DreINT0084785 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000029881 | kcnh2a
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-699]
Coordinates
chr2:24451576-24498725:+
Coord C1 exon
chr2:24451576-24451787
Coord A exon
chr2:24451788-24498302
Coord C2 exon
chr2:24498303-24498725
Length
46515 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
TGAAGTCTTTTCCTCCTCAGGTT
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000029881:ENSDART00000024058:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.183 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=36.9),PF0052026=Ion_trans=PU(30.3=45.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]