DreINT0078060 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000039452 | hk1
Description
hexokinase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2848]
Coordinates
chr13:22842438-22845779:-
Coord C1 exon
chr13:22845546-22845779
Coord A exon
chr13:22843686-22845545
Coord C2 exon
chr13:22842438-22843685
Length
1860 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
CCTCTGCTGCATCTCCTCAGTTT
3' ss Score
7.59
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACCGTTTGGCGCTACTGCAGGTCAGGTCTATTCTCCAGCATCTGGGTCTGGACAGCACATGCGATGACAGTATCATCGTCAAGGAGGTTTGTGGAGCTGTTTCTCGTCGAGCAGCTCAGCTCTGTGGAGCAGGAATGGCTGCTGTTGTGGATAAAATCCGGGAGAACCGTGGACTGGATCATCTGGACATCACTGTTGGAGTGGATGGCACCCTGTATAAGCTCCATCCACA
Seq A exon
GTAAGTACATGCACAATCAATGGATGCATATGATCGCTTTTATCTTGTGGGTAAAGTAGACCTACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTGAATGAATCTGCATGACTAGAAACTGTTGTAAAAATTTGATTGATTTATTTGAATCAATTTGATTGATTCACTTGATTTATTTATTTATTGTTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAAGATTCACATTCAAAATATGAGGGAGATAAATATGCAGTTTAACACCCATCTAAAAATGTATTACAGTATAAAAACTCTGCCATATCTTAGTTATACATATTAGATCAGTGGTTTTCAAAGTGGGGGTCATGAGACAATTGGGGTGGAGGGTCGCTTGGTGATTTCTAAAAATCACATATACAGTATGTTATTAAACTATTAAAATTACCATATTTTATCCATAACCTACAGAAGATAAAAAAAAATTTTAACTTATAATTTATTTAATATATACTTAATATTTAATAGTTACATAGATACAACATGCAAATATAAAGCCATCAGCCTTTCATTTTTTTCCATTGTACTGCGACCCCTGGAGTTATTATGCTAGATTAACCTCACAGCAATACTGTTAGTTGCAGCAGATTGATTTTACGGTACAATGTTAAAGCCCACGACTAAACATGGAGAATTATCTCCAAGTGGTAATCTTCAAAATTTTACCAAGAATAGTCTTGTGCTGTAAACATTGTGCCGACCATTCTAATTATGTGAGGGAACAAATTAATAATGAATATAAAAAAACTGTATGATTGTTGTTGCACTTTTTTGTGTTGTCAATATACTTGTGTTCATATAGTTCCTATTGGTGTGGGTGGGTGCACTATTGTGTTATTGTGTTATGTTTATAACCACCTCCGAGCATAGTGGGGGAGGAGTCATTGAAATTGTTGTTTTAGGGGTTGTGGGCTGAAAAGTTTGAGAACCCCTAAATTAGATGAAAAAAAAAGCACTTGGCATACATATCCAGCTTGTCCAGCCTAGCCAGGCTGGGAGACCAGACAAAAACAGCTACGCCCAGCTTTTTTCCACGTCCAGTTAAGATCAGCTAACCAGCTTGGCTTGTCAAGCTGGTTTTACCTGGACAATCCAGCTTGTCTCTCAGCCTGACCATCTAAAATCAGCGTGGACGTGGCTAAAACCAGCACAATCAACCAACTTAAACCATCCAACCAGCTTAAGTTTGTTAAGCTTAAGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTGGCAGAGTATTAAAGTTCTGTGGAAAGTGTAATGGTGCCATATTTCCACTTTAAACATGCAGCACCCATATTAATAAACATATTTGTTGTAAGTGTAAAGAAAGCCTGAAATAGAAGTTGTGATACTCTTTTTTTTCCATTTTGTGACATATTTAATTAAAATACCTTCTTGTACAAGAAAATATGTAGAGTGGAACTTGACTTTGTCCATCTGAAAATTGTGTGTGACAGTTTGTCCTGCCCTTAAATGCATCAGAAAAAGATAACTCATTTGGAAGTTATTTCGATTGAATTTTATGAGGGCTTAATCATTGAAAAATTTGGATTGGAATAAATACTGTAATATTCCACAAAAAAATTGAAATTGAAAGTGTCTTTACTAAACATATTAAGCCAAATTCTATGCCAGCGGGGAACTTTTTGTCCCTACACACATACAACTAAATTCATTTGACAGTTTGCACGCTACATTTCCAGTCACAATGAATTCTGCCTCTGCTGCATCTCCTCAG
Seq C2 exon
TTTCTCTAGGATAATGCATCAGACAGTGAAGGAGCTCGCCCCCAAATGCAACGTCACTTTCCTTCTCTCAGAAGACGGAAGCGGTAAAGGTGCTGCCTTGATTACCGCCGTTGGGTGTCGCCTCCGCCAGCAAGAACAGAAGAGCTGAACCCTGCGATGAACAAGCCCTCGGCCTCTTCTCCAGCTCTCCAAGAGCTCATACATTTCCACTCGCAGCTGTGACTCGGCTCTCAAAAACCATGACCCGGCACATCCTTCTGCTCATTCCCAGAGCTGGGATCTGACCCCTTGGCTTTGTATTTCACTCCTACATGTTCCTGTTTGTCTATGTGTGTTATTAGGGGTTGGTCCATCAGCGTCCACCCAACTATATAAAGATGTTCTTTAAGATGTTAAATTGTTGTTAAAGTATTTATGGATGTATATTGGAAAAAGGGAAGAAATGTAAACACAGTACAACCATTAAAGTAAAGATATTTGACCAAGTATATTAAGATATTATTTATTTTATTTTTCTATCTGCCGGTAGACATAACAGGAATGGATACCTGAGGAAAAGAAGGTATTTTGTTGCGATTATGCCAAGCTAACTCCAAACCTCTGCATATTGTCATTTGTCTGTGTGGCAGCTTGTAGTGATGAATACTGCGAAACATTCACTGTCGAAGTGAGGAAGACGTGCAAATTGCAGTCACAGCTGCCTTCCTGTGTAATTCAAACCACTACTTGTCGCCATACAAATGAACAAAGACAGGAAAACCTATTGCCTTTGCATATCCAACCTTTCTGAATTAGTCTTACCTTCTCATACCCGAAGCGGATTGTATCGTGCGTATTGCTTTTGTCAGCTTTTTGCTGTGTGTGTATATGCAGATATGCGGGTTGTCGGTACTGATTCCCAGTAAATGTTCTTCTGTGTGCCCCGGCTGGTTATTTGTGAGTGATTGTGTGTAGTTCATGTGAGTGAATCTGTGTAGTGGCTCAGAGATCTACTGATGAATGCATGCCTTATTTGGTAACGGAAATTAGCATCCACTGATTTTGTACTATTTCATAGTTGCACTATATAAATAGATGTTCCTGGAAAAAGAAAACCTATAGGAGAAAAACCATAAAAATATTTTGATCAACTACTGAATTTGTGTTCTGTGGTTTCCTTTGCAGTTGCCCAAATTATGTAGCATTGTTTTGTTTTCCGTATTTACATCCTGTGTGATAAATGTTTGTGCAATAAAAGAAATTCCACTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000039452:ENSDART00000057638:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(32.5=100)
A:
NA
C2:
PF0372711=Hexokinase_2=PD(16.7=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGAATGGCTGCTGTTGTGGAT
R:
ATGTGCCGGGTCATGGTTTTT
Band lengths:
354-2214
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]