DreINT0062605 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053864 | elmsan1b
Description
ELM2 and Myb/SANT-like domain containing 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131121-13]
Coordinates
chr17:37376732-37382551:+
Coord C1 exon
chr17:37376732-37376798
Coord A exon
chr17:37376799-37382408
Coord C2 exon
chr17:37382409-37382551
Length
5610 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
ACTCGCTCTCTCTTTTTCAGTCG
3' ss Score
10.61
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGCAGCGATATTACCCCTCCAGTTCTCTCAGCTATAAGTGAAGCTACACCTGTCAGCATTGAGCC
Seq A exon
GTAAGTACACAAGCTCTTCAAATAACACCCCCACGCACATTACGCTTCACAAGTTGCTTTAATTAGTTTACGCTTCTTGCCAAATGATAACTTTCTTTATGTGATTAACCTTCACTTTTATAATTCTACTACATTCATAGTAGATCCAATTCATTATGTTGACTGAATGTAAGTGACTGGAATGGCTGACAGTAAATGTAGTCTCTCAGACTGTTTTCTATACAGAGCTGCAACTTTACCCAGCATAAATGTTTTCTGTGTGTGAAAGCGCAACACAAGCCTGCTGTTGCATCCAGGCGGACTCTTCTCTTACACTCTGCTAATGCATGTAGTGTTATGTTGGCCTTACTTTATTGTAAATGGTAAACCACACTCTGCAGATGCTAAATTCATACTCATTTTGGTATGCTAGCACTGATGAAATGGTATTTCATGTGTAAGTTAGTGAGTGTGTTAAAGGCAAAGGACATCTCAATGGGTTTCTTGGATGGTGCATGGGAAATTTCAGCTCTTTTTAAGGACAGAATAGGTGGGGGGATGGTGGTAGAGCAGAGGGAATTATGGGATGTCATCTCTGGCTGGTACCAGCTGGTTTATCTAATGGTCAGAACAGTGTTCGGTTGAAATTCTTCTTTTTCCCTCTTTTCTGCACACACACACACGCTGTGAATCTCTGTGAATGGCTGCAGTTTTGGAGTTGGCCAGTACACCATGAAAGCACATCCTGGAACAAAATAATAAAACACAATCTGTGTTGCCTTATCCCCAGACCTTGGCAGTCAGATACTGGAACATTTGGCTTGAAAAACATGGAGTGTTAATTTTATGCAAATACCCATGGACAGAGTCTACTCTCAATGCTTGAGTTCTCAACAACAACAACAACAAAAAAAGAGCTGACAATGAGATGAGCAATAAATAAATTCATACAGCAGTCTGAGACTACTTTGGCCCTGTTTACACCTGTTATTGAGATGCATTTTCATCAATCTAGTCACAAGTGGAAGACACGACATAAAGGTGCAGAGAGTAAACCGAGTGTAGTCAATAGCTGTGATTTTTGCTTTTGTGGTGTAAACATGATTCTATTGGCTGTTTTATCACAATAAAAGAAAACTTTTGCCTTCGAAAACCTGGATTTCATTAGAAAGTGGAAAAAAATGTGAAAGGCTGTTCTTTGCTCTAGCAGTACGAAATTTTAGGGTGTTCTTACATTAGGTAAAGTTGCCTGAACCATGCCGAAGAGCGATTTACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCACCATCGGTCTGCACTCATATCGCATTTTTACCTATCGAACCTGAGCACCTATTGGACCTCATTGATGATGCATGATGCCCTGTTCAGTTTAACAGGAAGAGAGTGCAGCGCTCTCATTCAGCACAGCGGAGATTGCTTTAGTTAATATTGTTTTGTATTATTTTTAGTCGTTTGGGATGCAGTGACACACAGTCAAATATTTTCCACTTTTGACTCATAAATTATCATTAAAGTCATTATGCTGCACGTATTAGGCGGTTCGCTGAAGGTGCAGCTGACATGCAGTGAGGGGTTTGCGTCTTTAATAAACTACGACAGTTTGCGTTCATTGAAAAGTAAGAATAATTAATAAATCGATATGATTTTATCCTAAAAGTGGCGTCACATCTTCAGTTTCGGGCTTATGCGCGCTTTGCACTTGCACTACAAGCATACCACCCAAGTGAACTGCTCTCTGGCACACCTCTTCTAAACGGGCCAGGGCCGGCCAACTGAACCGCGCCTGAGCCCGATTCAGAGCACTCACGCTTCTCAAATGAACCAGGAAAGGCACCTGCGCACGATTTTGATAGCATAATGCGAGTTCTCCCGTAAACACACAGTATTTATATTAGTGTTTTGGTAAAGCTGCTGTCTATATAATTTTTTTCAATCACTAAAATGCTGCATGAATGGTCATTTCGTGTTATTTTTTTTGCATAGATGTAATGGTCTAATTCGTAAAGCCGCCCAAAATAATTACTTTAGATTGTCTAAAACTGACACAACCAGAGTTGGCCCATTCTAACCTTTGATTTGGCCCACCATTCAATTTAAGAAGAGTGGGAGAACGATGGACTGGTGGTTGGAGCAAATATCTTTGACAAATATCGTTATTTTGAATATAATGTATCCTTTTTTATTGCTAATTTATTCAGTTATTTAAATTCATCACATTTAAAAAAAATCTATATACTGTCACTCGACGGATATCAGGCAATGCACAAGACATCGGCGAGCCAATCGAGGCAAAAGCAGGTTCAGCTTAGTGTATTCAGCATTGAACTCCATTGTATTAATGGGATTGTCTCTGTTTTTGCTGTAATAAATTAATTAAATATATATTTTTAAATATACTGCATTCATTAATATATTTTAAAGCAATGTTTTCTATTTATTTTTAAATATTAGGAAATTAATTAGCAGATTAATCATAAAATTCTAATGTACCTTTGACCCACAGCCCTTAGTCAAGTTTGGTTTTTGGTTGATCATAAGAAAAAGTTTGTGCACACCTAGTCTAAAGTATTTTTTAAACTCTCTCTTTTTAAATCTAGACAAGGTTTAAACCTGTTGAAATGCTTTGCTAGGAACTCATTGGCAATAAAGAACATTAAAAAAATAAAACTATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTACTGGCATTAATCTGTTATTAAAATATAAATTCATTTTTATTTAATTTGTTTTCACAAATATACTGTAAAAATATTCATAAATTAACTGTTTTCTGTATTTTCTAATTTTATGTTTTAATTTTTAAAACATTTTTTAAAATCTTTTGATACACATTATAAGACCTTGATCTTTCTTTTGACATACTTTGACCTTAAAAATTAGGCATGCACTGATCCCGATACTTGATTGTATATTGGTTCTATACCGCATTATTATTATTATTATTTTGCTGGATTCGGTATCGGCCAGCTGGTACTGATCCAAATCTCATCTTGCCTGTGCGCTATATTCTGAGTAATTTATAAGCCAACAGAAGCCATGAAGCCTATTATAAGGCACTAGAAAGTTGTCTTGTAGACCTACTACATCTTGAATGTTCTGAAGCCATTTTATAGTTTAATGTGAAGTACAGATGAATATTCAAGTGTTTAAAGTCATGTTCACTTCAGCGCTTCCTGCGCCTGTCAATCATTCTCCATTCATTCACAATTCAAACTGCGTGTCGCGTTCATGACAACTCGAAAATTTGTTTCTGTTAGTTTAAATAATTAGCAGAGAAATGCATTTAGTTTCTTAATTATGTTGCGCTGTGTCTGTTAGATCAGCAGATCGCATTCGCAGCACTGGAGTAGAGAGGATTAATACCTGCTCTTCACATACAAAGTAGGCCCACCTGAAATTTTAAACGAGAAAAGGCTCAATAATACATTGGACCGATCCTCAACGCACTGATTTCTTCCATTTGTGCTGTTACGTTTTGAAAGTGTCCGCAGATACCGGAGGGCTCCGCGCTGTGACTTAGTAATGCATCAAGCGCTTCATTTACGCCCTGACTGCGCAGATGCGTTCTGTTCTTTCAACCTTCTGACCAAGTTTATTCTTCTGAGGGGAATAGTTTCAGTGCTGTGAATAGTTTGTAAACAGCCTGGCTCATTGTGGTCAAAGTAGGTGATTATATTAATAAAAGGGAAACTGACGCGCACAATATGGATTGTCATTAACAGAATATTATTCAGCCTAATATAGACTGCTCTGAAACTGTGAATATTTCACTGTCATTTTATTTATATTAATATTTTATTTAGCAACCCAGTTTGTGTTTTGATTAGTGTCAATAGTGGTAGCCTATTTCAGATTTCAAAGAAAACTTGTAATATTAAAAAGAAAACTTAAGTAAGTTGGACCAAAACAGTTCAGTGTCATAAAGAATGCTCAAATAACGTAGCCTAGTTTACAGCAAGTGTCATGTTTTTACTTAGCCGTCTGTCATATACAGTAGGCCTATAGGTCTGTTATTTTTACCAAAGATGATATATTATTTGAGTTTATGTAACTATAGAAACTACATTATGCTTAAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAAAAAAAAAACAGCACAGTATAAGGATCAGATCTGTATCAGTCGATACTCAGCATTTTGGTATCGGGATTGGATCGGTTCCAAAAAAATGGTTACAGTGCATCCCTAAAAAATGACTTTTATGAATATTTTTAATATTTTAAAGGAATATATTGTATTTTATTCTGCAACAAGCTGTAAGAAGCTGCCAGTACATTTTTTGTTATTTTACAGACTTATTTCTCTACATATTATTTCTCATGCATTATATTATTTCAAACTACTAAAATGTCAATAATAGTCACTTTGTAGAGTTGAATTTTCAACATCAAAAGTAGACAGAGCAGAGATCAAGGTCCCATTATAAAATTCACAAAGATAAATAGACGGTAATGTAATTTATTGTTAGTGTTATTGTCATCATTATTCATATTTTAGAATTATTAAATATTGATTTTGGCATTGCACAAAATTATCATCATCACAGCATTAGTTAGATAGTTGTTTCTGGTTTTTGTTAGTCCTAATTGATGTTGTTTTCAAGTACAATAAATCGCTTAATATACAATTTGCAGTGGTGCTCATTCATTTTTGGTTGGTGCTCCTAAATTTTTTTTGGGTGCTTTTAAATATTTAAAGTTAGAAGCACCGGTTCTACCAAGTAACAAAATTCACTTTGAGTCCTGACACAGAATCTGCCGGCACAGTTCAGCACAATTGATTACAGACGGTTTGTAATCGCCCAGCACTGTTCCAGGCTCTGTGGAGAAACAACCATGACCGTACCGAACTGTTGAAGTTCGAAGAGCGGCTTTTGACATTGATGACATGTATGACATTGATTAAAAACTATAAATAAAAAAGGCCCATTGGGACATCTTGATTAATCCCTTTGCCCTACTTAAATGTATATGTTATCTGCAATATGTTATTCCATTTGAAAAGATGCTATATTTACGCCACTACAGTATAAATTTTTTTTTGAAGGTATTAAAAAAGGTAGTAAAAGGTATTAAATTCAACTTAAGCCATTCTGTATGTTCCCTGTTTTATTTTGCAGTATATTAACTATAACATTACAGCCTATATACAACCTAATACCAGGTGTAAACAAACCCTCAGATCGCCTTTGAAAGGCTTTGATTCAGTTTGTCGCTAGTGACCCAGATACATTTAGAAACAGCCCAAACTACCTGTTGGAATGCAATTATTATTATTTTTTTTTTATTTTTTTTGTGGAATTTTTCATTAAAAAGGCATTTTTCAGTGGCAGCACCAAGTCATGCCTTCTGTTTAGCTTTCAAGCTCTGCCTACAAAGACATTTGGAGATGAATTATCTTTCTTTGTTTTTACTAACAATCATCAGCCATCATGATAATTGTTCAGTATATAAAAAAAATCAGTGGTCTCATGCATTTAAAGCCCACTGTTTTAAAAAATATAAAGCATCTAGATTGGATTGCTGCAGCAGCCTGTTTATACTCGCTCTCTCTTTTTCAG
Seq C2 exon
TCGGATAAACATTGGAGTGCGGTATCAAGCGGAGGTCCCCGAGCTGAGAGAGCGATCGGCAGCGCTGCACGACCTACACAAGGCTGAACTGGTGTGGGCGCCACTGCCTGACCTAGAGGCCAGTGCTCAGCAACAGCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053864:ENSDART00000157122:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.046
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=PU(79.3=93.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]