DreINT0058839 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000032238 | dnm3a
Description
dynamin 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040724-76]
Coordinates
chr20:14992688-14995303:-
Coord C1 exon
chr20:14995165-14995303
Coord A exon
chr20:14992775-14995164
Coord C2 exon
chr20:14992688-14992774
Length
2390 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAA
5' ss Score
6.82
3' ss Seq
GTGTGTGTGTGTGTTCTCAGTTA
3' ss Score
8.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGGCCTGTTCACACCCGATATGGCGTTTGAAGCCATAGTCAAGAAACAGATTGTAAAACTTAAAGGACCTTGTCTGAAGTGTGTAGACATGGTGATCCAGGAGCTTATCAACACAGTACAGCAGTGTACCAACAAG
Seq A exon
GTACAACATCCTCTTTTACTGTGTGAATGGAAAGAAAAGTCAAAGTAAAACAGTTTTAAATAATGGGGATAACATGTTCCCATTAAAGTCTGAAAGTTTGCTCCAACTAGCAGTTTGGCTATAGGTATACATTTTTCAACAGACTTAAGTGGCATTAGCAGAAAAGAAAATCTTGGAAGATGATGTAATAGTATTTTGATTAAAGATGACCATGCCTAGATTAACAGTATTTATAATACAATTAATAATTGTCTGGAATAACATTTACTGACGGTTGTTTTTACCCTTGTAAAAAAGATTGTACATTAGCATGCTTACAGTTTTTTTTGCTTAATTATTTAATAATGCTAAATGATTTTGCATATTTTAATGGATAATGAACGGTTTTTTTAAATGTTCTATGAGTTTTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAACATCATCATTTATTAATATTTGTTCATAGATTAACTTGATGGATTGGTCCACAATTTGAAATATTTTTTATTCTTTTTTTTTCTTACTTTATCTCTGTTAAGCTAATGTGACACATTCTACCTAGTAAAACTGATATAGACATAAACATAAAGAAATAAATGAATGATGGAGGCTTAAATGGATGGATGTTAAAACACACTAAATATTCAGTGAATATTAAATATTAATAATTAACAATACTATTACAATAGTAAACATATAGTTGTATAAATAGTTCTATAATCCATGTGTAGCTCAAACTGTATTTAAACGATTATGACAAAAGACAAAAGATTATCAAATATATAATATTATAACCAAAAAATCTTTTTAAAACCTTCACTTTGACATTATTATGAAGTTCACTTTGTAAAGTTTAAGTATATTCTCTTTTAGTGCACATCTGTTTATTTAAATTATATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTAATTTTAAACGCCCCTGTTTATTTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAATGGAGGGAAGATTGTTTCAGCAAATTTCTAAACATAATAGTTAACTTATTTCTAATTATTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACACTTTTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTATGCAGGCTAGGTTAATTAGGTAAGTTATTGTATAGCGATGGTTTGTTCTGTAGACTATTGAAAAAAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCAAAACTTGTTTTAAAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTGTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCTAGAAGAAAATAATATTATTAAACATATTGTGAAAATTTCCTTCCTCTGTTAAGCATAATTTGGGAAATGTTTAAAAAAGTTTAAAAAATTCAAAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATATATGGGCGAAGCAGCAGTGGCTCAGTAAGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTTGCTGGTTCAAGCCTCGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCTCTGCATTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCTCACAGTCCAAAGACATGCAGTACAGGTGAATTGGGTTGGCTAAATTGTCCGTGGTGTATGAGTGGATGCTTCACAGAGATGGATTGCGGCTAGAAGGGCATCAGTTGCATAAAAACTTGCTGGATATATGTCAGACAAAAAATAACACCATAAATACAATATAAATATTATTGATACAAGTAGATATACAAAAAATGCTATCAAAATCACGCACAAATACAATACACCACACAAGAAATTATCAGGAAATCATATTTATACACACTAAATAAATGTTAAGCGTAGTCTATTTATTCATAAACTAGCAACTACCAACAACTTTTATTCATGAACTAGCAACTACCTTTAACAGAAGGTAAAATATCTCTCTCTCTCTATATATATATATGCAACAATATAAATACATAAGATAACTTAAAAATAATTGCACTATTAAAGCAAATAATAAGATATAAAAATTAATTAATAAACATTGTTCTGGCTTTTGTTTTATTGTGAGCCAAATCTTTTCAATTCTATGAGCATATAAAAAATCTTTATTAATCAGGGGTCGTTACAGCAAAATGAACCGCCTATTCACATTCAATAAAACAAATCTTTTTGACAATAACTAATTCTTTTTGACAATCTGACAATATTTGAAAAATGGAACTTAATTAGGAAAACAGTGGAAATTTTTACAAATTTCTTGTTGTGGCTGTGCGTGTGTGTGCGTGTGCGCGTGTGCACGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTCAG
Seq C2 exon
TTAGAGTCTTTTCCAAAATTACGAGAGGAGACTGAGAGGATAGTAACCACTCACATCCGGGAACGAGAAAGTCAAACCAAAGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000032238:ENSDART00000152641:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=FE(15.6=100)
A:
NA
C2:
PF0103115=Dynamin_M=FE(9.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]