HsaINT0056886 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000120616 | EPC1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19876]
Coordinates
chr10:32293592-32305931:-
Coord C1 exon
chr10:32305772-32305931
Coord A exon
chr10:32293738-32305771
Coord C2 exon
chr10:32293592-32293737
Length
12034 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTAAGT
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CATATGGTTCCTTCTGTCAGCTT
3' ss Score
5.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACATCATCTTCAGCGGGCTATTTCAGCACAGCAGGTGTATGGCGAGAAGAGGGATAATATGGTTATACCGGTCCCAGAGGCAGAAAGTAATATTGCTTACTATGAGTCTATATATCCTGGGGAATTTAAGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGC
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTTTAGTTTGGATGCTGAACAGCCTGATTATGATTTGGATTCTGAAGATGAAGTATTTGTGAATAAACTGAAAAAGAAAATGGACATCTGCCCATTGCAATTTGAGGAGATGATTGACCGCCTAGAAAAAGGCAGTGGTCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000120616:ENST00000375110:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.211 A=NA C2=0.147
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=FE(36.8=100)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=PD(30.6=89.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development