DreINT0068539 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060393 | fibcd1
Description
fibrinogen C domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070424-245]
Coordinates
chr5:33474456-33498789:-
Coord C1 exon
chr5:33498702-33498789
Coord A exon
chr5:33474636-33498701
Coord C2 exon
chr5:33474456-33474635
Length
24066 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
TTTTCTCTCTCTCTCATCAGGGT
3' ss Score
13.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(13.5=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(27.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]