Special

MmuINT0051807 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
dynamin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1341299]
Coordinates
chr1:162231654-162274539:-
Coord C1 exon
chr1:162274488-162274539
Coord A exon
chr1:162231768-162274487
Coord C2 exon
chr1:162231654-162231767
Length
42720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TGATGTCTGCTCTTTTGCAGGTG
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATTCGTAAGGGCTGGCTGACCGTCAGCAACATTGGCATCATGAAAGGGGGCTCGAAGGGCTACTGGTTTGTCCTCACTGCAGAAAGCCTGTCCTGGTATAAAGACGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040265:ENSMUST00000086074:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.153 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0103115=Dynamin_M=PD(4.1=66.7)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(35.6=97.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types