DreINT0060122 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028118 | dscamb
Description
Down syndrome cell adhesion molecule b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031118-67]
Coordinates
chr15:6238508-6246378:-
Coord C1 exon
chr15:6246082-6246378
Coord A exon
chr15:6238781-6246081
Coord C2 exon
chr15:6238508-6238780
Length
7301 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGCTT
5' ss Score
3.62
3' ss Seq
ATGTTTCTTTCTCAAAATAGGTC
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGACACCAAAGATCCTCTCTGCCTTCAGCGAGAAGGTTGTGAGCCCGAATGAGCCCATCTCGCTGGTGTGTCACGTGAAAGGAACCCCCCTCCCCACCGTCACCTGGACCCTGGACGACGACCCCGTCATCAAAGACAGCAACCACCGCATGGACCGCATCATCACCACAGAAGGCCACGTGCTCAGCTACCTGAATGTTTCTCACACGCAGGTCAGCGATGGGGGGGTCTACCGCTGCACCTGCAACAACTCGGCCGGATCGGTCTCCTATCAGGCTCGAATAAACGTAAGAG
Seq A exon
GTGCTTGTCAGATCAGCTCCTCAAAAACACCCACACCACACCACAATCACAATCACACACAAACATGATAGGCTTGTTAGGAGATTTATATGTGAAATTTTTATTTGTAAGGAAATTGTAGTTGTTTGAGATTAGCAATGTGCAGTCTATGCTTAGCAGATTAAGATATGTAATCAATAGTTATTATAATGAAATTTATAATAAGCAAATGAGCATTGATTCTATGTAAAGACAACCAATGAATGTGAAGGCAGCTCCTGTCTTTGAGGTTTGAACACACCAAGCCGATGGTCAGCCTTTGGACACTGTCAGGCCATCTGTAAGGGTATGTCAGGCTAGTTTTTAGGAGGGAGTTTGCCAAATCGAGAATTGGGGACAGACATAGGTGGAACACAGCGCTATGAATTAGAGCCATATCTGTAAACATTAGGATGTGAAAATAAGGGATACCACAACCCCACTTGGGTATAATAGAAAAAAAGTTGCAAATAAATGAAAGAGCTATAGCTATTTGATGACGGATGACACTTAAGGACTGATCTGTAATGTTCTACATGATCTATAACTGTTTATGCTCAATCGAACATAATTAGTTTTGTTTAAAATAAAACATGTCAAGACAGACATGTTTACTAGAGGTGTGAAACTACATGGTTTGGTTACGATTATCATGCCATCGATTCGGTTCATTTCGATATCTCGGTGCATTGACGATGCTTTCCATACACAGTGTTATATTTTGGGGGGTGGCTATAACAAGCTGTTTGTATACACACACACACCCACACACACATAGACACAAAGCAGCACACTGTCTCTCATTCACACACATACACAAACATAGACAGCACCAAACAAACACATACGCAACCACGCTCGGGACCGATATTATGAGACTGCCCACTGCTGGTAAAATTACACCAGAGTTACCGACCGCTATCGCACTTTATTAGGAAAATTTATTCTCGTGAATGCAGACCTATATCCAGAAGTATCGTTGTAACAGCCGAGAGGAAAAGAGAGGGGAGGAAAAGTCACGCCAGCAGGTAAAATGGGCCACAGTAGCCACGTTTCCACTAAAGCGCCTAAAGCGAACAAGCCAGGGCGAGCCAACAAGCCAAGGCCGTTTCCACTGTCACTTTCGGGGCCTAATCGGGCCAAAAGGCTGGCCGCTGACTTTTTTCTGTGCCAGCGGCCGGCCTTTTTCGGCCCACCGAATACTTTGGGCCAAAGAGGGCTAGTTGGGACATCGGGGCGAAGTGAAAGGAGAGGCGGACACTAGTTTTCCGATCGCACACGAGTACATGCGCCAAACAAATAAATAAATAAGTGAAAAAAAACATCTAGCCTTTTAGGCTGTGGTCTTTTTGAGTATGATCGCCCTTATGTTTCCCTTTTAAATGTAAGGCTGTTGCATAAAATAATAAAGTTTTAATTTACAAGTGACTTTGCTGCGTCCTCCTTGATGTTTCTATAACGCAGAATAATCTTTACACCGACACAGCAGACAGTAAAAATTAAATTAAAATGTTTCAAGTCTCTCCAGAGCGTTTGGGCTGAATGTTTGACAGCGTCTATCTAAACGAGGATGTTATAAAATACATTTCATACCGCGTTATTAACGGAGAATTTCTGTGGTTTGATGGATGGGTGCTGGGTCCCTCCGTTTGAGATGAGACCACTCGATACACGATGCCAACAGTCGGTCTCTAAGTAAATGAATATGATGAATGGAAACACACAGGCCTGTGCGTATAGACATATAATGTAATGCTGTACTGTAACGTGTAGTTTGTTTGTTTTGGTTGTCTTCATTTTAATGGTTTTGTGATGATGCGATGGTGTGCTTTATCTGCCTGATTCCCCCTGAAGTGGGCGGGTTGTGTGACGTTTGATTTGGGAGACATTCTGGGGGCGGGGTTTGCGTGATGCGCTGCGGGATACTAGCCCGTCAGTGGAAACGCTACATGATTTCGCCCTCACTGCTCAACCTACCGGGTGATTGGTCCGGCCCAGCCCGATAAAAGCCCTGGCTCGCACTGGCGAAATGGAGTTCACGTTCATACCCTCATTCGCAGTGAAATAGGGGCTTCTGCTGTAAGTCAGTGAAAGAATGTCTAGAAAACACACACACGCAGTGAAATTGTGCACAGTTTCTGCATTTTTAAGTAGTTGGCACCTGGAGTGTTGTAAATACCTGCGCTCACCTCCGTCGCGACAAAGCGCATATGAGATAAATGATGTCAGTACATAATGACCGGTTATGATTACTACTGAACCGATACCGAATTGTCCACGTCTGCATCGTGGTGCACTGAAGAAACAGTTCATTTTGACACCCCTAATGTTTAGATATAAGTTTGTGTATTAGTCTATTTTAACACCAATAGCCAAATCCCAAAGTGTACACTTTCACTCCACTTCAAATCACGTGTACAGAAGCTGCTCAGGGAACAGTGTCTCTTTATCACTATGCAGTGTGTCCATAGCATGAATTAACTGATTTATAAAAAGGGCAATGCCCTAAATGAAAAGTAAGGGAATACTGCCATTACTATATTAATTCCAAAATGCTTTCAAGCCTAAATAGAGCAAAAGTGATTCTGCAGAACTATGCATATATTGGGTATTAGCTTTATGTAGATGCCATCTTTCATAGAAAGATTAGAAATACTTGAAAAATACGGTTATGATAGCAGTTTAAAATGTCTAATGTAAAATGGGGAGAATCCTTGGAAATATGGGAGGGTTGATAAGTATGATCAGAGTTCAAGAACAATAATTAACAAAACCAAGTCAATAGATAATATCACCCTGCAGCCCGAGACCGGTTACTTACTAAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTCACTAGCTGGATGGGAGACATGGTAAAACTAGCTTGCTGTTGGAGGGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGTGCTCAACCTATGGTCTTTCTGAGTATCAATGCCATAGTAATGCTGTGTTTACACCAGACGCGGAACCCGCATCAAGCGCGAGTGAGTTACATGTTAAGTCAATGCAAACGTGCTGTGATACATGCGAATGGCGCGGCGCGAATTGACCGTTTTGCGCGTTTGATGCGCTTAACGCGCGTTTCGCACAAATCGCTCGAGTTCAAAAATCTGAACTTCAGCGGACATTGCACCACGTTAACCAATCAGGAGCTTGCTCTTGAGGGGGCGTGATTATGACATATCGCCTGTTGTGGGTGTCCCGGAGGAATTTCTCCATCCGACACCGACAAAAAGTTCATCAAACTGGGCTCAGCTCAGTCAGAAGCACAGCTGAAAGCCTCCGTCATCCAGGTAGAGTTTCTGGAGAAGTTTATGAGCTCACAGAGCTGGATGCACCTCTAAAAGGATCTAGTGGACTCAGACACGGCCCTAAATGTATTAACGCTGTTTTTCAGCCTACATAAAGCACATAAACACTGTTATTTTCTTCATAAAATCCATGTTAGCCATTTAGCAACAAAGCTACAGTCACCGGGCAGACAGAAGCCTTACCCATCACGCAAATCTGTGTCTGTTCTGAAGTGAATTTGATGCACGAATGAAGCTGGGTTTGATACGCGAATGAACCGAGTAAGCTCAAATGTTCACGTGGCTATTTACGCGTGAATACCGCTGTTTATCCACGCGTTCCGCGTCTGGTGTGGTCACAGCATAAAAGTGAACAGGACTCTATACTGTCAGTGGGCGGATGATGCGTTAAACCGAGGTCCGGACCTTTTGTGGTCATTAAAAATCTCATGGCACTTCTCATATTGAGTAGAGGTGTAACCTCGTTGTCCTGGCCAAATACCCTCCATTGACCCTTACCCATCATGGCCTCCCAATCATCCCCATCCTGAGTTGGCCCTATCATTGTCTCTCCACTCCACCTAGAGCTAGTGTATGGTGAGCGCACTGGCGTCGTTGTCTTGTGGCTGCCTTTGCATCATATAAGTGGATACTGCACACTGGTGGTGGAGTGGAGAGAACCCTCTCATGATTGTGAAATCTTTTGTGTGTATGTCCATACATGATAAATGCGCTATATAAATACACATACTTACATTACTTACTTACTTACTTACTTTTGATGACTTGGTCTGTCCTGTGCATTAGCCGGCAGCTAGCTCTCTGCAACTCTCACATGGTCGCCCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGCGCCCGGTCAGTACCTGGATGGGAGACCACTTGGGAAAGCTAGGTTGCTGCTGGAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCACCCAACCTGTGTTCTCTGTGGTTCCTAATGCCCCAGTATAGTGACGGGGACTCTATACTGCTCAGTGAGCGCCGTCTTTCGGATGAGACGTTAAACCGAGGTCAAGACTCTCTGTGGTCGTTAAAAATCCCAGGATGTCCTTCGAAAAAGAGTAGGGGTTTAACCCCAGCATCCTGGCCAAATCTGCCCACTGGCCTCTGTCCATCATGGCCTCCTAACCCTCCCCATATCATGATTGGCATATCATCACTCTGTCTCCTCTCCACCAATCAGCTGGTGTGTGGTGTGCGGTCTGGCGCAAAATGGCTGCCGTCGCATCATCCAGGTGGCTGCTGCACACTGGTGGTGGATGAGGAGATTCCCCTCCCATTGTGTAAAGCTCTTTGAGTGCCCAGAAAAGCGCTATATAAATGTAACGAATTATTATTATTATTATTATTAGAGTTACCGACTGAAGTCAAGCAGTATTGCGTTCAACCCTACAATCATTTTAAAGCCCGCTCCACTTCCTTGACCACAGTTTAATAGCTCATTTGAAGGATGGTTCTTATTGTACAGTAGAGTGGCCCCATCCCTATACTGGGGTGCTAGGAGCCACACATACTGTAGACTACAGAGTCACATCACGTACACTTTACTACACATCTTCCAACCACGACTTTGTTTTTTAGAACGCTCCCCATCCAGATACCAGTTCCAACCCTGCCTCGCTTTAGTCTGCAACCAGA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Seq C2 exon
GTCCTGCCAGTATTCGACCAATGAAAAATGTCACTGCCATCGCTGGGAGGGACACGTACATACACTGTCGCATCATTGGTTACCCGTACTACTCTATTAAGTGGTATAAGGATTCCAATCTGCTCCCATTCAACCATCGCCAACGTGCCTTCGAGAACAACGGCACACTCAAGCTGTCCAATGTGCAAAACTCAGACGAGGGAGAGTATACATGCTACGTGTTGGTGGATCCAGAGAAACAAATTCACAGGAGTGTCCATGTGACAGTAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028118:ENSDART00000148350:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.030 A=NA C2=0.011
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=WD(100=95.0)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=97.8),PF126033=DUF3770=PU(48.8=64.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]