DreINT0070520 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000029248 | fubp1
Description
far upstream element (FUSE) binding protein 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2159]
Coordinates
chr2:8861753-8865099:+
Coord C1 exon
chr2:8861753-8861910
Coord A exon
chr2:8861911-8862190
Coord C2 exon
chr2:8862191-8865099
Length
280 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
TATGTATTTCTTCTGCACAGGGC
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAAGCTGCTCCTCAAGCAGCTGCAGCAGCAACGGCAACACAGCCCGGAGGTCAGCCGGATTACAGTGCAGCGTGGGCCGAGTATTACCGCCAACAGGCCGCCTACTATGGTCAAGGAGCCCCTCAGGCAATGGGTGGTGCACCCCAGGCTCAGCAG
Seq A exon
GTACACTCGCAATTAAATGCCTTTTGAGCTGTTTACTTGAGATGTGTGCATGTTTTTGTTTCTACCACACCATTCCCAACACCCCCCTCCCCCCACCCTTCTTTCCTCCTAACGTTTACTTCCACAGGTTCAGCAGGTTTCCAGACGAGTCGTCAGTGCAACACTTAACCAAACACTTTTCTCCTCAAACAGGCTATTTTTTTTTTTCTTTTGAAGGGTGTTGCATAAATGTTTCTGTTCTTAACATGTTGTGTATTTCTTATGTATTTCTTCTGCACAG
Seq C2 exon
GGCCAGTAATGTGAAGTGGACATAAAGTAAATGCTACATTGTCAGAAAAAAACCTTTGTTAAATGTTTGGATGCAGACGCCATGATGAAGATCTTTATTTGATTGGTTTGAGTGTTTAAGATAGATCGCAGACCGGCTCCGAAGTCAAGTATAAATATATATATATTTTTCCCTTTTGTTTTGCCACTCTTGTAAATGAACGGTTTGTTTTTAGTCAGGTTAATATTTGGTCATTCCAGCTCCTGTATCTTCTGTATCTCATGTAGATTTGAGACTAAAGTCATTTCCATGTAAATCATCTCAGTTTTAATATGATATGCCTGTTGTGTTTTGCAATAAAACAATGAAACCTCCTGTGTTGGTAAGTGGGGTGCAAAGGTGGGGCATGTTTTGTGAACTTAACTTTGTTTTGGGACGGGGTGGGAGCAAATTTCCAAAAACGACAAATGTGTCTCTCGTTTTGTTTTTTTCTCTTCTTTGACCTGTCTATACAAGCCTTTTTGATTTTAGTTCAATTCCTGGTCTTTAAATGTCACAAGAGATCATTGACTGTTTGACAAATGGACAGCTCTGTTTTTATACTGCATTCTTGTTGTTTTTACTGGTCATTGATGTGGATGAGGTGTAGGCAGGTTATCTAAGGCAAAGTGGCTTGATGTTGGCAAGGTATGCGACTCATGCAATAACTCAGTGCTGTAGTGTTGCTCATTTTTGTACTGCATTTCACCTGGTTTGTTGAGGTTAATGAGAGCCATTTCCTTCCTCACAGGCAAGATTAGGAAGGCGGTAAGCAAGTGTGCGTCTTTACATAAACTGTTCTTTTAATATTGTTATTGCAATCATGCTGCAAGCATTTTAGTTTTTCAGAGTTTGCTGCTTTTTTTACAGTGCAGGTCAAATGTTCTGATCAAGTTATGCTTTGCGAAATTACTTGTCCCCATCTTATATATATTTTAAATGTCTAAATTCAACCATTTGTGTATATATTGACTATAAATATTGCTCAATCGTTTTGATACCATTAAAACACGAAAAGCTCAAATGCGAACATGGACTACTTGTTTTGTCTGCTAGCATATAGGTTTTTGGGAGACTCTGGCCTTCCACACCAGTGAAATGAGCTCTCCACTGTAAGTACAAAATGTACATGACTCTGCGGCTGTCAATGCTTTGTCTTTGACCGATTGAAACGCATTGTATTTTTTTAATATTCTCTAAATGTTGCCCTTTTTTGGGTAAGTATGTCAGGGCTGTAATTGATTTGACATGCATTTAAGATAATGACCTGACCCTTTTCCACATTGGACTGTTTCTTTTTGCCATTGTGATATGTACATATTGAGTCGTTGCCATGTTGACACTGCTTTAGTCATTTAGGAGTTCTCTTCTCAAACTGTATCACTGTGTTCAGGCCAGAACAGCTATAGCAACTTTATCCCATTGACTAGACATGTCAATTGTCATTTTTTTCTGCTTTGCCAAGTGTTTTATACTGCAAAGGCTATAAAGACCCATTGTCTCAAATGTCAATTCGCATTATTGTCTAATTTCTAAATTTGTGCCTGACCTGTTTTTCTGATTGAGGTCATCGATTTGATGCACGTTTTTCTTTGATTTGACTTTATTAGTGAGCAGTGCAATGTCTAACTTTGCAGTGCCATCCCTGACCTTGCACCTTAGGTTCTGCAGCAATAACGCACAGGTAAGAGTATCCTAAAAAGTCAAAGCGATTGAACCTGTGATCTCTAGTCTAATGCTTTTCATATTTGAAACTGAGGTCAATATGTGCTGCATAAACGATGTCTCTCGTAGTAAATAGATTGCCGTACGCAACAAATGTTGGAGTTTAGGTCTGCTGGAAATGTTTTTTGTCCATTTTGAATTGCATGGCATTGACCTGTAGCTCATAAAACAATGTTTTTATCTTAATTCTATTAATACCTTTAACTAGGATTGCTGTTTTTTTTTTCCTCTCTAAATGAACCCATGTTAATTTAATATGATTGCTCATTTGATAACTTGCCGGTAAGTGTTTAGTGTGGTCCTGTTCTAATGTTATACAAAATGCATGCAGATGCAAACTGATTCAGCGTTAGCCCTATGAATGCTCTCAATTATAACTGACGTATACTGTATGTATGCTCATGTTTCACTGGTTTGCAAGCTATATTGATGCCCCTCTCTAGTGCTAACATTTGTCCCACATTGCTGCCTTCATTCTCGCTCACAGTGTTGAAGATGCCGCAGGCGTAGTTCGTAGAATCAGGTCCTGAGCTAGTTTGTCCGTATGGAGGATTCCTTTGAGTCTGTCCCTCCACTGAATGTAGACTGTTCGAGGGCTCCAATTATAAGGTAAAAATATATATATTATGAGGACTGTCATTGCAAAGTCAATGTTTCTGTTAGTTTAGGGTGATGCCGGTTAGTTTTGATTTTAGAAACATGCCATACATTTCTGTTTTATTGGCTGTCAGTGCTATGAAATGTTCTTTGAGTACATGCTTTGCCTTTTGTTGATAAGTGTAGGGATTTAATGTGCATCAATGCTGTACAGATGGACCAGGAACGTTTTTTTTTTTTCTTTGAGTAGACATTTGCCAGATCTTTCTAATTTTCTCTTTTGGTTTGACGGTTAAAGAATATTTTTAAAGCTAGTCTGTCCATTGCTGCATATCGTTTGTATGCATGCTAGATGTGCTTTCCTTTTTGAGCAAATTGTTCACAACAGAATTCGTGGGGGTCTTAAAACGAAGAGAAAATCGGAGAAATTTGGAGCATGCCTTTTGAGGTAAAAACAAAAAATCAAACAAAAACAATGAACTGTTAAAGCTGTTGAATGTACCTTTTTTCTGAGAATTGTTGGTCTAAATTGACTGTTGCCATTGTCATTAATAAAATTGTAATCATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000029248:ENSDART00000081442:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.755 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=WD(100=62.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CTCCTCAAGCAGCTGCAGC
R:
ATACTTGACTTCGGAGCCGGT
Band lengths:
301-581
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]