DreINT0081274 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105177 | ilf3b
Description
interleukin enhancer binding factor 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-587]
Coordinates
chr3:13716566-13724260:+
Coord C1 exon
chr3:13716566-13716610
Coord A exon
chr3:13716611-13723888
Coord C2 exon
chr3:13723889-13724260
Length
7278 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
CATGTACTATTCCTCTTCAGATT
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATATGGGACGTATGGATATGGTGGCAATAACTCTGGCTACA
Seq A exon
GTAAGTATTTTCCTGTTTTTCACCAGGGCATTAGAATTTGCTCATGCTTTTAATTTATTATGCTTCTTAATTTATAATTAATGTTTAGTTTTTAACTACATGGCTTATCCATAACTTAAGTTAGGAAGGAGTTTTATGCACTTTAAACTGGGTCTCTATCAATAAGTGCTAAGGTTATTTTCGGATGTTGTATATGTGCCTGTGCTCTATCGTGTTTTCCTTTTGATTTTACATTTCTCTGCTTTGTTGTGCCATGGGACGCAAACTTTCCTCGGCGAAAAACGTGAAATTTTCCCAACATGCCAACGCCACTTTCTGAGGAAAGACCTTCTTGAGGGTGACCGGAGCAGAGAAATCTAAAAAAAAATAAAAAAATAAAAATTCTCCCAGAGAAAGCTGTCTTTGCCCTTGATGATAACTGATTTCGACATTGGCTCATGCTGGTGACCTTTGTCATGGCATGTCTAACACAGAAGACGTCTAATTCTGTGCTTCTCTGCTCTGTCTCACCCTTTAGGTGACTTTGTCTCAGACTCCTATGGCTACCACGAGTTTGCGACATAAACCGTCCAATGTTTTCAATGCGCACGCAAACGTGACACGAAAAAAATAGAGGCAAAGAAAAACAAAACGAAAACCAAACAAAAAAAAAAACACTGGTTACCTGCATAATGAACTTGTTACCTAGTGACGCATCACCCACAATCTCACCTCAAAAACCCTGCGGTCGGCAAACACTGCGGATGTGAACAGGAGTCAATCAAGAAAAAGAAGACGTTGAGACTATGTTTGTGCCGTGATCGGCTCATTTGAGCAGTCTGATGAGTGGATGAAAGAGTAGCAGACTGGCATTTTTCATCATTTCATACTGTATCTTCCCTGCAGCTCAAATCACTGTACAAGCCATCTATTGCCTATGATTAAGTAGTCTTTCCTGGACAAATAAAAGTCCCTGATGGGTGTTTTTTTTAATTAAGTCACTTCCATACATTGCCATGTTTTTACTGTTTTATTTATTTTTCTTTCTTTAATTGTGGTGAATGCCATTTCTTTGTGAAGAACGAGGCGCAGATTTTTAACATCAGAATATTGTCAATTCTGTGAACTAATGCATAAATGGGGTATATTTGCTGCATTTTCATTTTTAACTTTGATGATTGTGGATTTTTTTTTTTTTTACAATAAATTCGAGTTACTTCACAAGTCTGAGATCTTTTTAAAGTTGTTGTTCCTTGTAAAACAAGTGCATATGTTTGGCATTATCAACTATAAGGTATGCCTTTGCTATGCGTGTTTGAGACATTTTTGCTATTATTAAAGGTAGTGAATTTCTTCAATTGAACAAACATCAAAATATTCTGAAGAATGCTGAAACAAAGCAGCCACCAACATCCATAGGGCTTGGTGATAATAAAATCTGTATTTATTGACAACACTTTTGTCAATATTTATGTGTGTGTGTGTGTGAGTGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGGTGTCAAAATTAATAATTTCTTCAGTGCATTGCGATGCAGATGCGGACAATTCGGTATCGGTTCAGTAATAATCATAACCGGTTATTACTGACGTCATTTACCTCATATACGCTCTGTCGCGAGGGAGGCGATCGCGAGTATTTACAACGCTTTAACTACTTAAAACTCATAAACTGTGCACAATTTCACTGTGTGTGTTTGCTGGATCAGTCTTTCACTGACATACAACAATAGCCCCTATTTCACTGAGATCGAGAGAATGAAAGTAGCCTACTCCATTTCTCTCGCTTTCGCTCTGTCTCTCTCTCTTTCTCACACACACAAACACACACCCAGTGGCCCATTTGACCTGCTGGGGTGGCTTTTCTTCTCCTCTCGGCTGTTTTACAGCATTACGTTTGGATACAGAAAGGAGCGCGTGTCTGCAGAGTTTTCTCCACCGTGTCTATCATGCATCAGATGTGAGATCGCCCCTGCCGCTTATCAGTGTCACTTATCTGAAGAGCCAATAGCGACCGTTTTTGTTGAGGGTGTGACCAATCAAAGAGGTGTAAGAGAACTTGACAAGGATCAGAAATTGAGCTGGATGTTTATATTTGTTTATATTATTTGCTTAATGCTCGTTTTGTTTAAAGTTACAGTTTGTATATCTGACTGTTTGTATTAAACGACAAAATTGTATTACAATTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCATAAATTAATACAAGAACTGCTGCTGTAAAGAAAATATAAAACTGTGTATGAAAAGCACCGTCAATGCACCGTGATGCACCGAAATATCGTATTGAACCGAATCGATGGCATGATAATCGTAACCGAACTGAACCGTGAGATCACAGCTCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTTTTAATAAAATGTGGCTGCTAAGTGTGCCCCTTGGAAGCAATGCCAGTAAGCTTAGGGTGCAAGTTTGTCATTTCCAATGAAGGCGCATGAGTCACGGCATGCTCACACTATGCTATCCGAACCGTGGCCAGGCGAGTTTCCCGGTTCGGTTAAGAAGTGCGAGTGCTCCAAATCGGGCGCAGTTCAGTTGGCCGGCCCTGGACAAGATGCAACTTTTAGGGGACTGTTTGTGGATTTCTTAATCATTCATAATTTCAAAGAACTCAAACTGTCGTAGATTATTAGAGGTAAATCCTCACTTCGCGTCAGCTGCATCTTCAGCAAACCTCCTAATGTGTGCAGCATGAGGACGTTTATGATGATTTATGAGCGTCAAACGTGGTGGATCTGTTCGGCAACATATTTCACTGCTCGTCACTGCATCCCAAATGAAAAAAAAAAAAAAACACAAAGTTATTACCTAAAGCAATGTCCACTGTGCTGAGCAAGAACACTTCTCTTCCTGTTTAGCTGAACAGTCACATCAGTGTTTTGTCAGTGAGTTGTGGCGGCAGGGCTTTTTTACACAGATCTACCAACTACCTGTGGGGTTATTTCAATAACATGTCGTGAGCGCAGTATTACAAGTCGAGATCGCATTTATGTAATAGCCTACAAGCATGTGTATCGCCCTCAAATATACGCAGCTCAAGCACAGATCTTCTTGTGCGCTCACATAAACGCTGCTGAAGTGCAATTTAGTGCGTTTATGTAGCGAGTATGTCTCCAACATTTATTAGATTTGCTAGGATTATTTATGAATGTTTCTATTAGACCTACAGAGCGGTATTAATATGCCTCAAGGTAAAGTGAACAGGCTGTTTGTCGTGTTTGCTGGCTTCACACATCACACACCTGTCAGTCAGTCAGCAACACTTAAAAGGTTTGTGCTGTTATAATTTACTTACCTTTTAATAAGTTTTGGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTCTTACCCGCTATTTAAAAAAAAAAAGGGACTGAATGGTTAGAATGAAAAGCTCCAATGTAGTTGTGGAGGGATCAATTTTGGTTTGGCGCCCTTCCATGTATTGTAGCGGAAACCGTGGTCATATCATTGACCCAAGCGTGCTCCGGTTCAGTAGGTAAAAATGCAATATGAGTGCAGGCTGAGGGGGAGAGGGCAATCGCACTTTGGCACAGTTTAAGGCAACAGTACCTAATGCGAGTATGTCCCTTGCATGACGCACACATGGTAGGGATGCACATGTTGCCGTGTGTGCATTTTTCAGGCACACTCAGTTGAAAACATCTGAACTTTTCTGAATCCCGCGAGCGCACTGCAGTTCATGCAAGTAGAACTAATGCAGAGTTCACACTGCATGATTTTGAAAGTAGTCGCAGATATTTTTATATACTGCACGACTATTACGGGTAGCGTTCCGTCGGTGCTTTGTTTACACTGCAAGTTGGATCGGCGACAAGGGGGTTCCCTCTTCATGACTTTACAATAGGAAGAATCGCAGTTTGTCCAAACTTTCTCACAACCAAACACACGAGAAGTGACATAGGAACACATATTATATCTTTTGTTAACCACATAACGAGAAAGAAGCCTTTAGTCTGGTAGAAAATCTACTTATTTTGCTCACCTGGCTTTTGAAGAGAATTAGCAATTTCTCAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCGTTTCGACCCAGTTGTTATTACTCGGGTGACACGGGTGCTCCTGCCAAATTTACACTAGTTTTTCCTCCATTTCTCGGGTCCAAATAAACTAAAAATGAGCGCTTTTAACGTCTCCCTCAACCTCCCGCTGGCCTGCATATACCCACACTAGTGGATGCTGCTCTCTCATTGGTTTTGGTGATCGCCTATGTTATTATCAGTCAGAGCACATTTCACATGGCATGATTTGAATCGCTGATAGCTCCAGATATTTAACATGCCAAATATCTCACTGGTGTGAGCGACTCATCTGCGATCCTCTCAGATCATGTCCTTGATAGTTCACACTGTGTGATTGTTACTGATGTGAACGAGCACCGATTTGCCCATGATTTCAGGCATTTGCTCATGCTCATTGTCTCCTCTCCACCAATCAGCTGGTTTGCGGTCTGGCGCAAAATGGCTGCCGTCGCGTCATCCAGGTGGATGCTGCACACTGGGGGTGGATGAGGAGATTCACCCCTATGTGTAAAGCACTTTGAGTGACCACAAAAGCGCTATATAAATGTAAGGAATTATTATTTGTCTGCGATTTTTCTCAAAACGTGTTTGCGAGTCAAAATCTGAGCTAAAATCATGCTTCACACTTTGTATGGAATATACACATTACAGTAATTCTGGAAGACTAATTACCTCAGACAAACACGGCACACTCAAACACTGCAGTGCTTACTTTTCTCCATAAACTTGTATTAGAGCTGCAGCAATGGTTTGTCTATAG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Seq C2 exon
ATTTCTATAATAATGGTGGCTCTAATGGCGGATCTGTGGCCTCAAATCAAGGCACAAACCAGTCTTCAGGTGGAGCGGCTGCGACTGGCGGATTCGGCTCATACTATCAGAGCGACAACAGCTACACTTCCCCTGCCCCAACCCCTAAACCTGTAGGCAAAAAGCCACCCATGCACCAAAACACCAAGCCTCAGGCCCCCGGAGTGGGCCAGGGTGGCTCCTACGGTCAGTACAATCAAGGCTACGGGCAGAAGAAGAACTTCGGTCAGGCTCAAGGTGGTGGTGGAGCAGCTGCTGGTGGTGGAGGAAACTTCAATTACAGCACTGCTTATCCCTCACAGGTGACCGGAGGACAGGAGTACAACTATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105177:ENSDART00000162317:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.128 A=NA C2=0.972
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]