DreINT0078061 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000039452 | hk1
Description
hexokinase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2848]
Coordinates
chr13:22858075-22872267:-
Coord C1 exon
chr13:22872105-22872267
Coord A exon
chr13:22858224-22872104
Coord C2 exon
chr13:22858075-22858223
Length
13881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTTCTTTAATTCACTTACAGAGA
3' ss Score
8.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000039452:ENSDART00000057638:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.073 A=NA C2=0.060
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0034916=Hexokinase_1=FE(26.2=100)
A:
NA
C2:
PF0034916=Hexokinase_1=FE(23.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]