATACTATACTGTGCTGTACTGTTTTATACTATACTATATCATGCTGTGCTGTGCTGTACTGTCATGTTTTATACAATACTATACTATACTATGCTATACTATACTATACTATACTATTTTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATAATGTTTTATACTATACTATACTATACTATAATGTTTTATACTATACTATACTATACTATACTATGCTATTGACCTTATTCTTGACGTATAAGCGGGTGGAGCTATTGGAATTTGTTTCGTCTGATATAATTATATTATTCTATTTAGTCATGAACAGTAGTTTGATCATTTCCTGATGTTTATTATTCTTAGTAATTTCTCCCATAAGAAACTGAATTGGAAGTTCTAAAACAATCGCAAAAATAAGCGCACTTCCACATCGCCGAATAAGACTACAATATCTTGCCTAATTACTTAAACCTGCCTAGTAAACCTAATTAACCTAGTTATGTTTTTAAATGTAACTTTAAGCTGTATAGAAGTTTCTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATGTACTGTCATCTTGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAATCTTCTCTCCGTTAAACAGAAAATGGGGAAATAAACAGGGGGGCGAATTATTCAGGGGGTTTAATAATTCTGATTGGAACTGTATGTAAATATGTAATTTGCCACACTTGTAAAATGAAAATGCAGCTGAAAAGTGCTTGAAAAGTGAACAATACACCTTTTTTATTTTTTAAAAAGGCTCATTTTACAAGTCTCCTAGAGTTAAAAAAAAAACAGTTGACCTTCTTTTAGATGCATTCTGCCGGTTTTGCAGCGTATGAATGGGCTATTTATAAATTATGTTTATGTTAAAAACTCTTTTTTGATTTTTTTTTTTAAACAAAATGCTTATGGTCAAATCCGATTCAGCTCATTATGCTAAACCAAGCTAAAAGTGACCTGGCCAGAACAAGAAATTGGCTGAATAGATTAAAAAATGGTTCAAGTCAACTGTTAGCTGCTAAAAGCTATTAGTTACTAGTTAAATAGCCAAAGGCCACCTATGATGAAAATCAACTTTAGTAAGCTGACAGAACTGTGTGTATGTATAGTGTGTCCACAGTCATATTGGAGGGAAAGAAACCCAACAAATTTCCTCACTTTCAAATAGAACCCAAATCCAAGTGATTCTAAGGCCCACCGCAACGTGATGTAAGAGTGCGGTTTCCCTGCCTACTGAATTAATTAACAGGCGCCATGTTTCTATAATAACATGTATACACATGTCCACAGAATATTTTGGAATTAAAATATTTGTTTCAACTTTCTGTGATTTTTAGTTTTATGAAGTTTTATAAGTTTAAAACGTTTTTAAAACAGAGCATGTTTGTAATAAAAAAAGTAAAATCACTACGTAATTCTTAACCGCTGTAATCACCACGGCTGCATGGTGCAAGTTAAAGCTAATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTGTAAACAGCATTTGTGTGAGACTCATCATTTCCATCCCAATGAGGGAAAAAATCACTTTCGCGAACGCTCACGCTCACGCTCACGCTCACGCTCACGCTCACGCTCACGCTCAATCTGCCCAGTTGGTGGAATGAACTCCCTAACTGCATCAGAACAGCAGAGTCACTCGCTATTTTCAAGAAACGACTAAAAACTCAACTATTTAGTCTCCACTTCACTTCCTAATCTGCAATTGCCTCTGAATATCACATTAACTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTACTAATACTTCCCTTCTTAGACTTTACAGACCTGAAACTTGCCTTTAGTACTTATTCATTGTTGCTCTTAGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAAATGTAAATTTCAGAAAGGCTTGAATAAACTCTACTACAAATACATAAAATAAACGTACTTAGTATTTTTGACTAATGAGCTGTTTTTTAGCTTCTTCCGAGTCTGTCTCTATCACTGACGGCTGTTTATCTGACGTAATGCATAAGAAGCAGACACACACATGGGAGCAGTGGGCGGGGAGAAGCAGCTCATTTGCATTTAAAGCCACAGGCTACAGAAACAGCTATACTGTACTCTGTAAAATTCTGGAGGCTATGGTAAATAATCTGATAGGTATTTTGAGCTAAAACTTTACAGACACATTCTGGAGACACCAAAGGCTTATCTTACATCTCGTAAAAAGGCTTATATAGGGGCCCTTTAATGTTATTAGTAACTAATAAAGTTATGTTAACTGATCACCTTAACTTTTTTGAGTTTGATTGTAATACAATAATGTTTTAACTGTACTGTTTTTCAGAAAGCTGTTTTGAAACAATAATTATTGTGAAAAGCGCTATACAAATAACCTTAAATTGAATTGAACTTTAGAAAACTTTTAAAATGAGCCTTTTTCGGAAAAAATGTAAGAAGTCTGAAAACCTAAATAATTATATTTGTGTGTCTGTTAATGTGTATTTCAG
Seq C2 exon
GCTGTCAGTGTGCGAGAAGGCACTGGCTGAATATTTGGAGACGAAGCGTTTGACATTTCCACGCTTTTACTTCGTCTCGGCTAGTGACCTGCTGGAAATAGTTTCTAAGGGAACTCAGCCCAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062630:ENSDART00000150908:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083938=DHC_N2=FE(7.2=100)
A:
NA
C2:
PF083938=DHC_N2=FE(10.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]