DreINT0058784 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009281 | dnm1b
Description
dynamin 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100920-3]
Coordinates
chr5:63014531-63017383:+
Coord C1 exon
chr5:63014531-63014669
Coord A exon
chr5:63014670-63017296
Coord C2 exon
chr5:63017297-63017383
Length
2627 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAC
5' ss Score
8.14
3' ss Seq
TTGTGTGTTTTGTTTGACAGCTG
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCGGTCTGTTTACTCCAGACATGGCTTTCGAGACTATTGTTAAACGGCAGATCGCCAAGATCAAAGAGCCATGCCAGAAATGTGTAGACCTGGTCATCACCGAGCTGGTCAATACAGTCAGGCAGTGCACAAAGAAG
Seq A exon
GTAAACATTACTGGAGGTTTTTTAACATTAATTCCTTTATTCTGCAAGGCATGCACTAACTTAATTAAAAGGGCCAATCCAAAATCTTTAGAAATGTCAACACTAGAACTTAATGTCCCAGATGAGCCCCCTCAAAAGTAATATTGTTTGTAATAATACAATTTTGCACTAACTTGATCAAAATGGACACATTTATAATGCTTATCGAGGAGAGTTGGAGCAAGGGGATTGGCTGAAACCAGAAAAAAGTTGCAGAGCATGAACCAATGCTATCTCTGAAGTATAACACACTAATTTACATAATTATACTTATAATATTATAATAACTATAGCCAAACAAAAATACTCAAACACTGGGAATGTTAATGTCCCGGACGAGCCCCCGATCCCCCCCCCTCCCCTACGAAAATAATATTGTTCGTAATCAGGGCTTTACATTAACACCCGCCAACCCGCCAAAGTTGGGTAGATTTGAGCTGTGGCGGGTTAAACAGATACCTCCACTAGCCACTTTGGCTGGTTGAAGTTTATTTTAAATAATAGTTTTCTTAAAAGCAGGGTTCAGCAATAAAGATGGCTCAATATTCGTGGAAATGTCATCTTAGCAGAAGCAGCACGACAGACAAAAGTAACGTTCGCACAAGCAAAAGAAAGCAGGGGAGTACTAAATGAGAGGATGATCACTCGCGTGCACAGGTAATTTGATGCGCGCGACTGTTTAACAAGCATGCGCGATCACGTTTCCTGGCACGAAGAAACCGTGCCTGGAAACACAACTGCTGCGATTGATTCTCTTTAAAATAGACTGGACAAAAGGTGATAATCGTGCACCCACAATCTTGCTGCTTCCAAAAGCTCTGGATGTTTTTAAAAAAAGTCTTTGAAAGCAGCAGCAATTGCCGGTTTTGTTTGAACTTTTTTGAACAGAACAGATTATGGGCTTAAGGTTACCAGTGTGCACTTGATCATCCTTCCATTGGTATGTTTGTCACCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTAAGGTTATTTTTTTAAATATGGTTTAATAATTATTGTTACAACAACATTGCTTTAATAAGAGATTAACTCCCCATGTGTGTGTAATGTGTAGAAAACTGGTGATCTGAGAGACCTTTAGCCTGGACAGAGGCTACTGTGCATTGTTTTAGGTACATGGAAATATATATATTTTTTAATGGAATAAAAGTATAATAAGAGCATATACAGCTATGTTTTGTATGTTTTGACATATTATTTAACAGAAATAATAGATTTATTTTTTATTTTTGGTGTGGTCAGAGATAAATTTGGTAAATCCTTCATTCTGAGCCCTGAAAAGTCCTGTGAAATAAAAATTAATTGCAATGCGACACCATGAAACCACAACCCATATGCTCATGCACATTAAGCAAGTTCATACACACAAAAAAGTTAAATTATTGAGGCATGTGGATATAACACAATGTCTAAATCAAGTAATTTTAGCATGTCAAAGTCATATTAATGTGTATAAAATATATTTTCCCAACAACAAAAGTGTGGCTAGTGAAAATGGTTAGTGGCTAGTAAAGTTGGAAATCTACTAGCCATAGTGGCTGGTGATCAAAAAAGTCAAGCCCTGTTCGTAATAATAAAATTTTGCACTGACTTGATCAAAATGGACACATTTATAAAGCTGTTATGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATCTAGAGGTATTGATAGCAGAGATATAAGTATCCAGAGTGAGTCTGGCAAAATGCTGGCTGGCACAGCTTTTAGAGGAGAGCTGGATTTCTGTAGGATGTCATTTTAGCTGTCATTTTGTCCCTTTATATGTAGAGTTGATGTCAAAATTGTATTATTTTATAGTTTTTGCCATGATAACAGTACATGGTATAAAATATTTTGTTTGTCAAGATACTAGTATACAGCTTTAAGTGCCATTTAAAGGCTTAATTGGGTTATTAGGTTAAATACATTAGGCAAGTTATGTTAATTAGACAAGTCACTGAAAAAAAAATCTTAAAGGGGCTAATAATATTGACCTAAAAAAAGATAAAAGTTAAATGATTAGATTATTTAAAAGTTAGATTATGATCAGCCAAAATCAAAGCATGTTAGCCAAATTCTGCCTGTTTAAATTTGTGCCTTTGCTTTGATGACATGCAAGTAAAATTCATAAAGAAAAACACACAGGTCAACATACATTGTTTAAATGTGCTAATTTATTTGTTAATTTGATGTTGATTTACGGATGAAAAAATTGCATTTCTCTCAAAAACAAAACACCCAAACACGTGTTTCAATTAGTATTGTATTGTCATGTAAATAATGCAGAATCATTATGCACAATGAAATGCTTCTTCTAAATGATTATGATTGGCTTCATTGTTTATATGTGTAGTGTAATTACTTGCTTCAATTGTCTATTATTATATATTTTTAGTGTACATACTACCCAGAAAAATTCATCATGATTCATCTCTGAAATCTCTTGTTCATTTGTCTGTGGAAATACATTTTGCTTAAACAATAAGTCCTGCTTCTTGTCTGAGAGCTAGTAGGTAATCCAGTATTGTGTGTTTTGTTTGACAG
Seq C2 exon
CTGGCCCAATACCCCATGCTTAGAGAGGAAATGGAGAGGATTGTCACCCAGCATATCCGCGATCGAGAGAGTCGCACTAAGAATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009281:ENSDART00000134261:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.097
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=FE(15.5=100),PF0005618=Ldh_1_N=PU(82.1=97.9)
A:
NA
C2:
PF0103115=Dynamin_M=FE(9.5=100),PF0005618=Ldh_1_N=PD(14.3=27.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]