DreINT0063543 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101579 | epc1a
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070629-5]
Coordinates
chr12:40942471-40953548:+
Coord C1 exon
chr12:40942471-40942630
Coord A exon
chr12:40942631-40953402
Coord C2 exon
chr12:40953403-40953548
Length
10772 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
CAGTGTCTCTCTCTCTGCAGCTT
3' ss Score
10.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACACCATCTCCAGAGGGCAATTTCGGCCCAGCAGGTGTACGGAGAGAAGAGGGATAATATGGTGATTCCTGTCCCAGAGGCCGAGAGCAACATCGCCTACTATGACTCGCTCTACCCCGGAGACTTCAAGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGC
Seq A exon
GTGAGTTTGCAGTTTTTAATGAGCGCAAACGAATGCTAATGAGGCAGCTTTTACTTTTTGATGCAGTGTTTCAGGTAGTGCGAGTACTGGAGTGTCTGACTAAGAGGGGCAAAGTGATTGAAACCATTGTTCGCTACATCTGTCAGCTGATTTCTGAACAGCAGGTGTTTTGTTGTGATGTTTTTTGTTTCTTTTGTGAGGGGTTGTGGATTGCAGGCTGTGCCATCTGCCACATCTTATACGTTTGGGTGCTTTCACCTCAAATTATTGTTATAAATCTCCTGAAATACCCCTTTGTTTTAAAGGTGATTTATTTCAGTGAATGGACTATTTGCATCATCTGCCAATAGCAAGTGAATTGAGAGAAGTTGCAGGCCCTATAGTGCTTATGCAGCGGGATTCTGAATTATTTAAAAAATGTGTGTGTGTGTTATTCTACTCTACAAAAGTTGTTTACACTTAATTACACAGTATTTTGGATACCCGAGCTAGGTATTTTACATTGGTTCATTGTCATATTTTTCATATGACACATGTAGCTCAATATAGCTCATATATAGCTCAATATAGCTCAATGTAGCTTCATATAGCTCAAATGAAAGCTCTTGGCGGTGCTCATACGGTTCTAGCATTCCTTTTACTGAATTATATTTACATATCAAACAGTTGTCGAATAAATCGCGGTGTTTCCTTGGCCCAGAAGTGAAATACATTTATGATCACTAAGCAGCCCCAGATAGCACAGACAGCTGTCATCTCTTACCTTATGCTGTGCGCTTCAGGGCCATTTCTCCTCTGTTTTTGAGGTGATGTGCATAAGTAATCCTTTTATATGTCTGACGTGGTCCAAACACAGTGAATTATGTTTGATCAAACAAAAGAATAGTGAAATATGAAAACAATGATCACCTCCCTGTGGCTTGTATAGCACCTCTCATCAGTTGGAATGCAATAACTTTTGCATAGATTATGGTAGATACATTTTTCTTTTTTTCTATGATTACATACATGTGCAGGAACCACCAAAATTAATTACAGCACCCTAGACCACACAGAACCTAAATGGTACACTTTCAAATTTAAGTTTAAAAAAAAAAAACGCCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGTGTTTATTATAACACAGTAGGCTTGGGCGGTATCCAAATTTTGGTACCGTCAAACCGCCTCCACATTTTACCCCGGTATCCGGTATTACCGGCGTAATAAAAAAAAATTATGACGTAAGGCTCAAACAGCGTCACCAAACTGTTGGCTTAAGCCTAAACCATTCAGAAACTGAATACATTCTATGCGACCTTAGGCTCGCGGTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGCGAAGCTCAGCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTTTTACTCACACACACACACACACACACAATCTCTCCCGCGATTTATTCAGAAATTTACTCCCACACCGTAAGAAATCTGGCCGGCTCCCGCGGATCAGCAGTTATACCCGATAGGTCCCGAGTCCGACAGGTACATTTTGATTGACAGCTTTATACAGCCCAAACCCGTTCACAGCCTACATTAAATGTGCTCATGCACACAGCTCTAATGCATTTTTTTTAAGAATGAGTCATTTATAAGTTTTAACATCATGTATTCGTAACAAGCGTAGACTATAGGCCACTTGAAAGTTGGAACAAAGAAATAAAATAAGTCCTACAGCTGTAACATCGTAACATCTCAGCACTCTATAGGTCTACATGCACTTAGCCTTTAAATTAGCCTACACACCAATGAAAAGTAATCTTGCTTAACAAATCAAATTAAAATAAACTCTAAATGGTGACGGGTATTTTGGCAATAACGAAATTAAGATAAAGGCTCTGCAAGATGTGTTTCTCCACTTCTCTTCACAATCTGGCATTAAGGCGGCGGTGAAGCTGAATAATAAAAGAATAATGCCACCATTAGTCTGTATACTCTGTCTACATTATGATTATATGGTTTAATTAATATTTATTTATAATTTAAAAACCCTTTACGCACCAAGATTAGGCTACGTGTGTTTGTGGAGGAACATTATTAAATCCACTGGCTTTAGCGCAGTCTCTCACTCATGTGCGTCCAGCAGCTGAACACCCTTTCCTGCGGCTACAGGTCGAGATGCAGAGTTCTGATCCGGCTGATTTTGCAAGTTTTTGGTAGGATTGTTTGTTCATCTTCTACCAGTCAGGAACATGCATTTAATTTTCCATGACAGCAGTTTCACTTTAGCGAATGGCCTCTTCTTTTTACCTGTCAGCTTGCGGTTTAGGGCTCTACCGTAATACGCAGTGTATGAGCGACCGCGAAATACCTGCGGCTGGAATACCCGCTCCTTCTGAGCTAGTGACTGACTTGACCGCCGTCAAAATCCTCTTTTTTTACTACTTCGTCATCATTCGTTTCACCTTTGCAGGGATGGATTTTAATGCAGGGATTTGGGTTTTTTCGGGTCTCGCTGGGTTCGGTCAAAGATCTTTAGCTCTAATGCAGACCTCTCGTTCATATTAACCACGTCTCTCTTCTGTTCAGTCGAAACTCCCAAACTGCAGGACACTTTGAAGCGCGACTCGTCACGTCACCTCTCCCCCTCCCTCTCCCCCTTCTCTCCCTCCCCCTTCCTTTCCCTCTCTCCTCCACACTGTCCCGTGATGACAACCGCACATACGTTTTTGTAGGCACTAAATAAAGGATATTTAATATTTTATGACGGTATAACGGTATTGAAACTGACACCGTTGCTATTTTTAGATCCCGCGGTATACCATAATACCGTAATACCGCCCAAGCCTATAACACAGACAACATATACAGTTATTTTAAACACTTTCAATAGTGTTTCATGAAAATTCAAAGGGTTTTCTTTAAAATGATACCAAACTTTTGCATTTACACCTCTACATGTGGATTTGGGAAGCTTTTAAATTTGGGTAGGAAAAATCCAGGCTGAAATCCCAAAATAACAGCAGAGTTTAACTGGTTAATCATTTGTGATAATTTGTTTCGGGGCAAAAGTGTGATTTTAAAAGTGTAGAAATAAAAAAAAAATAAATAAAGGACCTTAAAACAAAAAAACTAACGATTACAGGTCTAAAAAACAAATTGTTAAATGAATCGCAAAATGTAAACATTGTACTTTCAACATTGCAACTTTTTCACAATGTTGATATGTTTTGTCTGCATTTCCATAGTGGTGTGTAGTATTATGCTCATATTATGACAGTATTGCCATAATGTATTTTGTGATCATGCCAATAATTAAACAATAGAGCATAAAATTAAACAATACACTTTTTATTTTGTCCATACGATATACATATCGTCATATTGCACAGCCATGTTACACATGTTTGAATTAAAATATCTACATCAGGGCTCGAAATTAACTTTTTTACTTGGTAGCACCGTTGCTCCCAACTTCAAAAATTTAGGAGCACCCGAAAAAATTTAGGAGCACCCACCAAAAATGAATGAGCACTGCTGCAAATTGTATTTTAAGGGACTTGTTGTATTTTAAAACAACATCAATTAGGACTAACAAAAACCAGAAAGAACTAACTAATGCTGAGATGACATTGATATTTGTGTGCAATAATTCCAAAATGTGTATGTCTAATAATTATAGAATATTAATGATGATGTAAATGACAATAATAGTAACAATTTATTACATTTCTCATCATCATGCTGCCTTGAATGTGCTTTAATGTAAGTTATCTGCTATAAAAAGTTACTTTATGAAAAATAAATGTATAGTTTGCATCAAACAAAAATGAAGCATTGCAGTAAGAAAGATTTATTTTGTGCAGTTAAACAGCATATATATGCATGTCAGTTTAATAAATAATATTTCTGCTACAAAACAAACAAAAGATTATAATAATTAAATTCAAGGCTGAAAGCTGCAAAACAGTCATCAGTAATCAAATAAAAAAAATAAAATACACCAAGAAATAGTAGGCAAAACAAAGTAAGTAAAGTCTCACTTCTATCACTCTTTAAAAGTTTTGGTTTTAGTTTATGTCAATGTAAAAGTTCCGTCTAAGCTGATTTAAATTATTCTGTGTGTGTGGAAAAGCAGGCGAGTCAGCCGACCCAATTTATGAGCAGGTCGAGCACCGGCGCAATACCGCTGTTTGTTATGAGACGCAGTTTCAGTGTAAACGTAGTAAAGGCGAGCTTCTTTGGTGATGATATGTACAGTATTAGATTTGACTTTTAGCGGACATTTGCGCTAAACACTCGAGATTCGGGCACCTTCTCCGAAAAGTACGTACTCGATTGATCTCAGCTGGCAGATCAATATTCACCACGTGTCATGATCGCTCTCATCTGCACCTCAACTTTAGGTGGGGTTTGCACTTTGCAAACCTGTGTGTTTTAAGTTTTCACTCTTTAGCCGTTTGCATTTCCCGTGGTCATAAAAGCTCCCTCCCTGTAACAGCGGAAAGCTTTGAGTGAATGACAGCTAATATGAACCAATATAGCGGCAGGGAAGAGCGATTCAGCACGTTTTTAGAAAAAATCAAAACAGGTCGCACTAATGCGCCCAAATATATTATGAGGTCGCATCGATTAATTTTCAGGCGCATATGTGACCAAAATGGTCGCAATTTCGAGCCCTGTACATACTTTAATCAGTTTAGCCAGGCTCTTGGTTGTAGCATTCAACTTGGATAATGGCTTTTTGCTTAACGTATGTGTTAATTGTGGGATCCACAGAACATAGATGTGTGTGGATGATCGTTTCAGTTGTGGGACGTCAACCAGACTGCTTAGGACTTTAATTACTCCTACAGTCTTTTTAGTTTTCAACATGATGTGTTTTTGTTAGCTGTTTCTATTAATTGTATTTTGTGTTTTACGCTGCCAATTAATTTCTTGTATGTGGTATTTCTTGCATGCGGTCATTGCATTCAAATTGT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CGAGTTGTGCATTCAGAGATGCTCTTCTGCAGACCACGGTTGTAACGAGTGGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTATTAGCTGGAACCAGTCCGGCCAATCTCCTCTTACCTCTGGCATCAACAAGGCATTTGCGTTCACAGAACTGCCGCTCACTGGATATTTTCACTTATTCGGGCCATTCTCTGTAAACCCTAGAGATGGTTGACTGTAAAAATCCCAGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATAGTCAGACAAGCCTGTCTGGCACCAACAACCATGCCACGTTCAAAGTCACTTAAATCCCCTTTCCCATTTTGATGATGCAGATTGTCTTGATCATGTCTGCATGCTTAAATGCATTGAGTTGCTGCCACATGATTGGCTGACCAGTAATTTGCATTTACAAGCAGTTGGACAGGTGTACCTAATAAAGTGGTACCCAATAAAATTGTTTAAGTGAATTGTTCAGGGAATCGAACTTTATGTACTTGCTTTCTACTGGTCTTTTATTGATATCATTTTCAATATTACACACCTATAAAAAAGCCAGTTAGATTGAAACTGGCTATTTCAACTAGTGTTTAGAACGTATATCCGCAAAATGCACTTGACTGCACATTCATTTTAGGCTGAAACAAAATAGCACATTAAAAAAGAAAAGTTGCTATATTGTCAGACTCCAGAGCTGACTGCAAATATTTAGATGCCCGAGTCTGTCTGAAAAGAGTTTGAAGCTTTGAGTGTTTAACCTTCAGTGTCTCTCTCTCTGCAG
Seq C2 exon
CTTTCAGTCTGGATACGGAGCAGCCGGACTACGATCTAGACTTGGAGGATGAGGTTTTTGTAAATAAGCTGAAAAAGAAGCTGGAGGTGGAGGCTCTGCAGTTCGAGGAGATGATTGACAGATTGGAGAAAGGCAGCGGACAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101579:ENSDART00000158811:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.074 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=FE(36.8=100)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=PD(30.6=89.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]