DreINT0063325 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100666 | ep300a
Description
E1A binding protein p300 a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080403-16]
Coordinates
chr12:18832796-18839617:-
Coord C1 exon
chr12:18839322-18839617
Coord A exon
chr12:18833416-18839321
Coord C2 exon
chr12:18832796-18833415
Length
5906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAAT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
ATTCTCTTTTTCTGCTGTAGATT
3' ss Score
10.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGGGGTTGATACGCCGAAGCTGAAATCGAGAGGCGAACCCAGGAAAGAGGAGTATTTTGTACACGGGACTTTCCCCCCCTTCGTCCCTAAAAAGGAGGGGGAAAAGTCAAAATTTTTAAGGCGATATTTTTAAAATCGATGATTACGAATAGGCTTATGTGCCTATCTCCGAGGATATATATTTTAATTCGTTAAAAAATATGGCCGAGAACGTTCTGGACTCTGGCCCGCCTTCAGCCAAGAGGCCTAAACTCTCATCCCCGGCTCTCTCCGCCTCAGCCAGCGATGGAAACG
Seq A exon
GTAAATATTTATTTTCATTAATTGTAAGGGTATCGATATATTTATATGGCTTATTGCTTGTTTTGTATGATCCCGTGCACACTGGAGCATTTAACTGGCTTTAGCGTTTTAATTTTTAGTTTAGTCACAAGCTAGCAGGCTCAAGCTAGTTTGGAAAGCTAACGACGTCGGATCCGCACGAGACTAGCTTTAGCTTGTCATTCCAGCTAGGTTAGCATTAGCGCTCCTGTCGTCGGTGTTTGGATTCACTCTTGGGGGCAGAGACTGAACACACTGCTCCCTCATCCAGCCACTGTGCGCGATGTCAACCGCTGTAAATGTAAAACCAACAGGTGCAATGAACAAAATGCATCAAATGTTAGCAGCAATAACCGGAGGGGGATTATTTTTATGTGATATGTCTCTTTCGATTGGCCTTTCACTTGTAGAGAGTTTGAATCAGGTCCTCAGATAATAACAGATAATTTATAATGATTTATTAAAGTGTTTCAGCAATAGATAGACATTGCCAGTTATCTTCTGAAAGGTGTATGTTCACATTTTGTCAGCGCGTCTGTGTTTACTAATAATCGACAGTGGTGAAAACACGAACTAGCCTGCTAAACTGTTAGTCAATCAACTTCAAAACTTTCTGACTGCACTTCAGCACAGATGTTCTCAGAAACGGCTCATGTGCAACGAGCTCAAACGTTAGCCGTTGTACACCTCTTTACGTTTTCCCCTTTAAATGTGTCTTTTTATGACCGTAAATGTGATTATTATTGGTTAGCAAGCTGGCCATCTAATAACAGACTGATGCTGAAGGCCCGCACAACAACTCCCTGCCATTGTTAGCTGGAGATGCATATCAACTCACTCCTTATTATTTTAAGATCTGAGGGATTTCTTCTCTGCCTAAGATGGATTTATTAGCTTGTTTTGGCAGAGTTAAAAGAAGGGATTTTACGTTCCAGTTATTTGGAGGAGACGAATGTACTTGTGTTGTGTTTGAGTGAGTTAATGTTAGCCTGCTGGCTCAAATAGCCCTACGTGCGTCGGTCATTTTTTTCGGATCTTGATTTCCATTGTTCAGCCATAAGACAACTGACGACTCTGTCACTTAAAAATAAACCGTGAAAAACATTTGATCTTAAGCATTTCGAGTTATTAGCGCACGTGTGTCCTGTTTGTAATTAATAATTACTTAAGGTCTGAGTTATTACACTTGCACGTATCTTCGAAAGAGATGTACGTTCTTTGTTGATGCCTCTCTTGTTTATAATCTTTTGTTCAAACTCGAGTTTTATCCGGTTCTTATACTGAAGGGAATGCATAAAGTTACATAAATAAGAATACATTTGAATTTTATATACTTTGCATCCACATGTTTTGTCTGAGGAGTGAATGTGTGGTACCTAATCAAAAATCAGAAAATGCATGCATCTCAAAGTGAGTCTGATATTGTTTAGAGTATTTGAATAGATGTAATTGTCTGATACACGTTATTGCACTTATTCCCAAAATAAGTTTCCTATAGAAAAAAATGCAATTTGTCATGATTTTTAACTGAAAATGTATCATACAATAAAACAAGCAAGTCTTACCAGCACATCATCAGTCCTTAGTCGCTACCTGAATACTACATCCTAATTTAACAACATGCTCATCTGTGACTCCCTGTCAAACCACAGTCAGCCATTTAACGTGTTCATTAATAAACACAGATATCAGCTGTCCCATCAAGTGCCAAACATTTTCAAAGCTGCATCATTTTGAATGATTAGAAGACAGCTTTACATGGAGATGACATGCTCATATCTTTACACTCAGTTTTAGTATGCTCTGCAGATAGACATACAGTGAATAAATCACAAGCTGTGTTGTCATATGTTTATAGAAAGTAGACACTTTTCAGTCAAATTCTTCTGATGGAGGAAATTATAGAGACAATAAGACTGCAGGAGGGATTGTCTGCTTCAGCTTTAGTATTCACACACTCAGACTGTTTAAATGAATTGTGCGGTTCATTTTCTTTTGCTTTAAATGCTCAATTTGTGTGTACCCTGATTGTTTATCCTTAATTTTGTCATTCATCAGGTGGAGAAAAGTTAATTGTCATTATTGTGCATGAGGTGATTTTTCCTGTGCTTTTTCTGATTGTGAATAGCCCAGACAGGACTGGCAGTTTACACAGGAACATTCACAGGATGCAGTTTGTTAAGTTTGTATTGAGGTGTGCTGGAGTAACTTTTGTGAGCGCAAGATACAAGTGCAGCTTTTGACCAAGAATTTAACAAGATTTGTTACTATTATATATGTACGTCAAAGTGTTCTTGCTATCTTTATTCTGTTTTTGAAGTTGCTATATGTGTAAGAATTTAATGTGCAGAATATTTTGTAGATGCCTTCTAAACGTTTATAAATAAAGAAAAATTACAGTTGAACATAAGGATGTGCAATATGACTATAAATGGAATGAAAGATAGAGAAAGTGTATTTCTTTATATTATGCTCTATCATTTATATTGTAGTGTTGAAAAATACATTGTTTACAGTAGTACTTTTTCATAGATTGCATGAGCTCAATATTACACCCCATTACAGGGTTGCAGACGGAAACAGGAATAACAGCATTGCAAGTCACAAACTTGAAAGTTTACATTTTGCATTTTATTTAGTGATGTTTTATGTTGAGTTTACAGTAATATTTTATGTTTAGTCTGTAATCATTATTTTGAAAAGAGTTTTATATTTAAATAATTTATTTTTATATTTCTACATCCTCAAGTTTGCCCAGAACTTTTAAAATAAAACGAGAAATACAATCCTATATGAATGAGTAGATTTTACAGTATCTATATTTACAAATGTTGTCAAGCTTTTCCAATTTCCATGTGGACAATGTATCTAATCTATTCAATTTACAGAAATGGTACTTTCTATCGTGATGTATATCAGGCTATAAGATGACTTCTATTGTGACATGATTTTTGTCCTATCTCTCAGCCCTAGTGGAATGTAATGGATGCATCATCATGTTTTCACAGACTCTAAAATGCTGTAAATTTCTGTAGTTTTCCCCTTGCAGTTACATTTATTGACCTTATTCTTTAATGCAGAAGTGCACTTGTTTTTGTGAGTTGTTTTAGAACATGGGAGAAATGACTAGGAGTAATAATTGGCAGAAAACAGCCAAACTGCTTGCTCTACAAACGAGTGTATTTTTTGAATATATAAAATGTAGAATAATATAAAAAGAATAGATCAGTTTGCAACATGAAGCAGCATAACAAGCTGTTTTTAACATCTAAATATCAATGGAAGGTCATGAGACCAGTAGTTTTTAGCCAAAATGATTCCAATGGCTTTGGCCGCCCATACCCAAAGAATAAGGTCAATATGATGGTACTAATTTGTGTTCAGCTTTTTAAAAAACCTAATCCTTCGACATGACTCAAATACTAAATGTTTGTGCCTTCTTTATTTATAATTCTTTATTGTTAATAATGTGTTTGAAATGGCACACCTGGGCCGGTATAAAGTTCTGTTGGTATGATAACCTTAGATAAAAATATCACAGTTTCACGGTTTTGTGATTACTGCTCTAAAATATATTCTTTTCAAATGTCTGGGTTAAGACAGGGTTTCTGCGGGTCAAACTAACATCACATCAAATTAAGACTTTTTAAGACCTTTTTAAATGAAATTTTAGACTTTCACAGGGCAAATCGCTAATAATTTTCTGTAATAACCATTGGAAATGTTTTATTTGCTACATTAAAATGTAGTTAATTTTAGACACATATTTTATACATATATATTTTTATTAGAGTAATCTTTTTTAAATCAAATACCCGCAAACGAGTAATGATCTCGCATCTCCCTCCCGGTCCTCAAATAGGCATCGTCGCTCACCCTTCTCACCCCTCCCCACCGCATCTCTCCTCAGACACGTTGCGCATGCACACCTTGTCAATCACCACCAAACCACCACCTCTCCTGACAGCCGAGCGGGACACTGCAAAATAAACCTTGAAACTCTGACCAATGTGAGGAGAGTTTACTCGCCCGTGACTTGTTTTAGTTCTTTTGGTCCGATTAGAAACTTTGCTGTGTGAAAGTGAACCACTCCAAGAGCAAAGAGCAACAATGTAACATTTGTAAACTTTGTTTCGGAACAACTGAACCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCCTTCATTTTTGAAATTTAAGACTTTTAAAAAGGGTGGTTCACTACAATATCACATTTTAAACATTAGTTAGTTTGCAATGTAGCTGTGTGAACATAAACAACATTTCTTAATGTAAAAAGCTCAAAGTTCAATGCAAAGGGAGACCTTGGTTTTTACAGTTAGCTTAGCAAAGCCCACAATGAATGAATTTTGGGAACTACAAAAAAATACTTCCGCTCCTGTGAGATCACAAACATTCTTTTACTGTGCACGCACACTGCGCACCTAAGGGCCGTGGCCAGAGGCGCTATAATGTTATAGCAGAGATAGAGCTAAAATGCGTCCAAACACTGCTAATTTCACAGAACTTCGTCGGTTACCCATTGTAAACAGTGGAAAATGCTGTTTTGCACCGCAAACGATTTAGCTACAAATTCATATTTATCAGTCAAACTGCTATAAACACACACACACACCCACACATTTCACCGGCGCGTACAGCCACTCTCTATGTGTGTGCACGACTTTGCATTGTTTCCCTTTAGGCAGCTTTTCCATGCATTTTACATCTCAGATAAGAACGTCGCAAAAGATATGTGGATGATTCATATTACTTACACCTGCATATTCCGGATATATGTGAAAGACGTTGTGTAACGGGTTAAGTAAAAAAAAAATATAGGAGAGATTGAATGAATAACTTAATCCGAGCATCAAAGAAAAAGAAAGTCCCATGCACGTTACACACGTCTACAGAAAGTTCTTACATTAACACACACACTTAGATGCACGCAATGGCGATGTCTCTTAAAGAAGCCGCACCCCATTTTC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Seq C2 exon
ATTTTGGCTCTCTTTTTGACCTGGAGCATGACCTTCCAGACGAGCTGATCAGTTCCTCAGAACTGAGTCTTGCAAATGGAGGGGACCTCGGCCAGTTGCACACCAGTTTGGGTAGTGGGGGCGGAGTCATTGGAGGAGCTGTGTCCGGTGGTCAGGATGCAGCAGCCAAGCACAGGCAGCTCTCTGAGCTTCTCCGACATGGATCCACACCTGGAGCGCAGCAGCAGGGTGCGATGGGTAACCCAGGAGGAGCCTCAATGGGACTTTTTGGGAATATGAAGGTTTCTCCGGGTACCCAAAGCATGGGTCCACAAGGACAGCAACATCTTTCCATGCAGGCTGGCCTCATGCAGCAGCAGCAGATGGTGGACTATCTTAACAGGAATATGCTCGGACCACAGAAAGGAAATGGACAGCAGCAGCCAGGAGGGCCCGCACCTCAACACCAAAATGCGCTGGCGTCTCAGATGATGAATGGATCGCCCAGAATAGGACATCACAACCCGGGCATGGGTAACAGCAACAGTAACCTGTTAGCAGAGGCTCTTCAGCAGCAGCAGCAGCAGACAGTAGGAAGCCAGGGTGGACTGAGGCCACAGCAGCCTGGAGCGATAAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100666:ENSDART00000172574:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.906 A=NA C2=0.961
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]