RnoINT0055453 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014834 | Epc1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2324280]
Coordinates
chr17:57322891-57332889:-
Coord C1 exon
chr17:57332730-57332889
Coord A exon
chr17:57323037-57332729
Coord C2 exon
chr17:57322891-57323036
Length
9693 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
GCTTGTGGTTCCTCCATCAGCTT
3' ss Score
5.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACACCATCTTCAGCGGGCTATCTCTGCACAGCAGGTGTACGGCGAGAAGCGGGATAACATGGTTATTCCAGTTCCTGAAGCAGAAAGTAACATCGCTTACTATGAGTCCATATACCCTGGGGAGTTCAAGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGC
Seq A exon
GTGAGTGCTCTTGTGATTGTTGTTTCTTTCTCCGAGTCTGTCTTCCTATGTAACTTGGAAAAATCTGTGTCCTTGAGCACCATGGCCTAAGTTAGTAGGGCCTGTTTTCCACTTTTAACACAGTGTTTGAGGGTCCAGGGATGTATGTCATCTGATGAAGTACCTTGTGTGCCACAAAGCCATACATTGCATGAACCGGTCACAGTGGTGCACATTGAAGGGATAGCAACTCAGATTGTACTCAGCTATATTGTGAGTTTCAGGTCATCGTGGATTCTGTCGCACAGAAAATGGTGTTTAAGATACCTGTCTTATAAAAAGATGGCATCTGTCTGTATAGTCTTATAGTTCCATTGTATGCTGCTTCAGATAAGCAAAATCTTAATGTGCCTCAAAAGAAAAGCAGTTTTCATTTTTTATTTTTTGGAATTAATAATATTACCAGCCTCAAAGAACTTAATGTAAGAAAGTCAGCTTTTCCTGGGAAAGGTTTTAAGTTTGTAAGTCATTCTCTGTTACAAATACTCGTCTTTGGTGTTGTGTAGTATAAAGGCAGCTACATTTTAATGATGATATCACATAGCAAGCCAGAGTTGTTTTGTGGGGTGTGGTTTGTCAGTCTCTGACACTGGTATTTTAAATGTCAATGTTCTCATTTGAAAGTTATTCCACTGGATGGTAAACGAGAAATGATTGCTCAGAATGACTAACAGACGTAAGATGGTGTGTGTCTTGTTACTAAAGTCTGCTTCCCTGGCCTCAGGTGGTTGGCAGCTTAAAAACAAATAGTTGGAAAAATTAAGTAAGCCAGAAACCAGGTAGTGAGTTAGGGGTTGGTTACAGCCAGTTTCTCAGTTTTGTACAAGATCATGAAAGAGTCAGACAGGTTTATACTACGCTGACAAAAGTCTATAGATAGTCCCTTAGGAAAGCCTCTGAAAGTAAAGCCAACCACAGTGCCTATGTACCACATGCTGTCTTCGTTAACCCATTGGAGGACATGTGGGAAGCTTGTAGCTTAAGACTAGTATAAATAGGTCCACTAGAACATCCATGTGCATGTTGTTGTATGAACTCTATTTTTAATCTCTCTAGGTTCAGTATTCAGGTTGACTGGCGTGAGCCATCCAGTTTTAGTTTGGATGACAGTTGCCAGGCTGCTTCCCAGGTCACTGTTGATGCATATGCAGTCTGGGTTTGTGCTCTGCAGCATCTGGCCAGGGTCATTGCTTCGTATTGTAGTTATTGTGTGTATTGTGTATAGCATGAGCTCATCTTCTATTGTGTGCTTCCTGGAGAGACTAAATAAGGAATCATTCTGTGGCTTTATTTGCCTTCTCTTTGTGTTGTTTTAAGGGACTGGTCATATGTCTTTTACCCATTTTTCTAATGGATTGTTTATTGTTGACTCTGAGAGGTAATAAAGACATTCTAGGCTTAAGACTGTATTAGGTGCATGATGCAATATTTTCTTTCACTTTTGTCATATGTCTCTTCATTTCCCACAGTAGAAGTTCTTAATATGGATTAGATCCAAGTTATTGATATTCCTCTTACACGGCTGATGTTCTGAGACAGGGCCTTATTATTTTGTAGCCTTGAGTGACATGAGTTGTCACCCTTGGCTTCCAGATCATTCTTTATTGTGTTGTGGAAATTTAGCAGTTTGATATGTAATTCTGTGATCCATTTTGAGTTAGTTTTTATGAGAATCATAGTCGTTGATTTTCCCTTTGTAGCCCCGGTCACTCTGCTGCCATTATTACAGGAGCTCCCTCCCACTAGGTTACCTTTTGCTTCATGGTCAAAACTAATTGAACACATTTTGTGGGTGCTGCTTTGTTTGTGGCAGTCTCTGTATCAGAGTGGCCTCGGACTTGGCCCTCTCCTACATTGGTCTTGTGTGTGCTGGGATTACAGGGCATGTACCACCTTGACCTGCTGGGTCTGTTCTTGGATTCTCAATTCTGTCCCTTGATCTTTGTATTTATTTCAGTAGAACACCACTGTCTTGCATATTGTAGCTAAATATAACCCTTAATGTCTGGGAATAAGTCTTGGATGAAAAGAAAACAGGCTTAGCAAACTTTGGTGATCAAGCCAATAGGGGCCTGCTTTCTTACAGCACCCAATCCTGCCTGTTCAGGAGTGACACCACACACAGTTGTCTGAACCCTCCCACATCAATCATTAATCAAAAAATAGCCAACAAATCTGCCATCTCGCCAGTATGATAAAAGTATTTTTTCAATTGATTCTTCTTCCCAGATCCAACCAGAAAAACATCTAACCAATATAGCCTGCTGATAATGGTTGGTTATTCTGGCGGACTTTCAGATACTACTAGCCTTACAGCCTTATACCTCACTTGACTATGGTGTAGTGTGCCTTTCAGCACATTGTTAGGTGAGATGGAGATGTTTGCTCTAAGAATTTATGAAGGACTTTGGCTTCTAGGTTCATGAGTGGCATTAGTAAGTCATCTGTCTTCCCTGATTTACACATCATTAGTATTGGTGTGGTAAAGCATGTTAGGGAATGTTCCAACTTTTTCTGCTTTGTGGAAGAGATTGAATAACATTGATAATAATTCTTAAAGAATTTTAGTATAAATGAAGAAGACCTAATTGTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACGTTTGTCAGGGTTCTCTAAGGTTCTCTAAAGGAACAGAACTGATAGACTGATCTGAGAGAGAGGGGGGGGAGGAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAATATGAATGAGAATGAATGTGTGTAATTTCTTAGAGTGGCTTATAGGCTATAGTCTAGCAAGTCCAACAATAGTTGTCTACCAATGGAAAGTTTAAGATTCAAATAGTTGTTCAGTCCCTGAGGCTGGGTGTCTCAGCTGGTCTACGGTGTGCACCAAAATCCTGAGGAATAGGCCAGTGAAGGGATGAACTTGCCAGCAAGAGTTGAGGGCAAGTGGGGGAAAAACTGAGCTTCCTTCCTCCATGCCCTTTATGTAGCCTGCCAGCAGAAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGGGTCTTCCTACTTCAAATGATCTTATTTAAAAGAAACCCTCACAGGAGTACTGAGCTGCTTGAGTTTTAGATAATTCCACGTGTAGTCAAGCTGGCAACTGAGAGTAGCCATAACACGCAGTATAATAGTTTTCAAGTGAAAAGTGAACTCCTAACTCTGGTAAGTGACATAATAACCCATACTTGTGCACACATCATACAAATATACAGTGATAAGATAATTTTAAAGCTCCTAAATTACACTAATTTTTCTCTGGAATTTCTCTTTTAGTTTTATTATGCAGGGTTATATGAGGACATTTTATGAAGACATTTTCATGTGAATAAAATGTGTTTTAAGCATATTACCCTCCCCATCCTGTTCCCTCCCTTTTCTTACCCTTCTTCTTGTTCCCTTTTTCCCTAGCCATCTTGCTTTTGCTGTGATGCCATCTGTAAATACATAATTTTATATGTCTAAAGGCTAGCGCCCATGAATGAGAAAAGAAGAGCATTCACCATTCTCAACTGGCTGAGTTTGCTTCATGCCATCATCTGCAGTGGAGTCCATTTTACCACAAAACCCCTAGCTTTGTTGTACTTTATGCCTGTAAGGTCCCACTGTGTCTATCCCTCTGCTGCTGGATGCCTAGTTTGGCTGTTGTGAGTAAACACTGGTGTGCAGTACAGGCTCTAATGACAGTGAGGGGACTTGCATTTGCGAGCAATCGGGCAAGGACAGAGTTTCCTTCTTCAGAGTCCTTCATGTAGGCTGCCAGCAGGAGGTGTAGCTCAGATTAAACATGACTAAAGATTTTCCCACTTCAAAGATCCACTCTTCCCACTTCATGGAACTTAATTGAGGGGAAAAAATCCCTCATTGATGTTCACAGCCTTTTGAGTTTTAGCTAATTCCAGATGTAGTCAAGTTGGCAACTAAGAATGACCACTACAGCTAGAGTCCTGTTGAGAGAATCTTTGTGCTGTACTGTGGGGTGTTTTCCTCTAGCAGTTTCAGAGTATCGGGCCTATTTAAGGCCTTTAAATCCTTTGGAATATGTTTTTACATGGTGAATGTCTTTCCATCAGTGTGTAACTGAGGAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCTGAGGAGTCTTTTAAAGTCCTGTTCTCACACATGGCTTTAGTTGTGTATGCTCAGTTCTATGGCATTGATCTATAGGTCTGTTTGCGTGCCCGTGCCTCAGTCCTCCATTCGCTGTGGCAAGGGGTGCTGGTGCTTTGACTATTTGGTGTTTTTTAGGATAAAATTAATGTGCCCTTAAAGCTGTGATCAAATGTGTTTGAGAATGTATGCCTCTCCCTGCCCCCTAAATGGTAGTGAATGCTACTACTGTGTATTGCAGTCTTTTCGTAAATTTATCACTGAATATTATTTCATCTCATCAAATGGGAAATTCCACCTCTATTGGTTTTGGTCTTGGCTTAGGAACAAAGTCAGTATTTTCTCTTTAGTCATGTCAGAATTCTGCAAAAAGAAACATTAAAGCCATTACTATCTCCAGCTCCATTCTCTGATGTGTCTAAACTATTTCACTTAGCATTGTTCAATTTCTCCTGATCCAAGGGATTCAAAAAGCAATGATAATTCTCAGAGCAGTGAGTACACCAAGGACCTGTGTCATCAGGAAATGGCTGATCCCAGGTGTAAATACGAGAGGGACATGGTGACCCAGAAACATCTTGAGCGTAGTAATGAATAGTAAACTGTTGGGGACTCAGCATGCTGATGAGGGCATCTTGTGTTCCCTCAGCGAGTGTCAGAACTGTGTGACACCTTGTGGACAGTTACCATGATCAAGGTGACAGCATAGAGCTCACCAGTATCTACTGAATGTGAGAGAG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Seq C2 exon
CTTTCAGCTTGGACGCTGAGCAGCCTGATTACGACCTGGATTCTGAGGATGAAGTCTTTGTGAATAAACTGAAGAAGAAAATGGACATCTGCCCAGTGCAGTTTGAGGAGATGATTGACCGGTTAGAAAAAGGCAGCGGTCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014834:ENSRNOT00000019968:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.019 A=NA C2=0.082
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=FE(53.5=100)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=PD(44.4=89.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]