RnoINT0006534 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000000190 | AABR07058539.1
Description
NA
Coordinates
chr7:122818975-122835329:+
Coord C1 exon
chr7:122818975-122819267
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr7:122834692-122835329
Length
15424 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
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8.02
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000000190:ENSRNOT00000000206:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.906 A=NA C2=0.986
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]