MmuINT0077976 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037012 | Hk1
Description
hexokinase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96103]
Coordinates
chr10:61778134-61815853:-
Coord C1 exon
chr10:61815806-61815853
Coord A exon
chr10:61778297-61815805
Coord C2 exon
chr10:61778134-61778296
Length
37509 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCTCCCTGTCCTTCCCCCAGATT
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTAGATGTTGAACCAAAAATACGACCCCCTCTCACAGAGGAAAAG
Seq A exon
GTAAGAAGTCCAAATGTGGGTTTGTTTGTTTGTTTGGTTGTTTGGTTGGTTCCTCCAGGAGCATTCTTGTGTGTATAAAAGATATTGTGTGGAGCCGGGTGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACCAAAAAGCCATTGTGTGACTATTCTGTTCCCTCTAGAGATTCTGATGATGATTTTAAACCACGGGGCTTCCCCACAGTAGATTCCCCTGGGTGGGGAGCCGTGTTTACTTTCAAAATGTTCCTCTCTAGGCCCAGATTTCCACACAGCAGGGTACAATGAGAGAGCCTTTAAAAAAAAAGATTTATTTATTTATTATATTTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATGGGTGGTAGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTGAGGACCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGATACGGACCTCAGAGCCCATCCCCTCTGTCCTTGACACAGATGAGTGTCAAGCCTTTCTTACCCACAGAGGCAGACATATTTCATAGGACCCTGAATCAGAGTTTTCTGTGCCTCCCTCCCATTCCCCAAGCAGGCACCTTAATGTGTTTTAAGGCCGAACAGGGGAAGCAGGTCTATAGTTTTAGTACTTAGGAAGCAGAAGCCAGGGTTGGGGTCGGGTAGGGGTGTGGGATGGGATGGGGAGGGCTAGGATGGGGTGGCTGCAAATGTGAGGTTAGCTAGGCTACAAAATAAGACTTTGCTCCTACAAAGAAAACAAGAAGAGCATGCAATAGATAGACTCCAGCATGGTTGGCTCCACTGGAAGGGTATGGTAAGGTAAAGGCTTTAGTAACCAACCTGCTGTAAGGGGGTGGTGGCACAACCCTCAGCTAAGGCAGAAGTAGCATAAATTTGGGGCCACACTGAGCCACCTAGTGAGAGCGCAAGTGCACACCCCCCTACACACACACACACACACACACACATACAAAATAAAACAAACCAAACCAAAAAAACCCCAAAGTATCAGCTTAGTAAGTCTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCTTTTCTTTTCTTTTGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTATGTAGCTCTGGCTGTCCTAGAACTCCCTCCGTAGACCACTGTGGCCTTGAAACTTAGAGCTCTGCCTGTCTCTCTGCAGATTTTCTTTTTTTGTTTGCTTTGTTTTTTGTGTTTTGACTTTGTAGCCATGGCTGGCTAGCCTGAAATTGTGTAGGCCAGGTTGATCTTAAACTCACAAAGATCTTTCTGCCTTTACTTCCCAAGTGCTGGAGGAGGGGGTTGTTGGGGGAGTGGAGAGGAAAGGGTATGGGTTTTCAAACCTCAAGGCCATACCTCCTCCCACAAGGCCACACCTCCTAACCCTTCCCAAACAGTTCCACCAACTGGGACCATGCATTCAAACACGTTCGTCTACATGGGCCAATCTCATCCAAATCACCAAACCTATCCGCCTTTGATCTTGGATTTCTCCTCTCCCAAACCAGGAAACAATACATTTATGTTGTTAAACCACCCAGTCTGTGGCATTTCATTATGGTAGCTATACCAAAAGTTAATTGAACCCTCCAAAGCAGAAAAAAAGCCAAATATTCATCTGTCCTTGAAAGGGTAAATAAGCTGTGGTATGTCCGCACAATGGAATATTATTTAGCAATAAAGCAACAAAGCTCAGATACATGTGACAGAGCAAACCTTAAAATCATGTTCAGTGAGAAAAGCCAGTCACGAAAGACCATGTATTGTCTTGTTCCATTTATATACAATATCCAGAATAGGCAAAGATATGGACCTAACAAATGTTTGCCGATGACCCAGGCATATAGAAAATTGCAGGCTGATGGCTCCCGGAAGGAGAGGGAGAGGAAATCTTCTAAGGGCCACTGTGGTGCGGATGTCCTTGTTCAGAGACTGTACCACAATTCATTGTCGAATTAGCCATGACATGAGGCCTGTCTCTAGTCCCAGCTCTTTGGAGGCTAAAGTAGGGAGATCCCCTGAGCCCAAGAGTTTGAATCTAGCTTGGGCAACCTGGCAAGTCCCTCCAAAAACAAACCAAACAAACAATAAAACAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTTAAAACAACTAAGGGTCTGGAGAGACGCTCAGCGTGAGTTAAGAGCATTTGTTGCTCTTGCAGAGCACCACGTGGTGGCTCAGAAAAAACCCGTCTGTAACTCCAGGTCTGGGGATCCAAAGCCTTTGTCTGGCCTCCCCAAGCACTGTAAACATGTGGTGTGCACACGTACACATGCAAGCCAAACAGTCATACACATGAATCAGAAGGACAGAATCAGATGGTTAAATTATGTAATATGTGAGTTTACATCTCAATAAAACATAACCTTCACAGAGCCCCAGCCCTTGGAGGCTCAGGCAGGAAGATTGTGAGTTCGAGCCCAGTCTGGGCTACACAGTCAGACCATATCCCTGAAAGGAAACCTCTCCTTTAAGGATTCCCTAACAAAGTACCACAGACTTACAGAACTAAAAGAACCCACAAGATCAGTTTTCCAGACAAGGCCCCAGGCTCCATCACAGAGCTCTTTGGGGGGGGGGGGGCTGGGGGGGGGAGCAGTTTAACCCTTTGTGGGCCAGACTGCAGAAGGCAGCCTGAGAGGTGAGACTGGGAGTGTGTGTCCTTAGTTGGTTTCCTTTGTTCTGAACTCTGTTCTGGTGACAGGTGAGACGTGGCCTGTAGAACAGAAGGTGCCTGGGGACAAGGCTTGGGTTGCCAGCTTAGGTGACAGGGAGCAAGTTCTGCCTGGGACACCCTTGCCCACACAGCTTGGCTTCTCCCTCCTTTTGTTCTGCCCAAATGTCACACCCTCGGGGATACCTTCCTGTCCATCCTGCTTGAGACGATTCCCCTTACCCCTTGGCCGCTTAGCCTCTATACTGGCTAGGAATGAGTTCGCCTACTTGTAATAGAAAACCCTCAAATAGCCACAGTTTGGGGCACAGGGCAATTTCATTTTTCTCTTTATTTTAGAAACCTGGAGATAGGAAGTGTGGGGCTGGGGCTGGTGCAGAGTGCCTTGCTGACTCTGCATGACATGGGGACACTGGCACCTGTTTTAATTTGGTGCTTTATTCTGTCTGGCTGCCACGCCCAACGTGATTTTACAATCCATGGAGCTGGCAGGAAGGAGGCAGGAGGATCGTTCTAGGGAAAGTGGCACAAAGCTGTTACCGGAAGTCGCCAGGCGAGACTCTAACTTCCATCCCTTTATCTGCCTGGTTGGAGATTGGTCCAGTGGCCGGGTAGCTGCAAAGGAGACTGGAAATATGATCCTTATCCTGGGCTGGTGGCGGTAGTGAGGGTGGCTGAATTCAGCTAAAAACAGAAACATTGATTCGTCAGACCAAAGGAGAAGTGGTTATCTTGGGATGTGGCCGGCCTAGCGACACCACGCTGGCGCCTGTGTGATACATATTCAAGTAGGATTTGTTCACTATCTGTCTCCCTAAATGTGGTCAGACACGGTGTCTTGTCCATTGCCAGATTTGGGGTGATGGGGGAAATAGAGAGTAGAGAGTATCTCATATTTATTGAGGTGAAAAAACGACGCCGTGGGGGTCTTGAGAAATAGCAGGGTTCTTTCTCTGTTCTACATTTGGTTTTATGAGACGGGTTCTAGACATGAAGCCCAGGCTGGCCTTGATGTGTCTGATTGTGGCATCTGAGTGCTGGGATTACAGAATGAGCCACCTGAGCTGATACAAGTATATTAAATAATAAATGACCACTGCAGTGGGAGGCACCGTGTTTTCAGTGTCCGTAGGCGGAGAGGGTTTGATGCTCGGAGGAGCTGGGAATATGTGTCTGGAGTTTTCGAGTCATATGGAGGCTGAAAGGCTTGACGAGAGTGACTCTTCAAGGTGTTTGCTTTGAGATAGGCTGGTAAGATGGTCCTTGAACCCCACATGCATACCACAGTGTGCCCATGATCACACACACACACACACACACACACACACACACAAGTAAATGAATAAATGAATAAAAAGTTTAAAAAGACACACCTATAGACAATGGCTCTTTTATTTTTGAGACTGGGTCTCACTACATAGTCCTGGCTGGCATGCAGCTTGCTATGTTGACCAGGCCGACTTTAAATTTGGGGCAATCTCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTTTTAGATACAGCAAGGGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGATGATGATGATGTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTAGTCCCGGATTCCTGGAACCAACTCAGTAGCTTAGGCTGGCCTTCAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTTCCAAGTGCATGCACACCACTGTAAAAGTACCTTTTATCCTCCTAACATTAATCGTTGTCTCAGATTCTTACTGCCTTCGTCTGCTAACCTAGGCCTCGTCCTGGAAGCTTCTAGCCTCTGTACAATCTTATCTATATATAGGCCTAGGATGCTTTTAGCCTCTTAGACTTACTGACTGATACAATCTGGCTTCTCCCAGCTTCTCACTGAATTGCTCTGCTTGGCCTCACACTAACTCTGGCAATCTGTTCTGATGATCTCACTCCTTCTCATTCTCTGGCTCATTCTGTCTTCACAGGGATTCTGGCTTATTCTCTCTGCAATCTGTCTCTAAACAACATCCCAGGAAAAATGCCTCCTCCTTCCTTCCCCTCTGCACTGCCCCTCAAGTAGCTTCCTCTTCCTCTCTCTTCTCGTGAAAGTTGTACATATCCTATTCTGTCAGATTTCTCTCTGATT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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A:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: