DreINT0078297 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079327 | hmcn2
Description
hemicentin 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9765]
Coordinates
chr8:32762953-32766841:+
Coord C1 exon
chr8:32762953-32763264
Coord A exon
chr8:32763265-32766721
Coord C2 exon
chr8:32766722-32766841
Length
3457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGTGT
5' ss Score
4.3
3' ss Seq
TTGTTTTGTGCTTTTCAAAGATA
3' ss Score
7.06
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTGATGAATGTGCACAGGTGCCAAGTCCTTGTGCTTTTCAGTGCCGCAACGTACCAGGCAGTTTCCGCTGCGTATGCCCACCAGGGACAGTCCTTCTGGGGGATGGTCGCTCTTGCGCTGGGCTTGAGAGAGGCCACATCTTCACCAACAGTACCCGGGTGCAAGCCAGACTGCGGCCACAGCTGGTATCTGCTTTGGAGAGACCTTACCTCACTCGCCTCTCAGTCCTACCAGAGCACCTTGGTTCCTCACGTCGCCCCCGGCATGAATGCCCCGTAGGATATACTAGCAAGGATGGAACTTGTATAG
Seq A exon
GTGTGTGGGATTACATTTTATTTCTATTTTCTGCATTGCTAGGAATATCATGGTGATGATAACATTTGGCCAAGCCACATAAGATGAAGACAATATTCCATGGGGCATTTTTTAGGTTTTTATCCTAAAATATAAAAACTATTTTTTTTTAGCTCAAGACCTTTTGGGCTATGTAATTTATATAAAGGAAACACTGCAAATAAAAACAAAGAGAGACATTTCTGTTCACTTCTTAACTCTTTATAACCTACAGCACCACTTGATATATGAATGACTCTTAATGATAAAAATTAAACCTCTTTTTACGTTAGCAAAATCATTAGCGTTGGAAACATATGCTAAATCAAAATCATCGAATCTGATTGCTCAAAAATTATTGACTTTTCATTGCATGAACCACTATATAGCTTTTATCATCAAACTAAGCTCTTAAAGGAATAGTTCACCCAAAACTGACAATTCTGTCATCATTTACTCACCCTGAACTTGTCACAAACACAATAGATGATATTTAGAAAAATTTTGAAACTGGTAGCCATTGATTTCCATAGAATTTGTTTTTCCTTTTGTCAATAGCTAATGGTTTCTGTCATTCTTCATAATATCTTCTTTGCTGTTCAACAGAAGAAAGAAATTGATAAAGGTTTGGAATTACTTGTGGGTGAGTAAATAGTGAGTAAATTAAAACTTTTGGGTGAACTATCACTTTAAATTGCTAATTGCTAAAAAGTCTTGATGTTACCAGACCTTGAAGTAAACAACCCTAACAGATTACTGGAAAATTTAGGGCAATAAAATATAAAACATATATAAAATACATATACACATATAACATAAACATATACAATATTTAAAAAATGAAATAATCATTTTAAAGAAAAAAACAACAACTATCCAATAACAATAATTATTAAAATGATTATTACATTTTTATGTATATTTTGTATGTTTATATATATTTTTGCTTCTTTTATATTCTTATAAAATATTTTTATAAATATATTCTTTCTATATTTTTTCTCTGTCTTTTTGACAGAGTATTAACACTTAATGCATTTTAATGACACATTTTTAGTCAATACAGAAATAAATGTTACTCTGAATTGCGTAAAGCTAAACAACTCTATTTTCAAAATCAAATTAATCAAGCTGCTAAAAGTCCAATAGTACTATGGCAAACCATTAACTCTATTACTGGTGAAAATAGTTTAAAAAATTACAATAACTTACAAATTGCTATAAATGGTACTCTTCTCACTGATCATGAAAAAGTTGCTAACTCATTCAATGAGTATTTTATTTAATCTGTACAAGAGCTGTCTTCTAAATTTTTAGCTTCTCCAATGCTCCAAGTACCACCAAATACATGTCAACAGTTTATTATATAGCTTATACCACTTTTCCATCATTTAGTTAATTTGTGTATTAGGCTCCATAAATTCCCTGACACCTGGAAAACAGCTCAGTTTATTCCAATATTCAAATCTGAGGACCCAACTAGTGTATCTAATTACCGGCCAATCTCAATTCTCCCTACATTTTCTAAGTTACTTGAAAAAGCATTGTATAATCAGTTAATTGAGTATCTTGAAGACAATAAGATGCTTAGTGATAGTCAGCATGGCTTTAGACCATTGCGGTCAACCATGTCAGCATTGCTTTTATTTACTGAACATACACGTATGGCACTAAATAAAGGTCATGTCACTGGAGCTGTATACATAGATTTTAGAAAGGCCTTTGATACAGTTAATCATGATATTCTTTTAAACAAATTGATCTCTTTTAATCTCTCTTCCTTTGCAGTGGATATGTTTTCATCATATTTATCCAATAGATCTCAGGTTGTTAAAATTGGTACGATAACATCCCAGGCATTAGGTTGTTCTATGGGGGTTCCACAGGGAAGTATTTTGGGACCTTTACTTTTCCTGATGTATATCAATGACCTCCCTCAGGTAATTAAACATTCAGATTCTTTATTGTACGCAGACGACACTATACTTTGTGTCTGGATCAAGTACAGACACAATTAACAATAAATTAAATACAGATCTTCAGCATTTACATGAGTGGCTGCAAGACAATCATTTGACTATTAATGTTAAGAAAACGAAGTGTATGTACTTTTATTCACCTAGATGAAAATTATCCATATCCCATCCTCTCACTTTCTCAAATCAAAAACTTTCCATTGTATCCACATATCAATATTTGGGAATCAGTTTGGACTCTCACCTCACTCATTGTAACCATGTTTAAAATGTTTATAAAAAGCTGAAACAAAAGCTATTTGTTTATGGCAAAATTAGGACAAATTTGTCTTTTTTTGTTTCAGAAACTTATCTGCATGCCATAATCTTGTCTACCTTTTCTTACTGTTTGAATGTTTGGTCTCTCACAACAAACGTTATCTTGGAGCCAATAGCTAGACTTTACAATAGGGCCTATAAGATCCACAACAGACTTTCTGGATGGACACATAACTGTTTTGCTCTATCACTTTCTAAAGCTTTAAAATTTCAAAACTACATTATGAACACGGGTATCAAACTGTACTGTCAAATTTTAAATAGCGCTACCTCAGCAGCCCTTTGCCTTGGTACCAAAACTCAAGGACTGATCGTTCCACCAGATCTGTAACAAATGGCTGTTTGCCAGTACTGGCTTTTAAATACTGTTATGGACAGAGATCTTTCTTTTATGTTTTCACAAAAGCCTGGAATGAGATCCCACAACATCTCAAAACAATACCAACACAGACTTTTTTAAAAATCCCATGCTCGTCATCTGGTGGTCAACTATCGCGCCACTGAGATAGTACCCTGCTTTTTTCTATTTTATATGTTTGGTGATTGTTTGTACTGTGTTGATGGATGAGATGTCTGTTTTTATGTTCTGCAGAGCAGGAACCTGCTTAAAAACACCATTCATGCCCGAGTCAGGCCCGATTATCTTTTAATCTTTTCCTGTTTAAAAATTATAAATAAATAAATAAATTTAGTTTGTAGCAGTAAGGTAAATGTGCATATGTAATTTAATGTTTAATGTAATGTAAACCCATAAAGCTGGGTAGTTCCTTAAGTTTGATAATTAATCTACTATATATAGTTGTAGAATAATATACAGTTAATCCCAAAATTATTCATACCTCTGGGGATCGCAAACAATATCACCTTTGTAATTAAATTAGCATAATAGAGCTAATTATGGGCAGTTGTGATAGGTATGCATAAATCCTCCTTTATATTCATGGCATAGGTCATGTCATGATTACAAAGTTGTCATGTTAGTCTTATGAAGTCCCACATAAAATAGTTACATATTTAGGGAATGTTATCAGTCTGAAAGCAAAGAAAAACCTCTGACACTGTGCTTTAACTTATTTTGTTTTCTTTTTAGCCAACATATTTGGGTCTGTAATTTAACTGAACTTTTTGTTTTGTGCTTTTCAAAG
Seq C2 exon
ATATCGATGAATGCGCATTTAGAAAGCCTTGTCAACATGAGTGCAGAAACACTATAGGAAGCTACCAGTGCACCTGCCCACCAGGATACCAATTATTATCCAATGGACGGACATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079327:ENSDART00000137897:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=38.1),PF126622=cEGF=PU(77.8=13.3)
A:
NA
C2:
PF126622=cEGF=PD(16.7=7.3),PF126622=cEGF=PU(83.3=48.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]