RnoINT0119454 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000020782 | Pspc1
Description
paraspeckle component 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310122]
Coordinates
chr15:36972666-36976285:-
Coord C1 exon
chr15:36976228-36976285
Coord A exon
chr15:36972836-36976227
Coord C2 exon
chr15:36972666-36972835
Length
3392 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGG
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
GTGTAGATTGTTTTGCATAGATG
3' ss Score
3.69
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAGAACAGGAAATGAGAATGGGTGATATGGGTCCCCGTGGAGCAATAAACATGGGAG
Seq A exon
GTAGGGATTTGAAGCAAAAGACTTACTTGTAATTCTTTTGGGGACTGTATGTTGTTTTTGGTATCTGTATGCTGAGAAACTAAGACATGCAAACAGTTATGAAGGTGTTATCTTTTATATTTAATAACTGCAATAAAATGTATCTTAGGAAGAATATTTTACAAGAAAATCACATGGTTTGATACAGTCAGTGAAAGAAACCTCTAAACTAGGTCTTTATGCATGGCGCGACCAGTTTAATCATTGTGAGTTATAAATACAGTTCTGTCATACTGCAAAAATCACATTTTACCTCTGATACTAATAGTTTGAGTTGTGTTTTTAAGTGATTTTAGAATTTCTATTTTAAGTTTGTTTTTTGTTTGTTTTTATTTGAGGTTTAGACTTTTTATTTATATTACAGTATATTTCAAATGTTTTCCTTGGTTGCAGTATTTAGTACTGAAGTTTTTATTCAAAACTCTTCAGTAGCTTGTTGAGGAAATGTGATGTCTTTAGAGGAGTTGTAAAAATGTTAAGAAAGTAATTACATTAAAATTCATTATCGTATAGTGAAATAGTGTTGTGAACCGAGGAGAAAATATGTGGACTATCATGGCTATTATTAATAAATTTACAATTTGAAGTGGCATATGTTAATCAGTGGCCAATAATGACTTATTTTCTATATATTCACTGTTATATTAAATTGTCCCACAGAAACTTCTCATGAAATTAACATCTGTATAATTCAACTGTACATGCTGTTTGAATAACTACACTATCAGAATAGACAGTCTCCACACATCTCATATGTTCTTAAAATACTTAGAATATTAGATAAAACTTGTTTAAGTAGTGTGTCCATGGTTATTTTCTGTGGCTAACTATTAAAAATTCTTGAACTTTCAGTTATTTTAGTCAGATAATCTAGTGTATTACTGGTTTTTTGGTCATTTGCCTTTGCAACCAATGTGTACAGACTTTCGCATTTATGGCATGCAAAGGCAGCATGAAACTGTGGACCCAACTGTGCAGGTAGTGTGTAGACATGTGGGGTCATTAGTGTAAGCAGATTTGTATAAAATGGTGATATGGCTCTGTATTTTTTCATAATAGCTTTTGGGTAATATATAAGGCAATAAATATAGTTTCAAGGACGGTTAGAGGAAGATTCAATTAAGTATCAAAGATAATTATAATTATTTTCATTAACCTCAGAATCAAACTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCGGAGCTGAGGACCGAACCCAGGGCCTTACGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCCTAAATCCCCAACCCTAGAATCAAACCTTGAAATGTAAAATTTAATCTATTTCTAATAGTGCCCAGAGATCTGGAAACATTTTTTCAATTGATTAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGATTTATTTCATGTATGTGGGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCACATGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAACAGCCAATGTCCTAAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCTTCTGATTAAAACCTTTATGAGGAGAATCTGCTTTTGAATTCCTTAATTCAGGAAAAATTTAGAATTTTATAATTTTCATTGGAAAACTAGTCTGTTAGCATTTTCTCTTGGTCCTTTTCTTTAATATTTATTGTTAAACTATATCTCGACGGTTTATTCCAGTTGTCAGCCTCTGTTGAATTTATGAGTTGGTAAAACTGTTGTAGCCCCTCAAGCTTTGTTAATCAGCCTAGAGTTGTAGGTTGTGCTCAGTGGTTGTTCTCAAGGCCCTGTATTCCCAAGAACATGTGTCCTGTTGATGGCAGCATCATTTTTTGATGTATATCAGTGGATCTATCAGATACATTTCTTAGGTCTGTACAGGCAGAAGATGTAAGAATGAAAATAAGGTTCCACATCACTGATAATTGGGGGTATTATTTTACACATTCTGATTTATATTATTAACGGTCTAAGTTATGTACTATTATAAGGAAGGGAACTTGCCATGATGGCTCATAACTATAATTCTGTCATGGGAGAGAGATGAGCAGCAGAGTATGTGACAGCTGACAGCAAGTCACCCTAGACTACAAACAAAACCTTCTCACCCAATTCACCTTCCTTTTAAAAGTAGTGAGAAGAAAACAGTACCTCTTTTCTTCTTCAGGAAATCTTAGCTAAGAGGGCTTGTAGATGTCACCGTCCACCTTTTGTTTCTATTATATATGTTTAAAGCCATATTGAGGAAGTAGACGTTGTAAGCTTAAAGTATTGATTATTTAGAAAGAATAGGTTGGGATTAAGGAAATTATTCTTTCCCTTAAAATTGCTTGTTTCTTGAATCAGAGTTTAAGTAGCAGAGCAGTGGTGCGATGGATTGCTGGGGAGTGCGACTCCCTTTGCTGCCCTCAGCCTTGGTTGGCATTGTGGTTGCTGAGCTGCAGCAGTCATTGTTCTGTGGCCCTCAGAGCACCCCAGTGCTTTATATGTCTATTTTAGAAGTCCAACTCTGAACATAAGTAAGTAGAGAGATCTCTAAATTGGCATCAGTTTTTGAGTGGATTTTTATGATTAAAAGGTACATATACTTTTTTTTAAACAATCAAATTGTTTATTTGAGACTACCATATGTTTACAGTACAGCTCAGATAATAAATATTGTAACATGACAATTTGATGACCGAATTAGAATCATGATTATCTCCCTTTCTAGAATTTTACTTTTTAGAAGTAGTCACGGAAATGATTTTATCTGTTTGGATGTAACTGTGTTTTAAAACATAGTTTTATCCTTGTATTTTGGGGTTTTTTGTTTGTTTAGATTATATATTTTAATATAAAATTGAAAACCATTCTTTGATAAGTTTTTAAAGTATTTAGTACTCATATAAAAGTCAAGGAATTAGTTTACAGCTATCTTAGAGTAATTCTTAAGACTTTTGTTTTTATATGATATTTTTAGCACTGACTTTAAGGAAAAACAAGTGTGATTTTTGAGTGCCAAACCATCACTGTTTATTAAAGTTCGTAGAATATAAAATTATTCAGGGTCATTTCCTTTAATTCTAAGCTATACCTAATATTAATATTACTTTGAATATCTTAGTTTCAGTTGCTCTAAAAAATTGACATGCCCTTATTTATTTTCCATAGGCTTGTTTTAGTAATGAGAATTTTACTGTGTATATGATTCTTCATTGTTTGGTTTAGTGTTCTATTCTCCAAGAAGGACTGTTATTTTGATGATAATTTTGTGTATAGGTTGAGTTGTAAAGTTTTTAATGTTCACTAAACTAAGATAGGACAGCTCTAAGTGTAGATTGTTTTGCATAG
Seq C2 exon
ATGCATTTAGCCCAGCACCTGCTGGTACCCAAGGGCCTCCTCCAATGATGGGTATGAATATGAACAACAGAGGAACTATACCTGGCCCACCAATGGGTCCTGGTCCTGCCATGGGACCAGAAGGAGCTGCAAATATGGGAACTCCAATGATACCAGATAATGGCGCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000020782:ENSRNOT00000028219:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]