MmuINT0077976 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037012 | Hk1
Description
hexokinase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96103]
Coordinates
chr10:62315386-62353105:-
Coord C1 exon
chr10:62353058-62353105
Coord A exon
chr10:62315549-62353057
Coord C2 exon
chr10:62315386-62315548
Length
37509 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCTCCCTGTCCTTCCCCCAGATT
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTAGATGTTGAACCAAAAATACGACCCCCTCTCACAGAGGAAAAG
Seq A exon
GTAAGAAGTCCAAATGTGGGTTTGTTTGTTTGTTTGGTTGTTTGGTTGGTTCCTCCAGGAGCATTCTTGTGTGTATAAAAGATATTGTGTGGAGCCGGGTGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACCAAAAAGCCATTGTGTGACTATTCTGTTCCCTCTAGAGATTCTGATGATGATTTTAAACCACGGGGCTTCCCCACAGTAGATTCCCCTGGGTGGGGAGCCGTGTTTACTTTCAAAATGTTCCTCTCTAGGCCCAGATTTCCACACAGCAGGGTACAATGAGAGAGCCTTTAAAAAAAAAGATTTATTTATTTATTATATTTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATGGGTGGTAGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTGAGGACCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGATACGGACCTCAGAGCCCATCCCCTCTGTCCTTGACACAGATGAGTGTCAAGCCTTTCTTACCCACAGAGGCAGACATATTTCATAGGACCCTGAATCAGAGTTTTCTGTGCCTCCCTCCCATTCCCCAAGCAGGCACCTTAATGTGTTTTAAGGCCGAACAGGGGAAGCAGGTCTATAGTTTTAGTACTTAGGAAGCAGAAGCCAGGGTTGGGGTCGGGTAGGGGTGTGGGATGGGATGGGGAGGGCTAGGATGGGGTGGCTGCAAATGTGAGGTTAGCTAGGCTACAAAATAAGACTTTGCTCCTACAAAGAAAACAAGAAGAGCATGCAATAGATAGACTCCAGCATGGTTGGCTCCACTGGAAGGGTATGGTAAGGTAAAGGCTTTAGTAACCAACCTGCTGTAAGGGGGTGGTGGCACAACCCTCAGCTAAGGCAGAAGTAGCATAAATTTGGGGCCACACTGAGCCACCTAGTGAGAGCGCAAGTGCACACCCCCCTACACACACACACACACACACACACATACAAAATAAAACAAACCAAACCAAAAAAACCCCAAAGTATCAGCTTAGTAAGTCTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCTTTTCTTTTCTTTTGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTATGTAGCTCTGGCTGTCCTAGAACTCCCTCCGTAGACCACTGTGGCCTTGAAACTTAGAGCTCTGCCTGTCTCTCTGCAGATTTTCTTTTTTTGTTTGCTTTGTTTTTTGTGTTTTGACTTTGTAGCCATGGCTGGCTAGCCTGAAATTGTGTAGGCCAGGTTGATCTTAAACTCACAAAGATCTTTCTGCCTTTACTTCCCAAGTGCTGGAGGAGGGGGTTGTTGGGGGAGTGGAGAGGAAAGGGTATGGGTTTTCAAACCTCAAGGCCATACCTCCTCCCACAAGGCCACACCTCCTAACCCTTCCCAAACAGTTCCACCAACTGGGACCATGCATTCAAACACGTTCGTCTACATGGGCCAATCTCATCCAAATCACCAAACCTATCCGCCTTTGATCTTGGATTTCTCCTCTCCCAAACCAGGAAACAATACATTTATGTTGTTAAACCACCCAGTCTGTGGCATTTCATTATGGTAGCTATACCAAAAGTTAATTGAACCCTCCAAAGCAGAAAAAAAGCCAAATATTCATCTGTCCTTGAAAGGGTAAATAAGCTGTGGTATGTCCGCACAATGGAATATTATTTAGCAATAAAGCAACAAAGCTCAGATACATGTGACAGAGCAAACCTTAAAATCATGTTCAGTGAGAAAAGCCAGTCACGAAAGACCATGTATTGTCTTGTTCCATTTATATACAATATCCAGAATAGGCAAAGATATGGACCTAACAAATGTTTGCCGATGACCCAGGCATATAGAAAATTGCAGGCTGATGGCTCCCGGAAGGAGAGGGAGAGGAAATCTTCTAAGGGCCACTGTGGTGCGGATGTCCTTGTTCAGAGACTGTACCACAATTCATTGTCGAATTAGCCATGACATGAGGCCTGTCTCTAGTCCCAGCTCTTTGGAGGCTAAAGTAGGGAGATCCCCTGAGCCCAAGAGTTTGAATCTAGCTTGGGCAACCTGGCAAGTCCCTCCAAAAACAAACCAAACAAACAATAAAACAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTTAAAACAACTAAGGGTCTGGAGAGACGCTCAGCGTGAGTTAAGAGCATTTGTTGCTCTTGCAGAGCACCACGTGGTGGCTCAGAAAAAACCCGTCTGTAACTCCAGGTCTGGGGATCCAAAGCCTTTGTCTGGCCTCCCCAAGCACTGTAAACATGTGGTGTGCACACGTACACATGCAAGCCAAACAGTCATACACATGAATCAGAAGGACAGAATCAGATGGTTAAATTATGTAATATGTGAGTTTACATCTCAATAAAACATAACCTTCACAGAGCCCCAGCCCTTGGAGGCTCAGGCAGGAAGATTGTGAGTTCGAGCCCAGTCTGGGCTACACAGTCAGACCATATCCCTGAAAGGAAACCTCTCCTTTAAGGATTCCCTAACAAAGTACCACAGACTTACAGAACTAAAAGAACCCACAAGATCAGTTTTCCAGACAAGGCCCCAGGCTCCATCACAGAGCTCTTTGGGGGGGGGGGGGCTGGGGGGGGGAGCAGTTTAACCCTTTGTGGGCCAGACTGCAGAAGGCAGCCTGAGAGGTGAGACTGGGAGTGTGTGTCCTTAGTTGGTTTCCTTTGTTCTGAACTCTGTTCTGGTGACAGGTGAGACGTGGCCTGTAGAACAGAAGGTGCCTGGGGACAAGGCTTGGGTTGCCAGCTTAGGTGACAGGGAGCAAGTTCTGCCTGGGACACCCTTGCCCACACAGCTTGGCTTCTCCCTCCTTTTGTTCTGCCCAAATGTCACACCCTCGGGGATACCTTCCTGTCCATCCTGCTTGAGACGATTCCCCTTACCCCTTGGCCGCTTAGCCTCTATACTGGCTAGGAATGAGTTCGCCTACTTGTAATAGAAAACCCTCAAATAGCCACAGTTTGGGGCACAGGGCAATTTCATTTTTCTCTTTATTTTAGAAACCTGGAGATAGGAAGTGTGGGGCTGGGGCTGGTGCAGAGTGCCTTGCTGACTCTGCATGACATGGGGACACTGGCACCTGTTTTAATTTGGTGCTTTATTCTGTCTGGCTGCCACGCCCAACGTGATTTTACAATCCATGGAGCTGGCAGGAAGGAGGCAGGAGGATCGTTCTAGGGAAAGTGGCACAAAGCTGTTACCGGAAGTCGCCAGGCGAGACTCTAACTTCCATCCCTTTATCTGCCTGGTTGGAGATTGGTCCAGTGGCCGGGTAGCTGCAAAGGAGACTGGAAATATGATCCTTATCCTGGGCTGGTGGCGGTAGTGAGGGTGGCTGAATTCAGCTAAAAACAGAAACATTGATTCGTCAGACCAAAGGAGAAGTGGTTATCTTGGGATGTGGCCGGCCTAGCGACACCACGCTGGCGCCTGTGTGATACATATTCAAGTAGGATTTGTTCACTATCTGTCTCCCTAAATGTGGTCAGACACGGTGTCTTGTCCATTGCCAGATTTGGGGTGATGGGGGAAATAGAGAGTAGAGAGTATCTCATATTTATTGAGGTGAAAAAACGACGCCGTGGGGGTCTTGAGAAATAGCAGGGTTCTTTCTCTGTTCTACATTTGGTTTTATGAGACGGGTTCTAGACATGAAGCCCAGGCTGGCCTTGATGTGTCTGATTGTGGCATCTGAGTGCTGGGATTACAGAATGAGCCACCTGAGCTGATACAAGTATATTAAATAATAAATGACCACTGCAGTGGGAGGCACCGTGTTTTCAGTGTCCGTAGGCGGAGAGGGTTTGATGCTCGGAGGAGCTGGGAATATGTGTCTGGAGTTTTCGAGTCATATGGAGGCTGAAAGGCTTGACGAGAGTGACTCTTCAAGGTGTTTGCTTTGAGATAGGCTGGTAAGATGGTCCTTGAACCCCACATGCATACCACAGTGTGCCCATGATCACACACACACACACACACACACACACACACACAAGTAAATGAATAAATGAATAAAAAGTTTAAAAAGACACACCTATAGACAATGGCTCTTTTATTTTTGAGACTGGGTCTCACTACATAGTCCTGGCTGGCATGCAGCTTGCTATGTTGACCAGGCCGACTTTAAATTTGGGGCAATCTCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTTTTAGATACAGCAAGGGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGATGATGATGATGTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTAGTCCCGGATTCCTGGAACCAACTCAGTAGCTTAGGCTGGCCTTCAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTTCCAAGTGCATGCACACCACTGTAAAAGTACCTTTTATCCTCCTAACATTAATCGTTGTCTCAGATTCTTACTGCCTTCGTCTGCTAACCTAGGCCTCGTCCTGGAAGCTTCTAGCCTCTGTACAATCTTATCTATATATAGGCCTAGGATGCTTTTAGCCTCTTAGACTTACTGACTGATACAATCTGGCTTCTCCCAGCTTCTCACTGAATTGCTCTGCTTGGCCTCACACTAACTCTGGCAATCTGTTCTGATGATCTCACTCCTTCTCATTCTCTGGCTCATTCTGTCTTCACAGGGATTCTGGCTTATTCTCTCTGCAATCTGTCTCTAAACAACATCCCAGGAAAAATGCCTCCTCCTTCCTTCCCCTCTGCACTGCCCCTCAAGTAGCTTCCTCTTCCTCTCTCTTCTCGTGAAAGTTGTACATATCCTATTCTGTCAGATTTCTCTCTGATT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Seq C2 exon
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Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types