DreINT0083333 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012942 | itgb5
Description
integrin, beta 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6022]
Coordinates
chr9:22886703-22896660:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
chr9:22886838-22896218
Coord C2 exon
chr9:22896219-22896660
Length
9381 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTTAGT
5' ss Score
-3.84
3' ss Seq
GTCTCATGTCCTTCTTGCAGGTC
3' ss Score
12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012942:ENSDART00000138148:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PD(9.5=28.5),PF126612=hEGF=WD(100=9.0),PF079748=EGF_2=PU(32.3=6.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]