BtaINT0072265 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001146 | HIVEP2
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4921]
Coordinates
chr9:81251783-81259166:-
Coord C1 exon
chr9:81259012-81259166
Coord A exon
chr9:81251959-81259011
Coord C2 exon
chr9:81251783-81251958
Length
7053 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
GATTTTCCCTCTTTTAACAGATA
3' ss Score
10.6
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAACCTGATGCGACCTTTTTATTTGGCAGCAAACTAGAAAGGAAACTAGTGGGAAGTATCCTAAAGGAAAGAGGGAAAGGAGATATTCATGGAGATAAGGATATTGGATCCAAGCAAACTGAGCCTATTCGAATTAAAATCTTTGAAGGAGG
Seq A exon
GTAAGGAAACATAAGTGCAAATGTCAACTATTCTATTAGACATCAGAGTTAATGGTCCTGAGTGTCTGTGTGGAAAATATCATATCTCCTCTGGTCTGAAGCATAAAGCAAATTCTTTTTCTATACACATTTCTGAAGTCTGTTTGGTAACAGATAATGAGTTTATGCCCATGCTTTCATGACTTGCTTTTAATAAAAATGTCTTATTGTATATGGTTTAAACCTCTGCCTTAAATTTTCATACCTCTAATTTAAATTGCTGGACTTTTGATGTCATCTAAGTTTGTTCATTCTTTAGTATTATTTTTACAAGCACTTGTGTTACTAATGGACATATTTTTATTTTGCATTGCAAAAATGAAATCTTGCACACTCGTGTGCACTTGGAATCTAGTTGGTTTTATTGCTTTTATTATTACCTGAACTCCAGATGTATGGGATTTCACCAGTTCCTGCACTTCCCTCTTTCTCTTCCAGGACCCAAGCCAGAGCACCGTCTTGCTTTTAGTTGTCATGTTTCCCCAGCCTCCTCTGATCTGTGATAGTTTCTCTGTCTTTAGGAATTTCTTTTTAAGAATTCTGAGTTGCAGAAACTCAAATGATAAGGTTCAATGACTTTGTTATCTAGCTAGTTAAGAAAAATTACACATGTGTGTAATGTGAAGTTTTAGATTTGGATAGAAAAGTATCTTCAATCCAGTCACATTGGAGAAAAAGCCCAGATATTTGCTTTAAAATTTTAAAAATTTAAAGGACATCAACCACATTTGGGGATTGTGATGTAATTACCTTATCTCTACAACAGATCTAATTTACAACTTGCCATGAGCATGAATTTATTCTAATTATATTTAAAGGACAAAGTAATGTTATCTGTTTGACTCTAAATTGTTAGTTCAGTTCAGTCCCTCAGTCGTGTCTGACTCTCTGCGATCCCATGAATCACAGCACACCAGGCCTCCGGGCCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAAACTCATGTCCATCGAGTCGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTGCTCCTGCCCCCCAATCCCTCCCAGTATCAGAGTCTTTTCCAATGAGGCAACTCTTCGCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGTTCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCATGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCGATTCTTTGGCACTCAGCTTTCTTCACAGCCCAACTCTCACACCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGCATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGTAGTGATTTTGAAGCCCAAAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTCCCCATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCGGATGCCATGATGTTCATTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCACCAAGAGGCTTTTGAGTTCCTCTTCGCTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATATGAGGCTATTGATATTTCTCCCGGAAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGTGTTTCTCATGATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGAGGACAATATACAGCCTTGACGAACTCCTTTTCCTATTTGAAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTTCTTCCTGACCTGCATATAGGTTTCTCAAGAGGCCGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTTTTTCAGAATTTTCCACATTTTTTGTGATCCACACAATCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAACAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCCACGATCCAGCAAATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCACGGTTCACATATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGAATTACTTTACTAGCGTGTGAGATGAGTGCAATTGTGCTGTAGTTTGAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATCATTATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGGATGTCTGGCTCTAGGTCAGTGATCACACCATCGTGATTATCTTGGTCATGAAGGTCTTTTTTGTACAGTTCTTCTGTGTATTCTTGCCACCTCTTCTTAATATCTTTTGCTTCTGTTAGGTCCCTACCATTTCTGTCCTTTATCGAGCCCATCTTTGCATGAAATGTTCCCTTGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCCTATTCTGTTGTTTTCCTCTATTTCTTTGCATTGATCACTGAGGAAGGCTTTCTTATCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAGATGCTTATACCTTTCCTTTTATCCTTTGCTTTTCTCTTCTCTTCTTTTCACAGCTATTTGTAAGGCCTCCCCAGACAGCCATTTTGCTTTCTTGCATTTCTTTTCCATGGGGATGGTCTTGATCCCTGTCTCCTGTACAGTGTCACAAACCTCTCTCCATAGCTCATCAGGCACTCTATCTATCAGATCTAGGCCCTTAAATCTATTTCTCACTTCCACTGTATAATCATAAGGAATTTGATTTAGGTCATACCTGAATGGTCTAGTGGTTTTCCCTACTTTCTTCAATTTCAGTCTGAATTTGGCAATAAGGAGTTCATGATCTGAGCCACAGTCAGCTCCCGGTCTTGTTTTTGCTGACTGTATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTGTAAAGAATATGATCAGTCTGATTTCGGTGTTGACCATGTGGTGATGTCCATGTGTAGAGTCTTCTCTTGTGTTGTTGGAAGAGGGTGTTTGCTATGACCAGTGCATTTTCTTGGCAAAACTCTATTAGCCTCTGCCCTGCTTCATTCTGTACTCCAAGACCAAATTTGCCTGTTACCCCAGGTGTTTCTTGACTTCCTACTTTTGCATTCCAGTCCCCTATAATGAAAAGGACATCTTTTTTGGGTGTTAGTTCTAAAAGGTCTTGTAGGTCTTCATAGAACCGTTCAACTTCAGCTTCTTCAGTGTTACTGGTTGGGGCATAGACTTGGATTACTGTGATATTGAATGGTTTGCCTTGGAAACGAACAGAGATCATTCTGTCATTTTTGAGATTGCATCCAAGTACTGCATTTTGGACTTTTTTGTTGACCATGATGGCTGCTCCATTTCTTCTAAGGGATTCCTGCCCGCAGTAGTAGATACAATGGTCATCTGAGTTAAATTCACCCATTTCAGTCCATTTTAGTTTGCTGATTCCTAGAATGTCGATGTTCACTCTTGCCATCTCCTGTTTGACCACTTCCAATTTACCTTGATTCATGGACCTGACATTCCAGGTTCCTATGCAATATTGCTCTTTACAGCATCGGACCTTGCTTCTATCACCAGTCACATCCACAACTGGGTATTCTTTTTGCTTTGGTTCCATCCTTTCATTCTTTCTGGAGTTATTTCTCCACTGATCTCCAGTAGCATATTGGGCACCTACTGACCTGGGGAGTTTCTCTTTCAGTGTCCTATCATTTTGCCTTTTCATAGTGTTCATGGGGTTCTCAAGGCAAGAATACTGAAGTGGTTTGCCATTCCCTTCTCCAGTGGACCACATTCTGTCAGACCTCTCCACCATGACCTGCCTGTCTTGGGTTGCCCCATGGGCATGGCTTAGTTTCATTGAGTTAGACAAGGCTGTGGTCCTAGTGTGATTAGATTGACTAGTTTTCTGTGATTATGGTTTCAGTGTGTTTGCCCTCTGATGCCCTCTCATAAACCCTACCATTTATTTGGGTTTCTCTTACCTTGGACGTAGGGTATCTGTTCACGGCTGCTCCTTACCTTGGATGAGGGGCATCTCCTCATAGCCGCCCCTCCTGACCTTCAACGTGGAGTAGCTCCTCTCAGCCCTCCTGCACCTGCACAGCCGCAGCTCCTTGGACTTGGGGTTGCTCCTCTTGGCCGCCACCCCTGACCTCAGGCATGGGGTAGCCCCTCTTGGCCGCTCCTGCGTGGTTGCAGCCTGGCGCTCTCAGCCGCTGCCCCTGACCTCGGGTGTGGGGTAGCTCCTCTCGGCCATGCTTCTGCATGGTCCGTCGCAGCCGGCCTTGGTAATACAAGATATCAGTTTCTCACATAGATTTACCATTCGGAGATAGATTATGGAAGCTGGTTCCCTCAGAGGGTTGGCCCCCTTTGGGTGGATGCCTGAGTAATGTCACCACTGAAGCCACAATTGTTTGTCGTCATGAAGCTTGTCTCAGTATTGTTGGGACATTCCTCATCTTTTAACACAAACAAGAGAAACAGAGACAATATCTTTCCTCAGAGACCAAGAAGTTCCTGTGACTGAGTCAACCCTTGTGTCTAGCAGTCTTCTTCAGAGCAGTGCACTTGTGCTAGATAAGCGAGACCTTCACAGGTCTGCGTGCTTTGGGGAGCTCCTCTCCACTAACAAAAGATGCAAATGAAAAGCATATGTAACATTTTATTACTGTGTTTTGATGATCCAAAAGGACTGTGCCAATATTTCATTTCCTCTTCCTTTCATTGTCTCTTTATGGGCTATATATCTCATTCATTCCTTAATCTGTGATCCAACTTCTGCCTGGTGGTGACCAGTTGTTTATTCCAAGAAATGTGTTAAAACCT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Seq C2 exon
ATATAAATCAAATGAAGATTATGTATATGTCAGAGGACGTGGACGTGGAAAGTACATTTGTGAAGAATGTGGGATTCGCTGTAAGAAACCGAGCATGCTCAAAAAGCATATCCGCACGCATACTGATGTCCGGCCTTATGTATGCAAGTTATGTAACTTCGCCTTCAAAACAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001146:ENSBTAT00000001526:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.115 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=43.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]