DreINT0058825 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069937 | dnm2a
Description
dynamin 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050913-84]
Coordinates
chr3:50371178-50382104:+
Coord C1 exon
chr3:50371178-50371226
Coord A exon
chr3:50371227-50381993
Coord C2 exon
chr3:50381994-50382104
Length
10767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
TTCCCCCCTCCGTCCCACAGGTG
3' ss Score
12.95
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCACAGCAAAGGAATATCGTCAACAAGAAGAGGGCCATTCCCAACCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATCCGTAAAGGCTGGTTAACCCTGAACATCAGCATCATGAAAGGAGGTTCAAAGGAGTACTGGTTCGTCCTGACTGCCGAATCGCTGTCCTGGTACAAAGACGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069937:ENSDART00000024031:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.037 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=PD(4.1=70.6)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(35.0=97.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]