DreINT0078307 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079327 | hmcn2
Description
hemicentin 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9765]
Coordinates
chr8:32754697-32759715:+
Coord C1 exon
chr8:32754697-32754816
Coord A exon
chr8:32754817-32759589
Coord C2 exon
chr8:32759590-32759715
Length
4773 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTCAGG
5' ss Score
4.07
3' ss Seq
TTGCACTTGTTCAAAAACAGATA
3' ss Score
5.31
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTGGATGAGTGTCAAGAATCAGCAGTGTCCCCATGCCAGCAGCAGTGTTTCAATACTCTGGGCTCATTCCGCTGCACCTGCCATCCAGGATATCAGCTAGTGGGGCATCGCTGTCTAG
Seq A exon
GTCAGGTTCATTTTTAAAATTACTTTCAATTTCATAGGTTCATCAGGTCTCATACTTTATTTGTAACTGAAAAGAATAGTATTACATTTGAATAGTCCACCCAAACTGAATTTTCAGTCATCATTTACGCACCATAGGTTCATTTCAAACCTGAATGACGTTCATCATCTATTATTAATAAATTGGTATTATTCTTGTTTAACCAATCATAGACAGCAGGTTAGTGTTGATGGAACACTATCTGAGCCAACATTTCTGAGCACGAGAGCTCCACAGGGCTGTGTTAGCTCACCGGTTTTGTTCACTTTGTATACAGATGCATGTAGACGTTCTTATTCTAATAATTACGTTATTAAAATCTCAGATGATGCTGCCATTTTAGCAGTGGCGTAGCGGATGGGCCCGCAGGGCACGCACCGCAGAGGGGGCCCCGCATGATTAGGGGGCCCCACGTCGTCGCAATTTTCAATAATTGAAATTCCAGGAACCGCAATAATCAAACTCTTGGGAACAACTGTGGTCGGAACCAAAGTTCACAGGTCTGTGCTCTCTGAACTCCTCTCAAGCGGTGGACTACTTCATTCTGATTGCTTGCCACAGAACCACGTCATAGCCAATGAAGACTCGCCGCTGTTTCTCGCCGCCGGTTCTCGTTAAAAAATGAATGACTTTTGGCTACTTTGACGCTCTCGCCGCTTTCAGTTTGTGATCGCTCCTCAGTTTGTGAAGGATTCCCACCCCCGCTCCACCCCGCCTCCTTTCCCCACTCCTCAATTTGTGACATAGATATATACACTAGATATCGCATAGGGACCCTGAGCATGCGTCAATAGCGCCACCACATTGGTACAGTGCTCCCAGGACAAATGTCATTCAACCGCACTAGTCAACACAGTGTTATTACGTAAAGATGCGGGACTTTAGCGCTGTCTACGGGTGTAGTAACGAGCAAACAAAGAAAACAAAGCACAAAGGCAAAACATTTCATAGGTAATATTAAGTTTTTTACGTTTTAGTATGTTCTGAAATTTGTGCTAAACAGGTAGCGTTATTGATGATAATACAGTCACTTACTGCATTCATCATAAGGCAAAGTAGCTCCAATTTGCACTAAACACTCGGCTTATGCTAGTTTTGTTGAATAAAATCAGCAAACAATGCAAAAGAAATATGACAACGAGACGCTGCGCTGCCAGAAACTTGTATTATTGTCGGCTAATGAAGGAGTCATTCATAACGAAGATTTATTCACAAACAAATCGCTCCCTCCGTCAGTATGAGAAGTGAAATCAGGAGAGGAGGTGTGTTTCATACGGTGGCCGGGAAGTGCAAAACAACATTACAAAGTTTGAAACACTTTTACAAAGCTCGAGACAAATTTACATTTTGAAAAGCATTTTTACCTATCATCAGACACAATTACATAGGAAAAAACAATTTTACAAAGGACGAAACAAATTTACATTTTAGAAAACAAATTAACAAGACGCAAAACACTTTTACAAATCCCGAAACAAATTTACAATTACAGATTCCCTACGGAAAGGGAATGTACCACACCCCGGAAGTGACGTAGAATGTACCACACACCGGTAGTGAACCGGAATGTAACACACACTGGAAAATATCAATAATATCCAGCTCGTGTGTGACTTTGTAGACAGGTTTCCACAAGTCTACAGCTTTAAAAATCATGGTTTGACTAACTGCGATAAAATAAATTAGAGCTATTCTGAGAAAATATCAGCGTGAGAGTGCATAGAAACATGTAAATGCAAGTACATGGAAATAATTGAAGCACGGCACATGTTGAGTGATGAGATACCAAAACCGATCTCAACCCGTATATCGGAGTAGCTTAGTTGGATAAATCGGTTGATCCTCGTGAAGAACCTTTTGACTTGGGTTCGAATCCCGTTGATGACATGTCAATTATAATTATTTCATTAGATTAATTTTGGTTTATGCTGTTCTGCCACACAAATATTAAATCAACAATGTTTACACTGACACCAAGTAATAATAATCTTTATTTGGTATGGGCATGTTACTGTGAAAAAGTGACAAATCTGCCAATCTGCAAACGTGGATAGTTTGCACATCTGAAAGGGAGCCTCAGTTAACATGGACACCAGTTAAACCATAATACAGTCTTCCTTCAGTTTACTGTTAAGAGTCCTCAAGCAGAGGTTTACACCGTGTAGACTTGACATCATGTTTACGATTACAGCGTACGAGTGGATCTCGTAAAAATACTGAACGCGTCCTTTATAAACTCTAAACACCGACCACACGCAAAGCAGAACCATGTTAAGCTGCTCATGTGTTTGCCACAAAACGGGCAAAACAACCCTCGAACGCTGTCCATGTTCGGTCACCATAAACTTTGTTTACGCCATGTACTCCACAGCACGAATTTACCACGCTCACCAGCAACAACAACTTTCCCCGTGTCACTACCGGTGTGTGGTACATTCTACGTCACTTCCGGGGTTTGGTACATTCCCTTTTCGCAGGGAATCTGTAATTGTAAATTTGTTTCGGGATTTGTAAAAGTGTTTTGCGTCTTGTTAATTTGTTTTCTAAAATGTAAATTTGTTTCGTCCTTTGTAAAATAGTTTTTCCTATGTAATTGTGTTTGATGATAGGTAAAAATGTTTTTCAAAATGTAAATTTGCCTCGAGCTTTGTAAAAGTGTTTCAAACTTTGCAATGTTGTTTTGCAATTCCCAGCCACCGTTGTTTCAGGACACGGATTAGATCAAATTTAACAGAGAGGGTGAATAGTACATTTCTGTACACACAAACACAAGCTTTTTGTCAGGAATGCCCGTGCGATCAGTGATCCATCAATGTAGAAAAGTGATGTAAAATTATAATTTTCATAATTAAAAAAAAAAATTGCATACTAACATCCAGGAAAACTCCCGATCATAGATATATGTGTATAGAGATTGGAAGATTTGCGAGTTGGTCTAATGATAACCTTCTAGCTTTGAATGTCAGTAAGTTAAAAGAGATGGTGTTTGACCCTAGATGATCATAGGCCTGACTATCAATAATTAAACCATCAAACTCTTCTTTGATTATTCACTGAAATGGAACATACATGTAGAAAATCTCTGCCAGAAGCTTCAGCAATGACTGAATTTCCTACGACGTCTGAGAATTCATGGAGTGGATCAAAAACGTATGATCATATTTTATCAGACTGTTTTCAAGAGCTTAATGTCTGGTTTGGCAACTTGTCTGTGCAGCTGCCAACTAAAGTAGTCCATTTGATTCACAATGCTTGGATAATTATGGGTGTATCAAAACAGATGTCCCTGCAGCATGCAGTTGAAGTCATAATTATTTGCCTATTAATTATTTAAGCTGTATAAAAGTGTCCTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATCTACTGTCATCATGGCAAAGATCAAATAAATCAGTTATTAAAAATGAGTTATTAAAACTTTTATGATTAGAAATGTGTTAAAAAAATCTTTTGTCCATTAAACAAAAATTAAGAAAAAATAAACGGGGGCTAATAATTTAGGGGGCCTAATAATTCTGACTTTACACACATTAAGACATGCTAAACAAATCATCTGTGACTTCACATGTTCTGCGTAATGAGTATGAGTTGTTACCTTCAAGAAAAAGGTTTAGAGTACCTTGCTGTAGATTAAACAGATATAAAAACTCTTTTATCCGGTGAGCGTTAAGCTAATAAATAGTGGTGGCTTAGGCTGTGAATATCTTTGTTTTTATTTATTTATGTGTATGTATGAAGGTGGGTATGCAACTTTTTGGGGGTGGGGGTATAGATATACCCATTTATTTGCCCAAGACAAATTTCCCTACACTCTCAGAAATAAAGGTACAGGAGCTGTCACTGGGGCTGTGCCTTTTTAAAAGATACATATTTGTTCCCAAAGAGTCCACAATGGTCCCTCAAAAGTGCATATTAGTACCCAAATGTACACAAAAAGTACCTTTGATGTACCTTTATGGACCCTTCAGGTACAAATATGTACATTTTGAAAAGGTATGGTCCCAGAGACAGCTCCTGTACCTTTATTTCTGAGTGTGTAACTGAGAAAATAAAGTTTTTCCTTACCCATCCTTAGATATGATAGAATCTGAGAGCAAAAAAACATTGAAGCTCCAGTGACTACTCTATTTTTTTTTTAAATATTAAGACAATGGCCTTTACATTTTTTTTTCAAATTAGGTTATTTGTATTGAATATTATTAATCAGAAATTTGGTTTTGATATATTTACACTAGCAAATGTACACAACATCTTCAGGGAAGCAAAATCTACAAATTTGACCAATACAATCAATTTTTTGCTGTTACCAAAAACATACATGTGCAACATAAGACTGGTTTTGTTGTCCTGGTTCACGTATAGTCTTTAGAATTGTTTATGTGTAAATTTAAACACAAATAAAACTGAACTTTAATTAAATTTTAGATTTTCACTTTCCTCAAAGGCTTTAAAGAATTTTTTTTTTATGAAAATCACAACCAGATTCAAAGTGAGCTTCATTCGTCAAATATCCGCAAACACCAGGTGTAAAATAAAAAGTAAAAATATGACAATTTATGCATCTAGTTGTTTTTTATTATTATTAAAAAACAGGATTCAACTGATAACATAAAGTTCTACATTAGCATGCAATACGCAGAGATGCATTGGTTTTGGATGACTAAATCAATATCATAGCTTGGATTTTACTTACATGATTTGCACTTGTTCAAAAACAG
Seq C2 exon
ATATAAATGAGTGTTTGAGGAATGTGTGTCCAGCACACCAGCAGTGCCGAAACACAGATGGAGGATATCAGTGTTTTGACAGCTGTCCGGCTGGCATGACTGCAGCAGAAAATGGAGTGTGTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079327:ENSDART00000137897:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.1),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.3),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]