DreINT0074552 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000054874 | gpsm1b
Description
G-protein signaling modulator 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110203-5]
Coordinates
chr5:70959537-70967983:-
Coord C1 exon
chr5:70967888-70967983
Coord A exon
chr5:70959691-70967887
Coord C2 exon
chr5:70959537-70959690
Length
8197 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTCAGA
5' ss Score
5.42
3' ss Seq
AAGCCATGTGCTGTGTGCAGAAG
3' ss Score
3.95
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGGGGATGCAGCAGATGTGTGTGTGTCGCGCAGCAGCAGGAGTCTTCAGTCAGCAGTGGACACTGAGGACATCACTGTCAGCGTCACCCCCACG
Seq A exon
GTCAGAACAACACACACTGCTCAAACTATCTCTCCATCCTCTACACATCTGTCCATCCATCCATTCATCTACCTCATTCTGCATCCATTCTTCCATCCGCCACACCATCCATTCATCACTTCATCCATCCATCCATCGGCACAGCCGCCCCTCCATCCATTTATTTACCCATCAGCCCCTCCATCCATCTGCCCCTCCCTCCATCCAGCTGCTTCTCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTCCCATCTGCCTCTCTGCCCATCCATCCATCAATCCATCTGCCCCTTCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTGCCTCACCATCCATCCATCCATCCATCCATCAATCCATCTGCCCCTTCATCCATCCATCCATCCATCCGCCCCTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTGCCTCTCCATCTATCTATTCGTCCATTCATCCATCTGCCCCTCCATCCATTTATCCATCTGCCCCTCCATCCATTCATCCATCTGCCCCTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTGCCTCTCCATCCATCTATCCGTCCATCCGTCCATCTGCCCCTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTGCCTCTCCATATATCTATTCGTCAATTCATCCATCTGCCCCTCCATCCATTTATCCATCTGCCCCTCCATCCATCCATCCATCCATCTGCCTCTCCATCCATCTATCCGTCCATCTGCCCCTCTCCATCCATGTATCTCCCATCTGCCTCTCTGCCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTCCCATCTGCCTCTTCATCCATCCATCCATCCACCCATCTGCCCCTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCAGCCTTTCCAACCATCCACCCCTTTATCCATCTAATTGTTCATCCGTCCATCTATACATCCCTCCATCTGTCTCTACATCCATCCATCTATTCATCTATCTGTCCATCTGAAATGTCCTCTGTTTATCAGTCTCTCTGTCCGTCATCATCTCTGTACATGCACATGTCCAGCAGAGTAGATGTGATCCTGTATCCACAGCACTGATTCTCCAGCACAGACTGGTGTTCAGCCTCCAGCCGCTGCTCAGTGTGAATGTGCAGATGTGTCCGTCTGCTGCGCTTTAATTCAATCTGTGCTTTAAAGTGCTGCACTAAAGGTTTCATCTTGATATTGGCGCGTCTCCGTGTTCCTCCAGTAATCAATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGCTGTGCTCTAATGCATCTGTGTGCATGCGAGTTTCCCACAGGACAACAATATATCAAAATATGAGCTTCATTTCCTGCACTGAGTGATGCTGAAGACCCTTCTACTGCTCTGTGACTGTATTTCCCCCTCTCTCGCTACAGTAATGAAGAATATCGTGTCTATACATCACAGCAGAATGTGTCAGATGACATGTATAATTGAAGACAAAATCATTCTCCTTCTTGTTGTCAACTAAATATTTAAATATCAGTGAGGTTTAATGGAGCAGGGACATTTTTAGCATTATCTCCTGTTATATTTTTCTTTATTTATGTTAGTTTGGCTGGATTAAAAAAAAATAAGCTCAGTTTAATCAAGAATTAATTTTTTGAATGTAATTAAAGATTTGTTTTGATTGGCTACAGACTAAACCACTGTTGTCCAATGACTTTACTAATTAACCAAAATCTCAAAGTCACTCGCTGCTTTTGTAGCTTTAATGAGAAATAATTACATTTATTAATTCTTGCAGTTAATTTGTCAAATTTATTAAATTAGATTTTTTTTTTTCAGTAATTCAAGGAATATTTTTAAAAATATATATTTTACTTTATTTACGTCAGTTTTGCTGTGGTGTTGAGAATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAATAGGTAAAGTTAATAAATAAACAAAAATAATTTTATAAATAAATGGCAACAAAAACAATAAAATTTAAAATTATAATATAATATAATATAATATAATATAATTAATATAGTATTTTCCCAGGAAGGGTATCCGATGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTAGCGGTTTATTCTGCTCTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGATTAAGCCGTAAAGATAATGAATATAATATAATATAATATATCATAATATACAGGTGACACAGTGGCTCAGTGGTTAGAACTGTTGCCTCACAGCAATAAAGTTGCTGGTTTGAGTCCCGGCTGGGTTGCGGCTGGAAGGGGATCTGCTGTGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTCAAATATTAATGCGTATGTATACGTTTTCTTTTAATATATCTTTTAGTTTGGCTGGAAAAAAATCATTTTTTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATATATATATATCAGAATTATTAACCCCCTTGAATTATTCGCCCCCCTGTTTACTGTTCACCATTTTCTGTGTAACGGAGAGCAGATTTCTTCAACACATTTCTAATCATAATAGTGTTAATAACTCATCTCTAATAGCTGATGTATTTTCTCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATGTAAAGGCTTCATTAGGGTAATTACGGGTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTACTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTAGACTATCGGAAACAAATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATATTATCCTTAAAATGGTGTCTAAAAAATGAATAACTGCTTTTATTGTAGCCGAAATAAAAAAAATAAGACTTTCTCCTGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGCGAACATTTCCTGAATTGGTTCAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGGAAAAAGAAATTTAAAGGGGGGCGAATAATTCTGACTTCAACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATAGTTAATATTATTAGCCCCCTTAAGAAATATTTATTTTTTGGCTACAGAACTAACCAGTGTTGTCCAGTATCTTGCCTAGTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGAATATAAAAAGTATAATATAAATAGTATTTATATCTGTCTATATTTACAGTAGAGCAGGGGTCATTAAACGTGTTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCAGATTTGAGCTCCAACCCTAATCAAACACACCTGAACAAGCTGATCAAGCTCTTACTAGGTATGCTTGAAACACCCAGGCAGGTGTGTTGAGGCAAGTTGGAGCTGAACCCTGCAGGGCACCGGACCTCCAGGAACGAGATTGGTGACCCCTGATATAGAATATAAGAATATCTAGTCCAATATTATGTGCTGTCATCATGACAAAAAGAAAATAAATCAGCTATTAGAGACGAGTTATTAACACTATTATGATTAAAAATCAAATAATGATTATAAAGAGTCATAAATACAATATGCTGACCAAAATAATCATGATGATGTGTTTTTTTTAGATAATCGAGCAGATAATCAAACTCATTTAGCTAATTATTGGATCACTTTTGACCTGCGTGTGCAATATAAGGCCACCAGTTATTGACCTTCAGCACATGCTGGGTCACCAGTGTTTAGAGCTTATTAGCTTTGACCAAAGGCTTTAACCCCAGGTCAGGGGTTGCTATGGAAACGCTGATGATGTCATTTAGACAAAAACCTTTGATGGTCCTCTTTCTCAGTCTTTCTCCCTCTTTTCACTTAATCTCTCTGTTTTTTCTCTGTCTCTCTCTCTCCTTCTTACTCTTTTCTTCTCTTTATCTGTTTCTCCCTTTGTTCTTTCTCCCTCTTACTTAATTTTTTTTTCGGACTTTTCTCTTTCTCCCAGTCTATCTCTCTCTCACTTTCTCTTTACTGTCTCTCTCTCTTTTCTCCCTCTCTTCTTTCTCTCTCTCTTCATCTCTCGCCCTCAGTGTAACTGAATTATTGAAGTGAATGCACGAGCAGCTAAACACACACACACACACACACACACACACACAGATAGTCAGGCGGTGAAGGGAAGGTGTAGGAGACACACCGAGCAGACGCTGAACGATATCATGATGGACAGATCAACAAGCAGATGAATGTGAGACTTTACTCTGCATGACTTTCTCTATCAATCTATTATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAATCTGTGTTTAATAGTTTTCAGAGTGTGTTTAAATAGTGTGTTTGCCACTCGCTGTCCATTTAATGACCCGAAATTCAACCCTCCCCTCGACCATCCCATAATCACAGGCGGATTAATGAGTTGTTTTCCCACAGTGGACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGACGCTGTGTGATTGGAGGATGAGCCGACTGTGGATTAACGAATCGCTCTATAATAAGTATAACTCTTATTCTCGGTCACGTTCGTAGAGATCTGCTGGGTTATTCTGCATTGCTGTGTGTGTTCCAGCTGATGCTCTGGGTTGTTATTATTATGGGATGGGCTCTGCTGGCTTGATATTAAGTGCTTTGTTCCTGTTTAAGCTGATGTTCTGGTAAAGATGACGGAGATGTGTATTGAAATGCAGCACTTTAGTGTGTTTGTTTACAGTATGGCGCTCTCTGAGTTGGCTTTGCACACTTTAGGAAGCTTTCTGGAGGGTTTGTTGTGGTTTTTCTGAGCGTTATGTTGCTGGTTTCTCTGTAGTCTGACCTGCTGGGGAGAGTTTCAGTGTGTGTGTGTTTGTGTCTGACCACTGAAAGGTCATAGTGATAAACACATGCACACACACACTAG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Seq C2 exon
AAGCTGCCTCGAGATCCGTCAGATGAGGACTGCTTCTTTGACCTGTTGAGTAAGTTTCAGAGCAGCCGTATGGATGACCAGCGCTGTCAGCTGGACGAGACGCCCGACGGAGAAGAAGCCGGAGCCGATCAGAACACACTCAATGACATGATCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000054874:ENSDART00000011955:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.375 A=NA C2=0.596
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0218812=GoLoco=WD(100=44.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]