DreINT0066739 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016156 | fam53b
Description
family with sequence similarity 53, member B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2495]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
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Sequences
Splice sites
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TCCGTGAGT
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Seq C2 exon
GTGAAGGGGTTCGGTGTGATGTCGGATCGGCTATGAGCTTCTCTACAACTGTCCTGCACTGGAATGGACCGTGGCAAAGATGTGTGTTGCCATGGTAATTATTCACACTAAAACACTGGAAAAGAAGGCGGTTGACGATGTAACATCCGAAGCGTCTCTGCAGCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016156:ENSDART00000008312:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF152421=FAM53=PU(12.2=82.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]