GgaINT1011660 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003164 | DNM3
Description
dynamin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29125]
Coordinates
chr8:4631490-4638770:-
Coord C1 exon
chr8:4638722-4638770
Coord A exon
chr8:4631610-4638721
Coord C2 exon
chr8:4631490-4631609
Length
7112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTGTGCCTGACTGCACCTCTGCA
3' ss Score
-10.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCAACAAAGAAGCAGTCAGGTTAACAAAAGTGCAGTGGGAAATCAG
Seq A exon
GTAGGCACCTTAACAGAGAATGGATAATGGCATGTGCAAGTTAATCCAAGCTGTCTGGTGTGCTTGGCTGCACTTTTTTTTTTTTTTGTGGAATGTATAATTTACCATTTCTGCATGAAACACATAAAATGCATCATCATCTCCTTGTTTTACTGAAGTTTTCAAAGCCACCTGAATTTCATCGTTACCACTGTTAATTGTTTAAAAATCTGCTACTGCTTGCTCTTCTGGTTAGTGCCTCCCCTCCTATGTCATTTAATGCATTGAGTCTTTCATGTTACACACAAATGCATTTTTCCATTAACTGCAAACTTGTGAATTTCAGAATCCAAAACACTGGTGAGTACTTGCTTGTGTGTGCTTTGTCATACAGTTCTTTTTTCTTGTTCTCATGTGCTCACAGCTTAATAGCAGCAAAGGGGCAATTCAGCAAGCAAAAACACATTTGCCTTTGCCTCTGTTGAAAATTTTCAGTTAACTTCTTGAAGATGTTGACTGTGTACCATCATTTTCTCTTGACCTAAACAAAGAATAAGTGCTGATCTCAGTTAAAGTAGCATTTTCACTGAGATTCGTTAATAAAATCAGTTGGCTGTTTGTTTTTATCCCATAACGATATGGAATTGATTCTGCAAGGTGCAAAGTGCTGCTGAGCTTTGCTTCTGTGCTTTTGTGTGGGCCAGGGGTGCTTGGTACTTCACAGGATCGCTCCTAGTTTAATGTGAAATTAAAATGATGAAAATGCTGCTGAGGATTTCTGCTTGCTTTGAGGGTTTTGCAAAGTCTTGAACAGGGGGGAAAAAAAAGTATCGTGGAAACAGTACACGCTTCAATGGGTTTCTGAAAATTCTACTAAACAAAACCAATCAGCTTGTTTATAAATAATTACCCACATTGAATGTCTTCCTGATGGTTTCGTGAGCAATGTGGTCAAAGGTGGAAGGCTGAAGTTCTTGAATGTGACCACTGAGTATAGATCCCTCGAGTGCTAAACCTGAGATTTCAGAAAGTCTCTCACTGTGCTGTCATAAATAAGACGTTATAGGATTTTTTTTTTTTGAAGACTCAGTTGTCTTTTTGGAGATGGAAAGCCAATCTCTTTCTCATACCAAGAAACTGGAAGTTATTTTATTAAGACGTTGGTTGAAATAACTCCATTAACTTCTTAAATGTCATGCTCCCCCGGAGCCCGAGCGGCATGAGTGACATTTTTGATGTAATATATGGTTTGGACTAAAATGAAAAAAGTTGAAAGGTCTAAACACTGAAAAAGCTTCAAAGACTTGCCTCTCCCCTCTGAGGAGAGATTTCCTCTTTATCTAGCTGTGCCGGAACATGTGTCAAACACAACAACTGTCATCACTTCGGAGTGTCCCATAAAAGGAAAATCAGCCAGTTATCTGACTCTTCAAAAATACACAGATGAAACAAATGATTTTTTAATTAAGTGAATGTTCTCTCTCTAAAGAAGTGGAGATGATGCTGGGAGTTCTAAATTGTATGTTCCAACTCAATTACTTATTGGTATAAAGGGCTTTGCTGAACCTTTTATTTTAAAGGTAATAAACAGATGTTTGTAAGTTAATTGTTTGGAGTTGAAAAGAATGAGAAATGTTTCTGCAATAAAACTTCATTTTTGCAATTTGCTATTTCAGGGAACCAATCTACCGCCTTCAAGGCAAATTGTACGAGCTAAGTTCTGTAAGCTTTATTGTTGCTTTTTCATTTAGCTTCTCAGAAGAAAAGTTTGTCTCTAACTCATTGAGTTTTTTTAATACTCGCTACTAAAATACTTAATTTTAAGCTTTTTGTTTGTAACCCTTCCTCAACGAAGTATAATTGCAGTTCATCACTTAGCTGCTACTAACGTGCTGTTACAAGTATGAACCTAGCATAACTCAAAATGTTATAGAAAACTTTGAATAAAATTAATATTTTTATAGCTTACCAAGTTTCTCAAACTAAAACAACTAATTGATGTTTATTATATAGTTGGAAAGCAGTATTTATCTTATGTGAGTGCCTCTACTTATAGTAAACCTTTTCAATTTTATTTTTTAAAGGATGGGTGAATAATAGTTTTTGGTAATCAAAAAAAGTTTAGCTATTGTGGAAATGAACATGCTGTTTATGGCTACAGGTACTGTTACTGGCATTTTGTTTGTTTATACAAAGGAATTACCTCCAGTGGAAAAAGTAGAAATATCTAAAGCCTTTTTAGTATTCTTCTCAAAGCTCCAGGAGGATCAGTATATCATGGACAGATTCCTTTCTAATCCTTCCATCTCATGAATAAATAAAAATGTGAATGCATTTAATATTACTAATTAGAATTAATTGTCTAAAGAGCAGGGATTTTTATAACAAGGTACTTCTGGTTTGGTGATGGTTAGGAGTAAGAAGTAAATTTCTACCGCGTGCATTATCTGGTAATATCTATGATGAAAACATACACAGTTTTCCAGTTTGGTGCCATATCTTTACATTGTATTCAGCCGTGTTTGAAATGCTACGTTGAGTAAAGAAAAAAAAAGGGCTGAGCAGCTCTGATCCTAATGGAAGAAGAATGGAATCTGTCAGGAGATCGAGATCATTCAGATTTCCTGAGTTTTTGGAGTGCTTATTTGCAATCACGTTGCTTTTCTTTTTTGTGATATGCTTTGAACTGGTACGATGGAAACAGCTATTGACCATCTTGATGCATCTCACAAATATGTTGGGCAATGTTGTATTTTAGGAAAAAAATGCAATGCCAATTCCTCTTAACATGTTTTTGCTCCTTTTCCCCTGCTACTAATTTATCCTCTCACGCTCAATCTTTGGCCTCTCTTGTTTTTTCTTTTCCTTGCTACCGCCTGAGGTTTTGACCTGACTCCACAAAGTTTCTTTTTAAGCCACAGGTTAGTTTGTCTTCTAATTTGCTTGAAATAATCAATACAGTGCTTGGTTTTACACAACACACTAACAAGATCCGGATCCTGGGGGCTGGTCTGTGCTTAGCTGCTGTATTATGTATGTTGAGATTTGGTTTTGTTTAAAACTTCCCTTCCGGATGAACTTCAGAAGATGAGGGTATCGTGATCAATGTGCCCAGTCAATATCACTGTGTGTGAGAATGCAAATGGCTCAAATTATAGAGGATTAAATTTCACTTATATAAAAATCCTGTTTTCTGTTTCTGCTGCCGTTCTCCAAGTTGTAATCGGAGGAGATTAACGTCAGTGTCAGTGACTCAGAGGTTTGGGTATAAAGGTTTTGTTTGACCCACCTCTTTTCCAACGAGACACCCAGAATCTGATTCACTTTCTCTGGACGCGAGTAGCATTCAGACGCTACCAGCTGGCCTCAGCTATTGTGCTAATAAGTAGCTTTTTTCACTAGCAGTATCTTTTTTTCCTTTTCCTTTTCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTATTAATCATGTTTCATTAACATAGTCTTGTCTTCAGATGCACTTGAATCATGTTACCTTGAATGACCCAGGAAGAAGCATATTTACTGATCTTTTTTTACAGCAACTGGATGGAAATGGAAACGTGTGCCACACTCAGTGAGGTGGTCACAAAAAGTCCTGACAAAGCAGTTCTGTTAAGACATGCCACTGTTCATGGGAGAGATTCTAGAAGTGGAGCTCAGGAACAGTAGCATAATGCTAACCTGCTGCTGAATTTTCACCTTATTGGGAGGAGGGTCGTATTGCTGTTCTAAATGGTGCTTACTGATACTTATTTTTAGATTATCATTTTGTCATGATTGATTTAATCACCTCAGTGTTTGAAGAATGATGTTTGGAAGCATATTTCAGTTTTCTACTGCCAAGTGTTAGTAGACACTATATAGTTTTCTTTAAATTAGAGGTGTGGACTTGGTCACTGCCATTTTTTTTCATCTGAAAGCAATGTGGTATATTGTGCAGTGATCCCAGGGAAACGATGACATTTCAAGATGTGTTCTGATGCTGAACACAGAGAAAATGCACAACGTGATCAGTTTATATTCTGTAATTTAGCAAATTACAACAAAATACTCCTTTAGTATAGCAGTACTAATTGTAGCGCAAGAATCTTCATAGCTGAACCCAAAGGAGCAATAGCTTGTAAGGATGCCTCAGTATTTCCTGCAGGTTGTTTTTTCCCTCAGCATGCCCGTTACTTGGCAATGCATGCTGTGTCACAGCAATTACGAGATGCAGTGGAGCTGTGTTGGGACTGGTGTTTTGTGTTCAGTGGTATTTCAGTGGAGTTACGTTACTTAACTTCTGTAGAGGGCTATGTTAATCCAACAAAATGCTGTGTTGGATGGTTGCTCAGGTAGGCAGTCTCATGATTTTCACACTTGTATTTTGTCTGCCCAGCCATTTTTCCTTGTTCTGCTTTAAATCATCTTTCAAATGCTTCTTTAAAAGAAGAGGAATGCTTACTGAGTCTCTTAAGTATTTCTTTCACAAATATCTTTTTTGATTTAATGGAATGAGCAAGTCAAACAGCAATCCCTAAAAAGCACTTAGTGTGTAAAATCCTGCTTTCCTGTTTAGCCCTGAAATGGTGGCATAGAAGCACAGACATGGTTTGGATTTTGTGCGGCAGAGCTGTCAGAAAACAACTTCCTTCTGGCTTGTTCGTGTGCATTTGTACCCTCCAAGCTTCATCTTTCAGACACCCAGATTAGATATCAGGACCCTGAAGGAAGGAACTGTGTCATCTCTTGTTCATCCTGTACATGGAGTCTGACTACCGGTCAGAATATTGTCTTTGCTAGCTTCTGGCAGTACTCACATTTTTCACCTTCCTGAGGCTCATAAATCATGTCATGACTATCCGGTTTGTGCAGAGTGACATTTAGAAATCAACACAGAATATTGAAGCGGATCTCCTAAATCCCAACCAACCAGAAGATGAACTGTGGAAACAATGAGAAACACAACTTTCATTTTCCATGCTGAGTAGTTGTACTGTACAAAATAGCTAACGTGACTGAAAACAAACAGAAAAGACACAATCAGAGTTCTTAACTTCAAAGATCTCTTTAAAAGTCTTTGCTGCTGATTGTCCATGGAAGGACATCTCTAAAATACAGCTTGGCTTATCTTTAGAGAAATTGGCTGCAGTGTAAGGTGTAATCCAGCTCTTCTGGAAATTAAAACTGTGTTGCTTAAGCTTACTTTGTTTTACATTTACACCTTGATTTCACACCTCCCTCTCCCCTGACCCCAGCATTGATCCTGAGTATTTTGAAATGTAGCTGTTTCTTGTTTAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAAAGTGTATGGGAAATGTTAATAATTTGGTGAAAAGAACATGAGGTTCCACTGTTGCTTTTTGGCTAGTATAGTGCACCAAGATCATATTCTCTGCCATGATGTACCCTGACACTGCTTTCAAGGATTTTCTGTAATTATATTCTGCTGTACAGACCAGAAGGCAGTACCCTGTTTTTCAAGTGGGTTATATATAAAACTGTTCTAGCAATTTGCATGTGATAAACATGTGCCCAGGGTACTGCTATAGCTTGGTGCCCTGCTCTTCGTGCCATGTTGTGTGCCTAATCCTCAGCACACAGGATTCTTGAGGAAATAACTGTCAAATTCTTTTGTTTACAAGGCAGTGCCCAATGTCTGTATTAACAAGTCAGCTTGTTTCTGTCCACACTCAGTGATGGTGAAGTGTGTTGGACAGGAGCAAAGGGGTCTTCTGGAGCTATTGACACAGTCTTTATATTAGGAAGGAAGTATTAAAAGCTTCATTACTTCTTGAATGCCTTGTATAGGTTAAATCTTAAAACCTTAGTTAAGTCTGTGCTGAGACCTCTATTGCAAATTTGTTCTTATCGAATTGAGGAAAAACTGACTGTCTTAACATTCTGCAAAGTCTGTCTTAATGATGATTTTTTTCCAATTATCATGATGACGAATGTCAAAATGTAGGTGATCGACACTGAATGCTTGTCTTGGACTGTCTGTTGATATCAGTCTTTTTAAGTTCTATGAGAGGGAATGTTGCATTCTTGCACTTCCTGTAGAGCAGGAGGAACCTTAGGTTTGATCACACAAACCCACACTTGTGGGAGTTGCTGAAGGAATTCTGGAGGACTTGTCTGAGCATTTTTATTTTTTTTTTCCATCTCAGTGTCTCGTAGGCAAGGAAAGGGTTTTCTGTCGGGAAGAACAGGATGGTCCGAGGTTGCCAGTATCTATGAGAAGGGCTGAGTTCTATTTGCTTATTCCAAGTACAATAGTAGGGAACATTTATTTATTCATGTATGTAACAGAAGAAAATAGACGTTCCAATAAAATTCAAAGTTTCCATCTGTCTGATCCATAAAGTAGTTCTCATGGCTAGTCTCTCTTCTGATTCATCGCTGAGTTCTCATTCCTCTTAAGTTTCCTTTTGTCCCTCTTCCGCTGTATAAGATGGCCTCTTGGCCTTAGTACTTATAGGTATGCTTTCTCCTCTGTTCTTCTGTCTTTGAGTCTTATCTGTTTCCTCCAAGTTCTGCCTTTCTTCAATCACCATTTTTGCCTGGTTAGTTTTCTTTTTTCATTTCCTCTTTTACCTTATGAGAGGAGAACAGCTCTCATATTCCTGTCCTTATCACATTCTATTTAATTTTGAAGAAAGAGGACTCTGAACTGCAGAAAAATCTTTCAGCTTCTGAATGTTCCCCTTGCACGCCAGAAGCTGTCTGCTTCTCCAGAAAGAAGGTGCTGTTCCTAGCCTCCATGCTCACAAATGATCTTAAAAACTACACTAGAACTGTCAGTATAGTTTTGTGTAAAGTTTAATGCACTTCTACTCTGTGCTGTCATGCAGCAAAGAAATAAAAGTTTGCATTATCCTGAGTTCTTTCCTACTTGCTGTAAATACAACATAATAATCTTTAGGCTTCTTTCTCCATCTTTTTGACTGAATGTCAGGAACCTGAAAAACACAGTTTTGAATTTACTGGGCTGAAAAAAATATATATTTGTTCTTGTTTTATTTAACAGTTCTTCATTTAGAAGTATGAATGCAGCAACAGAATTATGTTAAATGAATAATAACTTAATAACTTAACTTGTGCCTGACTGCACCTCT
Seq C2 exon
GCACAGGTCATCCGGAAGGGCTGGCTGACCATCAACAATATTGGCATCATGAAAGGAGGATCCAAAGAATACTGGTTCGTTCTAACTGCAGAAAGCCTGTCCTGGTATAAAGATGACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003164:ENSGALT00000005010:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.081 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=PD(4.1=70.6)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(35.6=92.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]