MmuINT0057758 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055024 | Ep300
Description
E1A binding protein p300 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1276116]
Coordinates
chr15:81416644-81431975:+
Coord C1 exon
chr15:81416644-81417152
Coord A exon
chr15:81417153-81431337
Coord C2 exon
chr15:81431338-81431975
Length
14185 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TCTTTTCTATTTGTTTTTAGATT
3' ss Score
11.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGAGGAGGACAGCGCCGAGGAGGAAGAAGCTGATGGCGGCGGCGGAGCTCCGAGAGACCTCGGCTGGGCAGGGGCTCGCCGTGGCGGGCTGGGGACTGCGTCTGTAGAGCTGTGAGTTCCCGAGAATTCGCTGCAGCGGACGTGCTCGTGGGATCAGTGTTGCTGTACCCTCCTCCCGGCCTGGTTTAGGCCCGGCCCCTCGCACTTGCCCCTACCATTTCTGTTGAGTCCGCATCCCTCTCCGGCCACCGCAACCAGGCGAAGAGAAAAAGGAACTTCCCCCCACCCCTGTTGGGTGGCGGCGGAGCTCCGGAGCCCACCCTTAGGAGCGGGGCGGGGACCCCGTTTCGGAGAAGAGATTTCCTCAGGATTCTCGTTTTTTTCCTCGGTTGTATCTCCGAAAGAATTAAAAATGGCCGAGAATGTGGTGGAACCCGGGCCGCCTTCAGCCAAGCGGCCTAAACTCTCATCTCCGGCCCTCTCGGCGTCCGCCAGCGATGGCACAG
Seq A exon
GTTAGTCTCGGGACTCCCGGCCTTCCATAGTTCCCTTCGTCTTTTCTGCTCGTTGCACCTTCATTCCAGGGTGCTTCTGTGTATCTCTTCCCATTTCCCCGGCCGGTGTTTAATTTTAAAGGTTTTTGAATGGACTGGTCGAAGACGTCCAGTAGCCCAACCATTTTCTTTGCCTTCTGATACATTCATTGCAACACTATGTCATGTCAGATCGTTGTGTGTTCTGGAATTAAGAGGTTGGAAGTGGGAGCTGCGGGGACCTTTATTGTTGGCTCCATGCAATTTAATTTGGGAAATGCCGGTACAATCGTGTGTGAGGGCTTTTATGCACTTTTACTATTTTTGTTACTGGTGAATGAGGGATTTCAGCTCTTTCTCCCCTGTTGCAATGAATTCTTTTTTTCTCTGCTTTCCCACCTTTAATGATTTTTGCTCCTGTGAGGCAGATTTTCTGTTGAGGAATGGGGGCGGAAGACAAATCTTGGTGTCTGCGATCCAAGGTTTTAAGTGTAACTAAAGTTCAACAAAATTTCATTCTTAGGTCCCCTCTCCCCATCCTTGCCTCAAGAGTCAGTATGGACCGCAGTTTATTTTATATCCATTTGCCATGAAACCAAAATGTCTCAAACTGCGTGTTGAGGTGTAGACCTGAGGCGTTTCCTTTGCAGTTTGTCACACTCTTACTTAGAAGGGAAAGAAAAAAGATGAAGCCTTTCTGGAATTAGGTACTTAGAAATGGGAGATAATAAGTTGAAAGACTCCCAGTCATGAACTTCCAACTAAAGTGATTGTACAAGTTTAAAAATGAACAGGAGGTTTTGTGCTTGCATGTTTGTTTTGTTTTGCTTTTTGGACCTTTGCAATTCCAGTTTACAAGATGAAGGAATTCTTTTCTCCAGTCAGCCCCTTTGTTAGGAGACCTGAAGGGAGACTCTCCCTTGTCTGTTCTTTTTCCTGCTTACTGTTAGTTTAGTGTTATTCTGATGATCACTGACCTGGTCCTCTCTTGCTGTCTGACTTGTTTGAGAGGCCAGGATAATGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATGGCTAGTCATCTGACAGTCCACTAGATGTTCCTCCTTACTGCAAGCATCCCTTTAACTCAGAGAAGAGGCTCCAGATCTCTCCTTCTGCCAATGAGAGTGTATAGTGGAGTTAAACGTACCCTGCAAGTTGTAGAGAATGTGTGGGCCATGTTTCTGAGTAGGATTTCTATTAAGGCCTGGAAATAAGATAGAACTAGTGCATTACTCTGCTTTTTTAGCAGCTGTATTTCGAACCATGAGTTTTGCTCACCTGCAACAGTTGGGAAGGATAAGTCTTGCAGTGTTCTAAGGCTCTAACTTTAGTTATATGTGAGCATTCAGCTGTAAAGTTTCCGTAGTCTTAGAGAATTTTTTTTAAATTATGTCTTTGAAATTCATAGGCATAGATATTTTATAGACATATTTGCTCTGGATTTTTGTTTCCTCCTCTGCCCCCATAATAAGTGTACTTCTGTAACATGTTCACAAGTTACCATATTTGACATAGCCAGTAACAAGAAATATTATGGAAAACTTTTTAAAATTAAATTTTTGGATGTTCTGATTTTGAGTGACTTAGTCATAAAGTCTGTTCATGTAATTCTGTTCAGATGGACTACTGCATTCTTTATCTGATAAATTGTATAGCTTTTGGCTAACTTTCATGGTTAAAAAAGGGAAAACTTGCTTTGGGTATCTTTGAATGTCATTACTGGAGTCTTTGGGTGGTAGTGGTGGGGCTGGGGTTTTCTTTGTGTGGGTCTAGATGTCCTGGAATTCACATCACCAGCCTCTACCTCCCAAGTGCTGGATTTAAAGGCAGGTGCCACCAGGACCACCAACTTCTAGAGTCTTAAAAAATTTCAATACTGAGATTGGTTTATTCTTAGTAGTAAGGATTATAGTAATATTAGTAATTTTTCTTCTCTTAACATTGTAGTGACGGTTAAATTTTTTTTCTTTTAAAATTTATATACCATTAGGTCGGTTTTATTTTGTTTTGAGACAGGGTTTTTGTAGCTCTGACTATCCTAGAACTCTCCATGTTGATAAGACTGCCCTTAAGCTCACAGAGCCACCTGCTTCTGCCTCCTGTTTGCTGGGGTTAAAGGCCTGTGTCTCAAGGACCTGCTTGTTTCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTGATACAGGGTATCACTACATAGCCCTGACTGGCCTACAATCTAGAGAGAAATGATTGACTCTGCCTCCCTTCCTCATGGTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAAGCCCAACAGGTATATAATTTAAATTATACCAGCCTAGTTTTCTAGTTTTTTGTCAGGGTTGGGCGAATGAATTTACCATGTGGGTGCCATTACGTACATTTTGGTAGTTCTTTGGATCCAGAAACGTGATAGTAATACATTTTTAGGCAACTTGTAAGGAAGCATTTTACATTTAAAACTTACAGTGTCAAGCCGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGCGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAACAAAAAGAAAACAAAAAAATAACTTACAGTGTCTTTATTTTGATCTTTTCCCTTCCCCCCCAGGGTTGTAACCTTGGTTGTCCTGGAACTCATGTGGACTCATAATAAAATCTATCTGCCTCTGCCTGCAGTGTTGGGATTAAAGATCATTGATTAAAGACTTGCATTTTGATTTTTTAAGATGTTCATTGGGTGGTTTATAAACATGAAAGTTGGTTGTTGTGCCTGATTTTATCTAGAGCTGGCCAAAATTCTAAAAAATTTTTTTTAAATGCACATTGGTGTTTTGCCTCTGTGTGTGTATACATACATACATATATATATATGAATGACAGTGTTGCATCTCCTGTGACTGTTGTCTGTTGTTACAGGCTGGGGTAAACTCCCATGTGGGTCCTGGGAATTGAACCCATGTCCTCTGGAAGAACAGCCAGTGTATTTATTGCTGAACCATCTCTCCAGCTGGACTCTACAAACTTTTTAAAAAGTACATTAGGCTTATAAAATGTGTGGTGTATATATACCTATCAAATATTTGAATGTATTTTTTTTATAAGAAAGCAACTAAGTCTGTGAGTTGGTAAGCTCTGAGGTATCACAAAACAGATGAGTATTTAACCCAACTTGTGAACTCCCCACCCCTTTTTTCTTATTTTCTTTTTGGGGTTTTCAAGACAAAGTTTTTCTATGTAACAGCCAGCTTGACTGTCTTGGAACTTCAAATGTAGACCAAGCTGGTCTTGTGCTCATAGAGAGCTGTCTGCTTCTGCCTCCCAAGTACTTGGGATTGAAGGTGTGAGCCACCAAGCCCTGTCAGCTTTTGGATTTAGGTGGCAATGCAGAATTAAGAGGACCCCAGGTACATTATGAAATTGCCAGGTTAAGTCCAGTGACTTGATTTAGGTTCACATTTTCTGTTGAAATGGGAAACAATAAAAGCCTGCCTTCCCTTTTCCCTTCCTTCTTTCCTCTCTGTCTGTCTTTGTTTTTGTACTTCAGTGTTTGCATTTCAGTATTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGTCTCATGTAGCTCTAGCAGTCCTAGAACTCAACATGAAGACCATTCTCAAAGATTGTTTCTGCCTCTTAATTGTCCTGCTGAAACTTAACTTTCTTCTATTCTTTCTCCCCTAGAAGACCATAAAAGCTATTTGTAAACTTTTTTATATATATATAAAAAATTGTTCACAGAAGTTAATAGGTAAGTTTTTGAATACTTGTTGAACTGATTATATCTGCTGATCTTAAATGATGGCAGTCATGAGTGTGATCTTTTTCCTTCATTGCTCAGTGAACATTTTGTCACTGCTTGGAAATCACTTAAAGAACTCTTAAGAGGCTGTGTAAAGATGGGTAACAGTTTTAGGACTTAGCACACAATTCAGTAGAGTATACATTTCCTTCTCTAGCCCTTCTGTGTGGATAACTGAACTGGCTTGGATTTATGTCCCAAACCAATCTCTCTATCCCAGTTTCAAAGACACTAAGGAAACAGTGTATGAAGTCTACTTTGAATTTTGACCACTAGGTTAGTGTATACTAGTTTATACTAGAGAACTGGTAAAGAGTGTATACTAGTGTATACTAGAGAACTGGTAAAGATTGTGTACTAGTGTATACTAGAGAACTGGTAAAGAGTGTATACTAGAGTATACTAGAGAACTGGTAAAGAGTGTATACTAGAGTATACTAGAGAACTGGTAAAGAGTGTATACTAGTGTATACTAGAGAACTGGTAAAGATTGTTTTGCTACAGCTTTTTTGCCCCTGCCTCCCCAGTGAGGGATTACAGGGGCAAGCCACACAATTTTTTAAAAATATGTTTTATTTTTCTTAAGATAACACTGTATAAAGTAAATGACTTACCATCCTACTCAGAATTCGTCTATGGAGTTGTGTTTTGTTTTTGCTCAGATCTTGGCATTATGCTTTAATTTTTTTGTTTTGTTTTTATTTTAGTTGCAAAATGTGTATGTTAGAGTTGCTTTAAAATCTGATAGGTTGAACAGCCAACCTCATGGTTTAGGGAGGTGTTGCTGTGCTGACTGATGAAATACAGCAGAACGCTTTGCCCCACACCTTAAATTTCTCAAAGCCTTATAAATTCAGTGAAAGGCCCTCAAGTAGATTGTCTGGTTGACAGTGACAGAGTATGGGTTCTTTTCCCCATCAGGAGCTAGTGTTGAGTGAATTGATGGTGGAGAAGGAGAAGAGGGCTAATGTCCTTTGGCATTTAGTTTCTACCCCCTCTTGAAGAAAATAATTTGAAACACTTAAAGATGAATGCAGAGTGGTGTTCGTAGACATGC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Seq C2 exon
ATTTTGGTTCACTGTTTGACCTGGAACATGACTTACCAGATGAATTAATCAACTCTACAGAATTGGGACTAACCAATGGTGGCGATATCAGTCAGCTTCAGACAAGTCTTGGCATAGTACAAGATGCAGCCTCGAAACATAAACAGCTGTCAGAACTGCTGAGGTCTGGTAGCTCCCCAAACCTCAACATGGGAGTCGGTGGCCCAGGCCAAGCGATGGCCAGCCAGGCCCAACAGAACAGCCCTGGATTAAGTTTGATAAATAGCATGGTCAAAAGCCCAATGGCACAGACAGGCTTGACTTCTCCAAACATGGGGATTGGCAGTAGTGGACCAAATCAGGGTCCTACTCAGTCCCCAGCAGGTATGATGAACAGTCCAGTGAACCAGCCTGCCATGGGAATGAACACAGGGATGAATGCTGGCATGAATCCTGGAATGTTGGCTGCAGGCAATGGACAAGGGATAATGCCCAATCAAGTCATGAACGGTTCCATTGGAGCAGGCCGGGGACGGCCAAACATGCAGTACCCAAATGCAGGCATGGGCAATGCTGGCAGTTTATTGACTGAGCCACTACAGCAGGGCTCTCCTCAGATGGGAGGACAGCCAGGATTGAGAGGCCCCCAACCACTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055024-Ep300:NM_177821:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.906 A=NA C2=0.986
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: