MmuINT0066454 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028034 | Fubp1
Description
far upstream element (FUSE) binding protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1196294]
Coordinates
chr3:152231877-152236826:+
Coord C1 exon
chr3:152231877-152232022
Coord A exon
chr3:152232023-152232394
Coord C2 exon
chr3:152232395-152236826
Length
372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAA
5' ss Score
6.68
3' ss Seq
TATGTATCTCTTCTGCACAGGGC
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAAGCAGTTCCTGCTCCTGCTGGGGCCCCACCAGGTGGTCAGCCGGATTATAGTGCAGCCTGGGCTGAGTACTATAGACAGCAAGCAGCGTATTATGCCCAGACAAGTCCCCAGGGGATGCCGCAGCATCCTCCAGCACCTCAG
Seq A exon
GTAGAAAACATTTGCTATTTTTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCCACTCCAACCATGTTTTCTGCATGTTTGTCTGTTTGGGAATGAATATGTTTTACTTGGTAAAGTATAACTACATGAAATATCGTGTTGTGTTTGGGGACTCAGTTTTTCTAATAATGTTTTCTGGCATCTGAGTGCTATTTTTGTAATGCCTTTGATTTTAAAAATAAATTTTCTTCCCCCCAGGGATTTGCAAATCATGCAAGAAGCCACCATCATTTATATTAACCAGTTTTTCTTTCTTAAAGGATTCACTCCTGAATTAGCTCCATTTAAAGGATTTTCTTTAACTTTTTGTGTATCTCTTATGTATCTCTTCTGCACAG
Seq C2 exon
GGCCAATAATAAGAAGTGGACAATACAGTATTTGCTTCATTGTGTGGGGGAAAAAACCTTTGTTAAATATATGGATGCAGACGACTTGATGAAGATCTTAATTTTGTTTTTGGTTTAAAGTAGTGTTTTTTTCCCCCCCTTTTTTTTTATTTTGAAAATGTACAAAATAACTATCACTACTGATAGGAGGTTAATATTTCTGTGTAGAAATGAAAATTGGTTTGTTTTTAGTCTTTAGTGTAGATGTACACATTCCAGCAAATGTATTTGCAACTATTATGTGGTCGATGCTTTGTGATATAAATGTACTTTTTCAATGTATACTTTCACTTTTAAAATGCCTGTTTTGTGCTTTACAATAAATGATATGAAACCTCCTGTGTCGGTAAGTTGGATATGTGGGTAAAGGATTCATAGTTTCTTAGCAGTGATAAATTAAGATACATGTACACGAATATATAAGCTTTCCCCATGAATTACTGAGTTTTTAAACACTGGCATGTTTTTTCCCCTGTTGGAGTATAGTGGTAGATTGGAGGTTCTTTTCTGTTGTATTTGGCTATTTCAGCACAAGTAATCCTGATATTTTCATGTTTTTCCTTCTATTTGATTAAAAACTGCATGTGTATACAATGATCTTTAGTATACTTCCATTGCATTAACAGTGACATTTCCTTTTATACATGAGCACTATTTCAGACCTGTACCGCTGCTACAACAGTTAACCTTCCTGTTCTTCACTTATTTCCGAGACTGTTTCAGCATAACTAATTTTGAACAGTTTGCAGACAGTGATTTGAGGAGTTTATAAGAAACATTGTTTTTTTCATGTAAAGCAACTCTTTCCATGTATATATATATATTATAATAGTGTGTTTCTCTCTAAATTCAGGATAGAAAAGTAATAGAATGTGAAAGTATAGCTACATTGCATCTGCCATTGAAACATTTGGGGTATGAAAATGTTCAAGCTTTTTTTTTCTTTTTGCAGTATAGATAAGCTTTGTCTTGTAATTGCACAAGTCCAGTCATTGAATCAAATTAATTTTTTTATGTACTGAATCATTTTATTAATCTTTAACATTCATGCTGAAGTTCTGATATTTTGTTGAAAACCATTGTTTTACTCTGCATATTTGTTGGCTCTTTGCATATTAATATATTAGACTACATGCAAATACAGTCTGTCTTGCCATTGTCTGTTGAAGTGCAGGTTTGATCCAGCCAGTATAGAACTAGCTCTGTAGGGGTGAGGAGGACTGTGCTGTGTATCATCCTTGATTGTGTTCCTTCAAGGAGCATTGCACTGTAAGTACATCAGAGTGACAAATTGATGAACTGCAACAGTGTCTTTTTGTCGATGTTCCACATAATGCAATTGCTATATTTTGTGTGACTATTATGTTGGAATACAGTGCTGTCATGGGAAACCATAACTGCTTCTTAACATAGAATAATACATAGTTCTGTATTTTTTTTAAGTGAGCTTAATGGGTAAGTATTTTTGATATGCTTTAGCTAATAGCTAAAGAAAATTGATCAGTAACAAAGTTGAATAGTATTATCAGTGCTCCTAAAATGCTGTTTTTCAGTGTAAAATATGCCTATCTTTTATAGTGATATGAAAAACTTGAAATGTTTAAGACAGAAGTGCTTTTCAGTTTGCAAAGTTTAAGGACTTAACGCCTTTTCATTAAATGTTAGTTCTATCATCTGTGGGGAGCACCATTTGTATGAGGACAAAAATGTTGAGGTTATAGGGCAGAAAATAGTACAGCTCATTGTGGATGTTTTGAAATGTTTTTTGATTGTTTTATGTAACTTAGTGACTTCCCTTCCCCTTATTTAGATCTGGATGCATAGCTCTAGTATGAAGTTTAATAGTAATAGTTAAGGCCTTACCTGTTAAGATCTTAAGTGTAGGGTATTGACATGAACAGTTTCAGTATTTTGCATGATATTGTTGCATAGATGACCTAGGAAAGTGTTGTGGTGCATTTAGTAATTAAACTGAAGGAAATAGTTGGATTCAGTATCATAATTCACAAATTGGAGGCTGTTGATTTTGATTCGTTTAAAATTTAAAATCTTTATTAATTGCAAACAGTGCAATTATTTATACTTCACAGTGCCTTCCCAGACCTTCCACCTTAGGTTCTGCTGCAAAAAGCAACAGGTAAGCACAACCTAAGGCCATCTCTATATAAATATATCAGTACATACATGTTGTCCCTGTGAGGTTTGTGGTTGTGTACTCACTCAAGCAATCTGCTGCTGCCGCTGCCCCAAATGTACTTTGTTATTTATGGTACCATTCTAGTGGAAAGTCTGTTAAGTTGTTCAAGCAACTGTTTACAATTTTGGGTGATGTTTTGTTTTTGGTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTCCCCATTAAAATGAGTAGATTGCTGCAATAACTGAAAAACATCCAAATCTTTTTGTGCACCCCTCCTCTCCCAGAGTTATAGAAATGTTTAAGAACACTTCAGTAGTTGAGACATAGGAAATCATTTGGTCAGAAATTTCAACAGCCTTCACAGCCCGTTTGTATGAGTAACAGGAAATTCTCTTTGCCCTCCAAATCTGATCTTTTTATAGTTTTATTTTTATTATTTTTCCCCTGTATTAGTACTGCTTTAAAGTACAGTAATTCAGTGAGATCGTTTTGGTTCAGTTTCATAGACAGTTCTATTTTCATGACTTGTATTTGCTGACAAGGAAGAATAAAGAATACTGGCAGTAAGTTTTGGGAAAGGCATGTGCATCAGTGAAATGTTACTTGTATAACAAATAACCTTTCATAATCTGCATAACCAGTAGTTTCTGATTTATAATATTTTAATAACTGACTGCATTTATTTTTGCCAGTTTAAAATGTTTTGTGTTCTTAGGATTGATGTTTAGTGCATATTTTGAGTTAAATGACTATCTTAAAGCAGCACCATATCAGTTGTTTTTATTCATTTTCTAAAATGTGCTGATCCTATTAAAAACTCCTGCTTATCTTTTACAACAAAGAAAAATATTCAAAAATACTGCCTTCATTTTCACACACAGTGCTGAAGATGCTGCAAGCACCAAATCATAGCTCATAAAATCAGGTCCTGAGATAGTTACCCATAAAGAGGAATCCTTTGAGTGTATGCCATTGGTGAGCCGATGAGCATGGACCATAGAAGGGCTCAATGTAGAAGGTAAAATTGGCAAATCATAATTGAGAAATATGACTGTGTTCCCATACATAATATGGTATAGGGTGTAATGTACCTGCTCTTGATCACTTTCATTTTAAAGTGCTATTCACTTAAATGTTCCATGAATTGTTTATTGCACCACAGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATAGGTCAGATCAGTATGTTGCAAGCAGATCTTTAGAGCCTGTCAAGTTTTGGTTAGTTGTAGTTTCCATTTGGAAATGTAGATGAATGCTTGTAGATATTGGAGATTGTTTCTATCTTGTAAGAACTTTTCACTGGTGCTGTAAGCATTTCAAATAGCACCAGTCTTAACCTTTAAATGGGAAGTAGAAAAGGTGAGCCCAAAGTTTACAGATGATTTTAATGCTATACATGTTAGTGTAGTGATACTTAGAATGCTTTGTTTGATGTTTATTTCAGAAATGCGTATACTAGAAAATCATTTTAATATTAAAACTGGTGACTTAATACTAGTTGTAAAGTGTTTTCTTAAAGAAGGATCTTGGTACTTAATTGATAAAGTGGGTTTAGATAGGAGTAGCAAGTGCTCTCGATAGAGAAAGTTTTTGTTCACTTCAATACTTTGTCATTACAACCAGTTCTTCCTGAAAATAGTTACATGTCTAGTAAATTGATGTAGAATTAACTCGCTGGAGATAATCTCATTTTAGTTCTGCAAATTCTGCCTGGCTTTAAAATGCATTTTCATAATACTTAGAAATAATTTGACTGAAAATAACTGCTTTTTTATTTAATCAGTCAATCAACTTTTACTACAAATTTAATTGAGGGATTTTTTAATTTAATTGGTGCTTTAAAGAAGCAAATAAATCCCTGGGTTTTGTTTTCTTCAGTAAATATCCTAAAGAAACTCTTTAATGTATTTGCGAGTATATATATATTTTCTTATGCATGCTCGATGCATTTTCGTCCTGAGAAAAGTGTTCTCTACAGAAACTACCCGTGTGTTAAAAGAAGATTGGCTTAAAATGGCTACTGTGATGGGAACAGTGTCTTAGGGAGATGCAGCTTGGACTTGAGGTAAATTGAATACTTTACAAACTGGCTTAGAGTTTTGCTTTAATGTCATTATATGTAAAAGGGCACATGATTATTGTAATTTTGTATTCTTTATGGTTTCCTTAATTAAAATAATAAATGTACAGTGATTACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028034:ENSMUST00000166984:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.646 A=NA C2=0.278
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=PD(20.7=12.2),PF090055=DUF1897=WD(100=67.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TTATGCCCAGACAAGTCCCCA
R:
ATCACAAAGCATCGACCACAT
Band lengths:
351-723
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types