DreINT0078043 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075928 | hivep3a
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081029-2]
Coordinates
chr19:15411053-15424532:-
Coord C1 exon
chr19:15424393-15424532
Coord A exon
chr19:15411229-15424392
Coord C2 exon
chr19:15411053-15411228
Length
13164 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
GTTATGTTATGTTTTTTCAGCTA
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTACAGGTCAAGTGAGGAATATGTGTATGTACGTGGACGAGGAAGAGGTCGATATGTATGTGAAGAGTGTGGAATACGCTGTAAGAAACCAAGCATGCTGCGCAAACACATACGACTCCACACGGACGCCCGACCTTATGTCTGCCAGCACTGTAACTTTGCCTTCAAAACCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075928:ENSDART00000143480:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.702 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=43.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]