DreINT0058842 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000032238 | dnm3a
Description
dynamin 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040724-76]
Coordinates
chr20:14981868-14992372:-
Coord C1 exon
chr20:14992321-14992372
Coord A exon
chr20:14981982-14992320
Coord C2 exon
chr20:14981868-14981981
Length
10339 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CCCTTACTTTTGCTCCTCAGGTC
3' ss Score
10.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000032238:ENSDART00000152641:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=PD(4.1=66.7)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(35.6=97.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]