GgaINT0114260 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011992 | EP300
Description
E1A binding protein p300 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3373]
Coordinates
chr1:49680481-49693714:-
Coord C1 exon
chr1:49693621-49693714
Coord A exon
chr1:49681140-49693620
Coord C2 exon
chr1:49680481-49681139
Length
12481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
TAAAATTTCTTGTTTTTCAGATT
3' ss Score
10.11
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCCGAGAATGTGGTGGAGCCGGGCCCGCCTTCAGCCAAGCGGCCTAAACTCTCCTCGCCGGCGCTCTCCGTGTCCGCCAGCGACGGCACAG
Seq A exon
GTCAGTCTCGGGGGCCCGGGCCTCGGCCTCCTTTCTCTCCCTTTTCTCTCCTATTTCTCCCCTCTCCTGCCCGAAATCCCCCCTTCCTTCCCTCTGCCTCGGGCCTGCCCTCGGCCTTTCCACGCTTCCCTCCCTTCCAGCCCCGAACCTATTTGCTTCACCACGGCGCAGGAGGGTGTTCGCGTGTTTCTGCCCTCCTGTTTCTTTTGGAAGCGAAGCTGCTTGCTGCATTGTGCTTTTGGGCAGTCGCTGATGAGATTTAGTCCGTTTCTTGTCTTTCCCACTGTAGCTACGGCAGAGCTCCTCTCCAAGCCGGGTGCCTTGAATTCCCGCTGCAGAAAATCGAAATTGCACAGAAGCATCATCTTTAACACTCTTTATTGTTGAATTTATGGGTGTGCCTGTCCACATACACAAACGTGTGGCTTATTTCTTATTTTACGTAGATCCACGTTTATTTTTTCTTCTAGAGCTTGTTAAGAAATTAGATCTATTTCTCTGTTCCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCGTCCCCTATGCACACTGCTTATTTGATATATATTTTTTGTGATTCTTCTTGTTCTTCTTTGCAGAAGAACATCCAAAATTTGCTTTTTCATTTGCTTCAAATAGCTGTTCTGCCAAAGCCAGTGGCCTAAAGCCTGAATCCAGGTTGCTAGTTTAGGGCAGGAGGCTCATCAGGACTCTTAGAGAAACAAAATGTTACTTCACCTTCTTTGCATCAAGAATCAATATGGAGTGCACTTCTTCTTGCATCTCCCATTTCTTTGCTGTGAGACCAAAATGTCTGAAATTGCCCTGTAGACGTACAGGTTGTGAAGATGGAGGGGCTTCTCTGCAGTCCCTGCAGAGCTCCTTGGTGATGCTGTGGAGGTGAGAAACGATGGGTGTCCTAACCCCTTGCAGATAGGTCTGGTTGTGCTTGGGAGGGCAGAGGGCGTACCAAAGGGATGTTCAGATTTTAGATGCCCCCTTGAGAAGCAGCTGAGCTTTTGGTATCGTTCTGCTGGGAGAGCACTTGGTTACCTGTCCCCCGGAGTCTCATTCCAGTCACTTTCGGTCTTCTGGAGCCTGTGGAGATGTGGGCAGCAATCAGAGCTGCCGAAAAAAAGGAACAGTTTTAAAAGAATAAGATGGCTGATGGATCGGTCTCTTGACAGTAAGCAGAAGGTTACAGGATTCAGTTGGTTTGAGCAGTGGCTGTGGGGCTGCTGGGGATCGCGTTCACAGTTGTGACTTCAGTCTTCCCTGTTCTTGGTGAATGACGTATTAGTTCTGAAAAGTTTGTGTGCAACTTTTAGAACGTGTTAGATCCGGGAAGGATAGTTTGTGACTGGAGGAAATGACTATTCCCCCACTATCAACAGGTCTTCAGTGAGAGAGCAGAAGAGGGCTGGAGAATCTTTAGCCAGGGCTCGCTGCTGAGCTTCCTGTACTGAGCTTGGAAACCAGTACCTAATTCAGCAGTAACCATTTTGACTTTGCCTTGGCAGTGGTGATCTTGCTCTGTTTGTGGATGTGAATTAATGTGTTGGTTTTACTTGTGAGCTTATCGAGCAGCTTAACAAATGAACTTTTTCTAGTTACAGTGAAACACTCAGGAGTATTGAGCAGAAACTCAGAAGTAGCAGCACAAAATGGAATAAAATTCTTGTAGGGTCACTGAGGTGGTCATTATCTGGTGGCAATGCAGAGGTTTGTGACACTGCAGACACTCCATGGATGCTACACAGAGGGTTTTTAACCCTTCTGGTTTCCTCACTGACAGTTTTAAGCTGCATCTGGGGCACTTCCACTTTGTTTTTAGCTTACTACATCTGTTTCTCTGATGAAATAAAATCAAGTGTGCCGACCCAATAAATATATTTTGAAGGCTATATTTTTCCACTTGCCGCTTGCGTGGCTCTGTTTTTGGTCTCGCTTTTGCTGCTGTGGGAAGCAGCTTTCAAGTTGCCATTTTTAACCTGTCTGCTCTTTAGATTTGTTTTAAAACAGTACAAGCAGCTCTCCTGTCATAAATTCCACATAGAGAACCTATTAGATTGTCCCCAGTCCCGAGTTCATTATAGAAAATCAGAAACACGGTGCTCACGTCCTTATTCCAGCACTCTTGTTAAACTCAGGGTTCCATTTCCATATTCATCCTGGAGGGAGAGAGGTTAAGAAACTTCAAGGGTCCGTCAGACTTCCCAGCACATGTGCACAGTGGGACTGTGAGCGTGTTTCCTCTGCTGTTAACTTGTTGCCTTGATTTCTTAATGTGAAATACAGTTTCAGCCTGTTAGGTACCTGAAGGGATGGCTGGCTGTGGTTAACTCACTCCCAACCTGGTAGGAGTTCGGTGTATTTATATTGGTGACTGAGCCTCTGATTCACCCACGTTTTCATTTCAGGATGATGCTGATATTCTGGAATAGGAATATACTAAACTCAAATAATTAGTTGAATAGGAGAATGGCAGTCATATAAGTATTATCTTCAGGTATTGAGACTTAGAGCTTTGCTGTGGGCTCACCTTTTATTGGCGCAGTGTCCTCAGCGTGGCAAGTAAATCTGTGACCCTGTGCTAGCAACTTTGCGGGGTGATTACACTGAGAAAAGTAATTTGCCGGCGTAGCTTCATTTGCTTACCCTTCCTCTCTGGTAGAAACACTGTTTTCATGTGTTGCATCTAGTCTGGGAAGATTATTTTTTTTAACATTATATTAGCAGATTAATCGTATACCGCAGTCTATTTTTTTTCCACCACTACAATGGCATAATTTCAGTGCGTCCTGAAAACTTATCTCCTTGAGTAAATGAATAGAAATCTCTCATATCAATTCATTTCTAACTGGCTGCTTTACAGCAGTGCTTTCGTGTCGTCCTTTTTAATCTGTGATCCCTTCAGTTTTTCCTGCGGCGATGGAGGTGTGCTGAGATTGCCACGTACAAATTTCTACGTGGTGTATTCAGTAAGGATGAGGTTAATCACCTTGTACAGCGCTCCCTGCCCTTAGAAATAACCTGGGCTCTGTGTACTGGGAAAGCTTTTGGGGCTGCTGACTCCAAACTGCTGTCTTCCATCAAGGAATACAAATGGAATATACGCAGCGCTGCAGCGTGCTGGTACGGCATCGCTTCTTTGGTTGTTAGATCTGAAAATAGGATTGGAAGTGCTTAGTGGTTCTGACTTGCTCTAAGTCAGTTTTGTACAATTAATTCGTTGGCACGCGTTCTATCAGACATTGCTGCGGGTTTGATGTGTGCCTTAACTTCCTTCAGTTTACCGTATCCAAAAGTCTCATTTTGCTGAGCGATAACGCTTCTTCAGTGTCTCCATTGCAGTACCTGTCTTATACACAGTTTGTCTTCTTGTATTGTTAGTTTCTTTCAGGAACTACTTTTGACCTTTACAACTTTCCTCTCCCTTACAGCAAAGGTTCAAATCCTGCATGAAAACAACGCCCAAAAACAAACCAACAAACAAAACCCAAACTTCTCACCTGGACTGCTACAGTTTTGACTGATCCTCATCTTTCTTTTGTTCCAAATGTTATCAGACCGTTTCTTAGCTTGAAATGAATCTTACTGATCTTGCCTTACTGCCTTTTCCAGAGGCACTTGTAAGGTTTTCAGCTCTGTTTTTGCTCTGCTATGGATTTTTTTTCTTTTCTTAGAGTTTGTATCTATCCACATCTTTTAAATAACTTCTACAGATCTGTTTTCTGATCAGTGTGGAAGGCCAAGTCGTTAGCTGCTCAGAGCCATCAGTTCAATATTTCTGTTCCTTCCTGTTGAGCCATTTTCTTTTCCTTTTTTCCCAAGTATTACTTACGGTGAGATGAGAAATGCATTAAAATCGAGTTTGTAGGATGGTATTGTCTGTAAATGAGGCGTTGCAGTAGATTATCATCAAGCCAGGAGCAGACACTGCATCTGCCAGGGAGAGTGAAGGGGTATCTCTGCCTTATAGTTGTCTGGACTGCCAAAGTACCTGCATTAGCAAGGAGGTATATTAAATGTTTTGCAAACTGATCGTCCTGATGGCACTTTGTAACTTTTCAAAGGAAATCCTACAGGCTTTGGATGTTCCTGCGCTTCCGAATTGCTGTGCTGCTGCTTTTGCTACTCCGCTGATTTGGGTGTGACTTATACAGGTCATGAAAAATACCCTAACTTTTGCATCTTTCCTCCATGTTGTCAGAGCGGGGTTAGGATTTAGTCCAGGCAGCCTTTAGTTCGGATCATTGGTCAGTTCTGTATTTGCAAGAAAAGCCCTTCAGAAGACTTTATCTGGGGAGAGTGTAGTGGGACCTAGAGCTTTTTGAGAATGTGCTTTTTATGAGGTACTGGAGATTACCAACGTCCAAGTTACAAAGGTACGGGGAAAAACAGTTTTACGGGAAAAGTTCAAAGTGATTTTATTACTAGATTTTAATTTGGTGTGATTTCATGTGCATGTTTTGCCTTCTCTTCATAGGCTGCCCTTCAGAGGAGCAGCCTTTCAGTGCATGTTCTAACAACGCGGTGCCACTTCTTTAACCTTTCTCATCACCCTGAGTAGTGCATCCTTGGAAAGGGTTTGGCCAGAAGTCACTCAGAGTTATTATCTGACAAACAGAGTATTTTTGCTGTGTTGTTTTCACCATCAGATAAACAACGCACACCTGTCTGGAAGGACTTGGGTTTTCTGTCTTTCCTTACACTGTAGCAGCAGGCTGAAGTAAAATACATCTGTCTCTGCATATGGTTGTATGCAGTGACAGTGTATCCGTAGTTAGGTTGAGTTTGTAGGACTTCACGTAGAAGTGGATGCAGGGCAATTCACAGAAATCCTCTCCCTGAGCGGTGGCTGATACGTTGGCCAATGTGATTTTGTTTGCTTCCTAAATAGCAACAAGTTTGCTTAAAATGCCTTGGCATACGAGAGTGTTTAGAGTTCTGCAAAATGTGTTATTTTCTTTTTCAAGCACTCTTCTCTCACAGAACTTTCTGATGAAAG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Seq C2 exon
ATTTTGGATCACTATTTGATCTGGAACATGACTTGCCAGATGAACTGATCAGCTCCACAGAACTGGGACTCACCAATGGAGGTGACATTAATCAGCTGCAGACCAGCCTTGGCCTGGCACAAGATGCTGCCTCTAAACACAAGCAGCTGTCAGAACTTTTACGGGCTGGTAGCTCCCCAAATCTCAATATGGGGGTTGGTGGCCCTGGCCAGAGCATGGCCGGCCAAACTCCACAAAACAGTCCTGGAATGGGAATGTTAAACAGCATGGTGAAAAGCCCCATGGCACAGGCTGGGTTGACTTCTCCCAGTATGGCGATGGGTACAAGTGGACCAAATCAGGGTCCTTCAGCCCAATCTACAGCAGGAATGATGCCAACAGTAAACAGTCCAGTTAACCAGCCTGGCATGGGAATGAACACAGGGATGAATGCTGGCATGAATCCTGGGATGTTGGCAGCAGGCAATGGACAGGGGGTGATGCAGGGGCAAGTCATGAACGGTTCGATTGGAGCGGGCAGAGGGCGACCAAATATGCCATACCCAAACCCAGGAATGGGAACTGCTGGTAACTTGTTGGCTGAGACACTGCAGCAAGGCTCTCCGCAGATGGGGGGACAGGCTGGACTGAGGGGGCCGCAGCCTGGAGCCATGAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011992:ENSGALT00000019563:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.906 A=NA C2=0.991
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]