DreINT0058782 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010042 | dnm1a
Description
dynamin 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-27]
Coordinates
chr5:1267186-1273493:+
Coord C1 exon
chr5:1267186-1267253
Coord A exon
chr5:1267254-1273354
Coord C2 exon
chr5:1273355-1273493
Length
6101 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCACGT
5' ss Score
2.9
3' ss Seq
CCGTTCTCTTTGGCGGGCAGAAC
3' ss Score
5.86
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGAGTTTGATGAGAAGGAGCTGCGTAAAGAGATCAGCTACGCCATCAAGAACATCCACGGCATCAG
Seq A exon
GCACGTCTGGCCTTTATTTCTGTCCTGATCTCCGTCCTTTTCCTTCGTTTTCAGTTAAACTTTGAGTTTTACACCACCGATCAAAAGTGTTAGACCCGTTACCATTTTTAATGCAGTTTAAAGACGTCTCTTCTGCTCTCCAGGACTGCTGTTTTAGATCCAGAGTAAAGCTACACAGTAAAATCTGAAATATTTACTATTTAAAATATCTGTTTTCTAAAAATCTTTGAGTTTTTTGGTGACTAAATAATCTTAAATGATATTTCTATACAGCACGGATGCATGAAATAGATAAATGTGCTGAAAATGTGATGATAAACTATTTCATATTTCAGATAAATGCTGCTCTTCTGAACTTTCTGTTCATCATATAAAGCTGAAAATGTGTATAAAATGTACATATTTATTTAATCAGCATATATATATATATTTAAATATATATATACACACATAAATATATTCACTGGCCACTTTATTAGGTACACCTGTCCAGCTGCTAGTTAACGCAAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCAGCTCAGTGCATTTCGGCATGTAGACATGGTCAAGACGATCTGCTGCAGTTCAAAGTGAGCATCAGAATGGGGAAGAAAGGGGATTTAAGAGACTTTGATCGTGGCATGGTTGTTGCTGTCAGACGGGCTGCTCTGAGTATTTCAGAAACTGCTGATCTACTGGGATTTTCACGCACAACCATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGCTCCGACAAAGAGGAAATATCCAGTGAGCGGCAGTTCTGTGTGTGCAAATGCCTCGTTGATGCCAGAGGTCAGAGGAGAATGGCCAGACTGGCTCCAGCTGATAGAAAGCACTTAAATAAGCACTCGTTACAACCGAGCTCTGCAGAAGAGCATCTCTGAACACACAACACGTCCAACCTTGAGGCGGATGGGCTACAGCAGCAGAAGAACACACCGGGTGCCGCTCCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAGGCTACAATTCACACAGACTCACCAAAACTGGACAATAGAAGATTGGAGAAACGTTGCTGCTCTGATGAGTCTCCATTTCTGCTGACACATTCAGATGCTCGGCTCACAATTTGGCTTCAACAACATGAAAGCATGGATCCATCCTGCCTTGTATCAGCGGTTCAGGCTGGTGGTGGTGGTGTAATGGCCATGTCATAAAGCTCAATCATCTCAGACTGGTTTCTTGAACATGACGATGAGTTCACTGTACTCAAATGGCCTCCACAGTCACCAGAGCTCAATCCAATAGAGCAGCTTTGGGATGTGGTGGAACGGGAGATTGGCATCATGGATGTGCAGCCGACAAATCTGCAGCAACTGTGTGATGCTATCATGACAATATGGAGCAAAATCTCTGAGGAATATTTCCAGCAGCTTGTTGAATCTACGCCATAAAGTATTAAGGCAGATCTGAAGGCAAAAGGGATAACCCGGTACTAGTAAGGTGTACCTAATAAAGTGGACAGTGAGTGCATATGTAAACATTGTGTCTGTTTCTGTCTGCATTCTCTGTACTGGTGTGTAATATTGCACTCCTATAATTTATTAATAAGTATTAATGTAATTAATGCAATGCATAATTAATGCAAAAATAGAATTTAATATGAAACGACAGAATGTTTATTTGGCCATACAGCATATTTTACTTCAGATAAATGCATGCAGGCTTGGTGAGCAGGAGTCTTCTTTGAAAAATAAAACATGAATATATTTCTAACTCCTTTAAGCAGTGCTGTACATCACACATCTGATCACAGACGCATCGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCGTAATCATCTGCAGTTTCTGATCAGATCTGTGTGTGCTAGCAAGTCTGAACCGCCGTCTGTGTCTGTGCCTCTCCAGTAAACCCTGTTTCTAGTGCTTTTTGTTTTGTCTCGCAAACAAATTAGTGCTGGGAAAATATTAATCACGATTAATCACATCCAAAATAAAAGTTTGTTTTGACATAATGTATGTGTGTGTGTTATGTACAGTTGAAGTCAGAATTATCAGCCATCCTGCTGTATATTTTATTCCCCAATTTCTGTTTAGCGGAGAGCAGATTTCTCCAACACATTTCTAATCATAATAGTGTTAATAACTCATCTCTAATTACTGATTTATTTTCCCTTTGCCATGATGACAGTACATAATATTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACATGTAAAGGCTTCACTAGGGTAATTAGGGTAAAGTTAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAACATATATAAGTGGTTTGTTCTGGAGACTATACAAAACTGCTTCAAGCTTTATAATGCATTGAGCACATTTTCTGTCTAAGTTTGATACTTAAAGAGCCCATATTATACATGAAATAGGGTCATATCTTGGTTGTAAGGGTCTCCAACAACAGTCTAATATGCATGCAAAGTCAAAAAACACTTTCATGGTCTTATAATCTGCATTTATTTTTACCTAATTATCCCAGCGACTCCTGTATGAATCGTCCAGTGATTCATTTGTTTCCAAACCCCTCCTTAGCGCGAAGCTAATCTGCGCTGATTGGACCGATGACAGCCTGTCACGATTGGTCGACTGCCTTCAGTCAGAGAATGAAATGCCCAATAGCTAATCAGCAATATAAAAGTAATCACAGTTCATGCACGCTCGATAGTGTAGGCGTGGATTTTAGCTGCCACACACACACACAAACACACACACACCTCTGGACGACAACGCTCCAGCTTCCGCCCGCACCCGCCAGGATTTAGCCTGAACCCGACCGCTCCCGCTTATATTTAGAATTTCTTGTCCCGGTGCCCGAACCGCCCCGTTTTCTGCCCGCCGCGCCCGATCCCGCTAAAGAGCGGGGGAGAACATAACCGAAAATCACCCAGCAAAACAGTACAGAGACAGCCAGACAGAGCTCGCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATACGCGCGCACTAACACATACACACAAGCGCCAAGCAGACACACAGGCAGGCAAAGCTCTGTCTCATTCGCATAGCAATATCCACGATATTGCTAGACAGCCCGCTCCCGTCCCAAATTAAACCTGTTACCGACCGCTCCCGCGATTGATTCGGAAATTTATTTTCCAAATTTATTTCCCAGATTTCTGCGGCGCGGGAATAAATTTCCGAATCAATCGCGGGAGCGGTCGGTAACAGGATGCAGACCTCTACCACGGAGCTCCGTAAACAAACAGCACGCGTCGCATTTTTAACGTGACTTTGCACGCGATAAGAGAATATAGCCAGTTAACCTGATAAAGTACACGCGGTTACAAGTAACAAATCACAACTAAATACATTTGCAAGCTAGAGTCAACGAGGCAACTTTAATCGCACGTACTTACACTTGAGAAATGGAGGAAGAAAAATCCATCCTGACGTCCATCAGTTACTCTTTACTGATCCTTCCTTTAACAAACTCAGATGAAGTATTCTTTGTAGCCTGTAGTTTCCAGAAGTTTCCAACTGCTTGGTTATAATGCTGAGGTTTCATCTCTGGGTAGAGAATCGATAATGTCCATCTGCAGTGTGACTTCAATCGACCGGCATGTTTGTGTGCGTGTGTTTGTGGGTGTGTGTGTCTGGGTTACTGCGTCAGAGGGCGGGGCCGCAGGTTTGAAATCTCCCGGGTTTGCGCGTGCACGTGAATAACTTGGTTTCGTTCGTACGTCATGGCGAAACACCTAATGAATCGGTATCAAGGCGACTCGTTTGAAGCACTATGAGTCGACTCTTTTATAGATGAATCAACCGTTTTAAACACTGTACACTAACAGATTTAAGCCTTAGCTGGATACTTCACTTCACTTAGAGCTGTGTTACACACTACATGGAGGGGAATTTTCAAAAACCCATAATATGGGCTCTTTAAGTGGAGATCTCACCTTACCTAATAGAATAAATGAAGGATGCTGCATTTAATTCCTTAAACATATTTTATAATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATAGAAATTATATTTACACTTAAATATCTATGCAAAAAAGTTTTATGTATGTATGGGTGTGTGTGCGTGCGCGTGTGTGTACTACATACATATACAGCATAAATATAAACAGTAACACACACATATATTATGTCAAAACAAACTTTCATTTTGGATGTGATTAATTCCACTTAATCTTTTCCCAGCACTAAGACAGACATTATATTGTCAATAGCTAACATAAGGGGTTCTTTACATCCTTAAGTCTTTTATTATCATGAACAATTAACATAAGCTGTCAAATAGTAAATTAATAAAAAAAAAGATGATTAAATGATTCAATTAAATTTATTTCATTAAAATAAATGTAATATAAAATAAAAAATATAAAATATATATAAATAAAAACGGTATAATATATATATATATATATATATATATATATATAAATATAAATAATGTAATGTTATATATGTGTGTGTGTGTGTATGTATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATGTATATATATATATATAACATTACATTTATATTATATTATATTATAGAGTATATATAATATAAATATATAGTATATCATGTTATGCAAAATCAGGTTAAATACAATTCTTTATAATACATTTAAAAATATTTTAAATAAATTTTCGGTTATATTTTTCTTTCGAATAATTACAAATTGAATGTAATTGTTAAACCTCATGCAAAAAAATGTTTTAGTAGTTTTAGTTTTTTAGTTTTTTTGTAGATAGTCAATACTTCAATTGTACTGAATGTGACATAGTAAATGGTGAAATCAGTACATAATTTCAACAGTTACTGTTAAACTGAACTACTGGAGCTGTGTGTCTTTCTGGAAAAAATAAAATGCCAATCAGAATCAAGC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Seq C2 exon
AACGGGCCTCTTCACGCCGGACATGGCCTTTGAGACCATTGTGAAACGGCAGATCGGGAAGATTAAAGAGCCGTGCCAGAAATGCGTGGACATGGTCATTTCTGAGCTAGTCAATACGGTTAGGCAGTGTACCAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010042:ENSDART00000147972:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=FE(7.5=100)
A:
NA
C2:
PF0103115=Dynamin_M=FE(15.6=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]