DreINT0078082 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101482 | hk2
Description
hexokinase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2017]
Coordinates
chr5:13414823-13426298:+
Coord C1 exon
chr5:13414823-13414922
Coord A exon
chr5:13414923-13426114
Coord C2 exon
chr5:13426115-13426298
Length
11192 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGT
5' ss Score
11.11
3' ss Seq
ACATGAGGTGTATTTTACAGGGA
3' ss Score
5.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTTTGACATTGACATTGTAGCAGTGATCAATGACACCGTTGGCACCATGATGACCTGCGGTTATGATGACCATCACTGCGAAATTGGCCTCATTGTCG
Seq A exon
GTGAGTCAACAGTCTTTCGTTTGCACTTATATTCTCACTGAAATCAGTGGGAAAATATCAGCCAGGGTGTCGGTGATATTGTCAAGCAAACTGATGTGCTTGGTGTGAACGAAAGGTGCTTTGTTTAAACATGGACCCTTTTGTTCTGCCGTTTATTTAGCAAAATGGTTGAGGGAACACAGGAGCACGCACTTCAGACATTTAATAGCATGTCAAGGTCTATTATTATGGACTAAGAAAGTTATTTTTGGTGTCATCTTGACAGTTCCTAATCCTTGCGCGCCTCTACATGAGCTAATTGTTTCAATTCATTTTTGCCAATAGTCTGTGAAATGTGCGTAGTTGTAGAGGCAAGAGCAGACGTCCTTGAGTCTTTCACTTTTTCTGCTTCGGATATTATACACTCTCTCTTTTACAGCAAGAACACAACTCTTTAGGATGTTTTTCACTTTTTTTTTTTTTTGCGTTGATTTGTTGTAATATACAGTTGAAGTCAAAAGGATGATTCGAGTTCTTTTTCAAATGTTTTTAAGTGCTTCTTATTTTTTTAAGCTTATTAGTTTAATAAATTTATAATAACGTATATATTTTGTCTTTGCCATAGAGGCAGGGCTTAACTAGAGTAATTAGGTGAACTCTACAAGTTTAGTTAACTGGGCCAATTATTGAATAACTGGTTTGTTCTGTAGCCAATCAGATTAAATTATTTCTTAAAGTGGCTGATAATATGGACCTGTGATGATATGGAATTGTTTTAAAGCACCTAAAAGCATCTTATTCCAGGCAAACTAAAATAAATAAGACTTTAGACTCTAAATAAGACTGTAGAAGAAAAAATAAATATAGCAATACAGTGAAAATGTCATTGCTCCATTAGGATATATAAAAAAAAAACATTCACATGAAGAAAATTTCCACTCCAGTGCATATACATTTGATATCAGAATTATTAGCTCTCCTTTGAATACTTTTTTTTTTCCCTAAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAGGGAAATTTTCCCAGTATGTCTGATAATATATTTTTTTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTTGAATAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAAACCCACTTTAAGATCAATATTATTAACCCCTTTAGGCTATATTTTTTTCTATAGTCTACAGAACAAACCATCATTGTACAATAACTTGCCTAATTGCCCCAACTTATTACCTTAAATATTAAAACTATTATGTTTATAAATGTTGAAAAGATCTTCTCTCCATTAAACAGAAGTTGGGGAAAAATAAGGGTGGCTAATAATTCTATTAATTATGACTTCAACTGTATTATAAATCCAAAGAGTAACACACAAAAAACAAACAAATGAAATGGGCAACTAAGTTACTCTTTTTTTCAAGATTTAAGATCTCCAGAATGTGTCTGTAAAGTTTTAGCTCAAAACAGTCATCAGCATATTTATTAAACTTTTTTTTTTTAAATGTAGGCTGTTAGGACATTGTAGCCGCTTCTGTTGCCTGTGCCTTTATTGCAAATGAGCTAGTTTACCCTGCCCACCATTCCCACATGCGTGACCAAAAAATTAAGCAGATCTCCCTTACTACAGTTAAAACTTTCCCAGCAGTTTTTGATATATTTGTTGTGGAGTTGATCCAAGCCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTATCTTTGCAACACACACACACACACACACACACTTATCTTTGCACTGTTTTTCACTGCAAATGTGACAGAATTCACATTAACATACAATGCTGTTGAGACATGTATGTTAATGTACAAAATAAATTTGATTTACGTCCACAAACTGGGATTGAAGCAACTTGTGATGAATTACACTAATTTTATAACAAACATGCACTGTTTTAAAAACGTTTAACTTGTAAAACTCCTTGAGGTGCTGCTGATCACAGAGAGCTGAACAGATCAGTTGCTTTGCACACATCCTGTCTTGTTAATATGATTATATGCATTACTACGGAGACATGTTAATATGAGGCTGTGGTGGGCCTTAAAAAGGGAGGGGTTTGGATCATGTTTTTATGTCAGATTATTTAAAAAAGAGACTTACTGTGTTTCTATCACTCCAATATGACTGTGGACACACTATACCTACACACAGTTCTGTTCGAACAGCTTCCAAAAGATTTTCATCATAGGTGCCCCTTAAATGACTATCAATGACAAATGAAAATTAATATAGCAGGCAAATCAAAAATAATAATAAAAAAAATACACAAATGGTTGAAAATCCATTCAGATAAAAAAAAAAACGATTACGTACTCAAACTTTGTTTATTATGAACTCGCATTGTAAATATACATTGGACAAACACATTAATACACATTTAAAACAATAAAGCAATTAAATTTTATTTATTTATAATTGGGATTAAGGGAGCGATTTGTTTGTCCAGTCATTATACTTTACTTCTTAACCCTCTGGGGCTGAGGGTGACATGCACTGACATTTGTGTTGTTTTCAGTATCTTAAAAACATATAAATGGCTAAAGTGTGATAACACTGTAAACAGCAGTAATACCCTACAATAATACCCAGACAGCATGTTTGTATGTGTTTGTGTTTTTGAGAAAGAAACATTTATGCGTGATTAGTAAAAAACTAAAATTTTAAAGTCACTGAAACAAGGCCGTGAAACACACAGAGAACATTTGTGCACAAGACTTTTGAGAACTGGATTTGGTAGTCTAGTGTTTTTCCTTCAAAATGATGTGAGAATCATCTTGTTCACTTGCTCACAGAAAACAATATAATAAATTAAAAATTCTAAGTCACTTTTTGAGTGAAATTGGTTTATGCGAGAAGGTGTGAACTCTCATTACTATGCAGTGAGTCACACCTGAGAAGACAAAGACCTGCATAATGAGCTGCATAATGAGCCATCAGACAGGTATGTGACTAGGAGGGAAGAGTTTCAAGAAGGAATCAGAGGAAAGTTTATTTACTTTTTTGTTTGCAGTTTATTTAAAATATGTTAATCACACAAAATAACTGGAGATACACTTGTGAGAGTCAATGCACTCTATAAAACTCTGCAAACTTTTAAACTTACACATAGCAAATCTACTGATTTTAATTATTATTTTTTTTTTTGTAAATGAAGTGTTTTGTTGCAAAATTAGATTTATCCATTTTAAGAAATGTTGGTTATTTGACATTATTATTTAAGACATCAACAGTCAGGTTCTTTCACAATTTTATAAATTAAACTATTACTTGAGCTCAGTGAAGTGCAGGAACACAATATTTTATTCTTCAAATCCAGGATATTTTTATTTAACTTTGTCTATAAATAGTTTATAAATAAGTCAAAAACATGCCGAAATGCAACGTATTATTTTAACATTGTCAAACATCTTAAATTGGTTAAAAACAATACATTATAATATATGGAATAGTATATACAAAGTTTGAAATATAATAATAAGATTCTGAGTTTGTTTTGGTAATCTCATATTAGAGCAATGTTATTTTAAAGAATGATAATTAATCCATATTAACAAAAATTACTGTGAGCAAAAGAAGGCAGGTGAAAAACACACCATGTGCGATAATGAAATCTTTTAAACAGTCGCGTGCATCACAGCAGCTTTTGGCGCAAGTGATCATCCTCTCATTCGGTATTCACAGTAATTATTTAAAGAATAAACTTACAAAGCACACTTAGAAATGTAACCTTGCAGACAGGTATCCTGTGATGGGGAGCAGTGCAGGAAAAAGGCAGTATTTCATTGTAAACGCTGGCCTTCTTCTTGACATCAGCGGAGACTGACAGACGCAAGACCACTTGGTCCACTTTTGTAGCGTTTTTAAACATTTTGTGACGTTGAAGACTACATTTTCATCTAATAGTTTGTCGGAATGACACAGACCAACATTACTCTCATTACTGAGCAAACTCGGAGTACTTCTTGTCTACTTTAGCTCTCTTTGCCACTGGTCCTTTACCTCCGTTGTTTTCACATCTGGATTTACATATGAAGCGCGCTTACTGAGAGGCGGGACCACGCTGCTGTAATGAGGCAATATAGGAGAATCCGTACCAGCCCTTATTTTTATACGGATTACATAAAAAGAGATCATTTGTGTTCGACTTGAATTGGTTAATGCAAAAGTAGACATATCAAGCTTTATATATATGTCATAAATCATCATCTTTGTTGACTATTTGCCGAGATTCCTTTCATTTTAGTGATGTGTTTTTCTGACCACAGTCTGCTCGCGCCTTCAGACGCTTGTAATAACAATGCCCCGTGGGCGTGGTCGCATTAAAACTAACGAGATAAGACTGAGAAACTAGACATAGCGTTGGTTTCATACCGATTACTTTATCAAGCAATGTTTGTTTTCAACATGCATAGCTGTGTTTAAAAGTAGCCACTTTAAGCTTTCTAGAAATACATTTCTCATCTGGTTGTGTTTTGTATTTGCGGAGTTTTAGCGCATTTTCCCGACGCGTTTCTAAAAACAGTTCACGGAGAGAGAAAAGACCGAATGCCTACACTGTTTGTTTTCCATATTTTGCAAAGGCACACACGTTTGTTATTGTTGTGAGTATACACAACAAAAAGATGACACATAACAGATTCAATTGATGTATTGATCTTATCTGTACGCTCAAAACTGAAAGTGTAATTTAAGTTCATTTCAGCAGTTTGACACCACCTCAGGTCAAAACGCGTATACGCGGTCTTCGACCCCAGAGGGTTAATGAAGTCTTTAAAACCGATTGTCGCTGGCTATTTTTCTTTAGAATGTTTAAGACGCATGTTAATGAGAACAATAATTGTGTACCCACTCGTAATCATGCAAATAGAGAAAATCCTCTATAGTTGAAGACAGCTGGTATATTTTGAATCATAAGGCAGCGCTGGGGGACTACAGAAGGGCTTAATGGTTGTTGGGCTAATAAAACAAGCTTACTTGAGGCTTACCCTGCCATATT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Seq C2 exon
GGACAGGCACCAACGCGTGCTACATGGAGGAGATGCGGCACTTGGAGCTGGTGGATGGTGATGAGGGCCGCATGTGTGTGAACATGGAGTGGGGCGCGTTCGGAGATGACGGTGCCCTGGATGACCTCCGCACCGAGTTCGACCGGGAGATCGACGCTGGCTCTCTCAACCCCGGCAAACAGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101482:ENSDART00000160690:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0034916=Hexokinase_1=PD(11.2=67.6),PF0372711=Hexokinase_2=PU(3.3=23.5)
A:
NA
C2:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(25.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]