DreINT0078052 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000039452 | hk1
Description
hexokinase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2848]
Coordinates
chr13:22872105-22877363:-
Coord C1 exon
chr13:22877097-22877363
Coord A exon
chr13:22872268-22877096
Coord C2 exon
chr13:22872105-22872267
Length
4829 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTTGTTTCTGTTTGTGTAGATT
3' ss Score
8.11
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACAGCTTGACTTCCTAGGCCGAGGAGAGACAGACATTGCCGTAGCATTGGGAGGGAACACCCCTAAGTGCCGGCTCGCCATTTTACAGTAACCCACGCTGCTTCTGGGGCCCAGACTGCTTTTTCCTGCCTCACTGGAAAGGATTGTAAGGCTTTGCTCTTCTTTTCTTCTCTTTGCTTTTTCACCAAAGAGGTGAAGCAGGATGATAGCGGCACAGCTTCTGGCCTACTACTTCACTGAACTGAAGGATGACCAGGTCAAAAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTTCATCAATTCCTCGTCTCATATTCGTCTTTAGCAGCATTTCCATCGCATGACAACAGGTGACACAGGCCTTCGTTTTAGAGGCGAGAGAGTCGTGAGATGCGCCTGGTATCACGTCTCACTCTGGTTGCAGCTTCTATACGTCACACAGAGCGCGACAGTGAGGATGAGAGGTTTACCCTTGCCAGTGACGACACACTGGCCGTCGGGTTTGTGCTGCAATGTCCTTGAAAGGAGGATGTGGGGCGTCAGGGAGCTGCCATGAGGAGAGGAACAATTTTTTTTTGTGCCTCTGTGTGAACGTGCTTATTGGAGAGTATGACTCTGTGTGGGGGAAGGTGGTCGTGAGCATCTGAAAGCTCCCCTCCCCCGGAGAAAGAGGGTCGGGTTACAACAGCTGACTGACGACATGCCTTTGCCAGAGAGTTTTGACAGGGTTTGAGCATATTGTGGAGAGAGGAAGAGATGTGCAAACAGAGCAGGAATGCATGTGCGCACATGTCTGTGGGTCTCGGTTTGAAGACGTGCAGTGTTTATGTTAATGGCATTCTAGTAAAAAAAACTGAAAAACTTGAAGTACGTTTTACTGGATCTTAAAAATTAAGGTTTCAGCAGAATGTAAAGCTTTAAAAAAATATTTTAGTCAATCAGTCTTTTTAGATCTAAAGAATGTTTTGTGGACTAAAAATGTTCTCTGGAGGTTAAAGGCTCTGCATGGATCAGTCAATGCCAATACATAATGGCCTATTTTTAAGAGTGCCATTCTTTTTCTGAACTTTACTGAAGAATTAAAAATAATCTAGTCTAAAGTAGGAATCATATTTTAATACATATCTATTTAATACATTAATATAAAGTACTAACATTTACTGAAAATATTAAAATATCTTATATACATACTGATTTTTTTAAGTAATCCTTGCAATCTGCGATTAATAACAAGGACAAGGGCAAATAACAAATATTAAAGGTATTACGTTATTCCGTGCTGAATTGTTTTACAACTTTCAAAATACTGTACCAACTTTAAAGAGAATTAAAGGGATAATTTGCCCAAAATGAATATTCTGTCATCATTTACTCACCCCTCACTTCCTTCAAACCTGTTTGAGTTTCTTTCTTCTGTTGACCACAAATGAAAATGTACTGAAGGATGCTGTAGCCATTGACTACCGTATTCTTTTGTTCTTGTATAGATGTCAATTGCTGCTTTTTATCATCATTCTTCAGAATATCTTATTTTGTGCTCAACAGAAGAATGAAATTCATAAAAGTTTTGAGCCACTTGAGTGTGAGGACATTTTTAATTTTGGGGTGAACTGTTCTGTTAACTGCACTACATGAAATGATCCTGGTTTGTCATAGGCCTCATTATGAACTTCTGCAGCTGCATTATTTATACTATTAACCTGCTACAGTAGGAAAACTGATGTTTTCAACATTTTAAATCATCTTTTATTTTTATATACAGTTGTCAACATTTGAAGTGGACCAAAATCATACATCAAAGTTGTCCTAAATCTACTGAGTACCCATACTTGTCTTGGAAAAATGTTAAAAAAGCTTTTTTTGATCCATTTTAAATGTTGATGACTGTATAATTTATATAGATTTTATTTTATTATATATTTTATTCATCAGTACAGCTTGCTTTCATTGGTTCTCTGTTTTGAGTAAATTCTCATTTATGGTTTACTTCATAAACTACTAATAACATGCCTTCACATTTTTTAAAATAATATTATAATTCAGAGCATTTCTATGCAAAAATGCATAAAGTTAAATGTAAGACTTTTTAAGACTATTATGAATGAAATTTTAGACTTATACAAGGCTAAATGCTAAGGATTCACTTAGAATATCCAAGTTTTCACTTGCCCTGTCAAAAAATTATTATAATTTAATACATTTAAAAATACAATAATAATAATTTAATAATAAAAATATAGGTCAAGTCAGTATCCTCAGCAGTAAAAAAATACTTTTAAACAAATATTACTGTAAGAAAAAGTAATTAAAACATTATGGTAAAAATGCTATTTTTAAATATTAAGTTTGAGACTGGGATTGGTGATTGTATGAGTGTTAATGGGCAAATTCAGTAGCTAAACATGAACAAAAATTAAGACCTGTTAAAAAAGACCTGCAACACAATACTTTAGTAAATTTAAGTCTTTTTAAGGCCTAAATTTTAGCTTATTAGATTTAAGATATTTTAAGACTTTTTAAGACCCCGCAGATACCCTGGTATGAAGTATGTCTCCTTTTTTCAACATTGTGTTTCACTTTAAATGTATTTTAGATTTATTTCAATTAAGTAAAATGTTTTCAATATAGTTTTAGTCAACAATAACACAAAAGCACAAGAGGTGACAGTTGTGTTGTGTAACATGGTTACTATAACAACATGTAAGGCATGACCAGCCAAAGTGAAATCCATATCCTGTGACTCAGCTCTGCACCTGGGTCCTGCTCTCACCTGATAAGACCTTTATGACCCTGGATGTCATATATGTAATTTGATTATAACACCTATTATCATCACTAATGTAGTTACTAGGAAGTATAGGTGAATAAACTCTTACAGTACAGATGAAGCCATCGTTCCCCTCACCCTCATTTAGACTGTTTGTTTTGGCAGCTTCACAACTACTCTGATGTTTTTATGAGGAAGCTGGATGTTACTCATGTTGGTTACGCAATGACCCATTTTACACACTCTACTAGAAATGTGGTAACAAACTAAATTCAAGAGACTTTGGTCATCTGAATGTAAATCTATTAAAGTTCCTTATAGAGATTTTTTACTCAAACATTACAATTTACTCACCATTTAATGGCTATGGCTTTCTTACTTCTGTTGAACATGAAAGATATTTTGAAAAATGTAGGAAACTAAACCATTGACAAAAGACATTGACTAAAGCTGAATTTACACAGGTGCATTTTTTTTTTTAAACATAGAAGTTTCGTTGCAGTTATGCCAGGCATCTAAACTACTCCGGTATCTTCAACCCATGAAAAGGCAAGACTTTGAAAACACTAAAGACCTTGTTTTAGTTTGGAAATGCTGGTGTTCAGTTTCAGTATAGACAGACTGAAAAGCAAACTTTGAAAACTGTTTAACAGAAGAAAGCAAATGAAACAGGTCTGAAGCAAGTGAAGGTTGAGTAAATAATAACAGAACTTTATTTTTGAATAAACTATCTATTTAAATGTAAAATATCCCTTTATATGTTAAATAAATAAAATTATATTAATTAAATAAAAATGCTTAATTACTGGCGACACGGTGGCGCAGTGAATATATCTGTGTGGAGTATGCATGTTCTCCCCATGTTGGAGAGGGTTTCTTCTGGGTGCTCCGGTTTTCCCCACAGTATAAACACATGCGCTATAGGTCAATTAAATAAGCTAAAATTGGCCGTAGTGTATGTGTGTATGTGAAGAGTGTGCAGGTGTTTTCCAGTGCCGGGTTGTGTCTGGAAAGGCATCCGCTGCATAAAACACATGCTGAATAAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGACAACCCCCGATTAATAAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATAAATGAATGAATAAATGCCTAATTACACAAAATGGTAGTTTAGATGGTGTTTAATCAATAATATCACACTATACTTATTATCAGCACCAGCAGCATCAAAACTACTAATAAAGAAATTACAAAAATAGATAGATTGACATATATAGGCCACATAAAACCTAGAAAGTACTGTGTGTTGTTCCAACACGATCTCACTGAAATTCTTAACTTTTTCATTTAGTGGATAATTTGTATGAATTTGTATTATCTAATTCGTACACAGAGTACGTTTTGCTCATCCCCCAATGATGATTGGGTTTAGGGGCAGGGCTGGGTGCTACGCCTTTTTTTTTTTTTAATCGTACATTTTCGTACAAGGGAATCAGCCACTAAACTGACAAAGCATAAAGTAGTTACGATTTCTTGTGATATCAGGCTGGTTATTTCTATTAAAGTACAATCTCTTCCAGTAGGCTAGATTAATAATCAATATACTATCCATTTTCATCATACTTAAAAGCAACAAATGCAGACCAATAAACAACATGCTGGTTGCTAATGTAAAAAAGTATTCCAGCATCTCAATCAGACGCCAGACTAAACTGAACACACGCTAAACACTTCACCATGAGTCAGCATATGCAGAAGCAGGTGCTTTTGTTTACACATTTAATTCACTCTTGTTCCATTAGACTTGAGTGAAACATCTTAAACTAGCCATTTTCTTGATGAAGATCGTCTGTGTTTATCAGCAAAACTGCCCATAGGTTTCTGTCTGTATATTCTTGGCCATATATTTCAAGGACTTACTGACCTAGCCAGTTTGACCACATTTATCATGTTCCTCGATATCGATTACCCCAAATCACCTGGGAGCTTTGAGTGCAAAAAAAGCAAAGGCCAAAGGTCAATTACTACAACACCATTCAAAAATGTGGGGTCAGTAAGATTGAAAGAAGTCTAGGAAGTCATGCTCACCAAGGCTTTATTTATTTAGATCAAAAAGTGTAACATGCTTCATCAGAAATCATTTTAATATGTTGATTTGCTGCTCAAGAAACATTTCTTATCATTGTCATTATTAAAAACAAAATAAGTAACTTTTTATCAGTTAAATAAATCTTTGAGGAATATCCACATTTACTGACCCCAAAATGTTGAATAGTACAATAAACAATGTTTTTTAAAGTTACAGTGTTTATATCTGGAATTCAACACATTTTTCTGACTGCACTGTCATTTTGTTTCTGTTTGTGTAG
Seq C2 exon
ATTGACAAATACTTGTACGCCATGCGGTTCTCTGACGAGACGCTGCGCGATATTATGGCTCGTTTCCGACGGGAAATGGAGAACGGATTGGCACGAGACACCAACCCGACAGCCACCGTTAAAATGCTGCCCACCTTTGTAAGGTCCATTCCTGATGGATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000039452:ENSDART00000057638:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.073
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0034916=Hexokinase_1=PU(2.4=23.8)
A:
NA
C2:
PF0034916=Hexokinase_1=FE(26.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]