GgaINT1015895 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000027043 | KCNH2
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6251]
Coordinates
chr2:326977-331082:+
Coord C1 exon
chr2:326977-327021
Coord A exon
chr2:327022-330656
Coord C2 exon
chr2:330657-331082
Length
3635 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGT
5' ss Score
10.49
3' ss Seq
AGCCGCTGCTGCCCGGCCAGGTG
3' ss Score
5.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCGGGCACGGCTGTGCCGGGCAACGCACCGCAGCTCAACGCG
Seq A exon
GTGAGTACGGCACGGTGTGCGGCCATCGCCACGGCTGGGATGGGTGTGCGGGTGGTGCCGACATCGTTGGGTGTTGTGTTGGCTCTTGGCGTTGTGCCGGCGTTGGGGGCAGTGCCGATGTTGGGTGCAGTGCTGATGTTGGATGTCTATGCTGGCATTGGATGCAGTGCTGGTGTTGGATGTCTGTGCTGATGTTGGGTGCTGTTCCAGTGTTGGGTGCTGTGCTGGCGTTGGATGTCTGTGCTGGTGTTGGGTGCTGTGCCGATGTTGGGTGCTGTGTTGGTGTTGGATGTCCATGCTGGTGTTGGGTACAGCACTGATATGGAGTGTCTGTTCCGATGTTGGGTGCAGTGCTGGCGTTGGATGTCTGTGCTGATGTTGGGTGCTGTTCCAGTGTTGGGTGCAGTGCTGGCATTGGATGTCTGTGCTGGCGTTGGGTACAGCACTGATATGGAGTGTCTGTGCTGATGTTGGGTGCAGTGCTGTCATTGGGTGCTGTGCTGATGTTGAGTGCAGTGCTGGCATTGGATGTCTACGCTGGCATTGGGTGCAGTGCCGATGTTGGATGTCTGTGCTGATGTTGGGTGCTGTTCCAGTGTTGGGTGCAGTGCTGGCGTTGGATGTCCACGCTGGTGTTGGGTACAGCACTGATATGGAGTGTCTGTGCTGATGTTGGGTGCTGTGCCGATGTTGGGTGCAGTGCTGATGTTGGATGTCTATGCTGGCATTGAGTGCAGTGCTGATGTTGGGTGCAGTGCTGGCATTGGATGTCTGTGCTGGCATTGGGTGCAGTGCCGATGTTGGGTGCAGTGCTGGCGTTGGATGTCCATGCTGGCGTTGGGTACAGCACTGATATGGAGTGTCTGTGCTGATGTTGGGTGCTGTGCTGTCATTGGGTGTTGGGTGCCATCGTCCCCGCAGAGCTGTCTGTTCTGCTGTCCGGCGTTGCTGACAGCGCAGAGCATCCCGCAGTGCCCGGTCGGTGTCTTGTGCTGTGGCCGTGAGAGGGCATTTGGGAAGCAGTGTGTGGTGTTGTGGTTGTGAGAGGGCATTTGGGGACCACGGACACCGATGGTCCCTGTGGGCGTTTGAGTGCCACCGCGGCTGGGGATCTGTGCATGCATTGGGTCCCGTGGGGGTCCACGGGGCAGTGGGGGTCCGTGGGGCAGCGTGGGGCCGTGCTGCGCTGCCGGAGGCGCCGCGGGCAGCTCATTGCTGTCCCTGCAGGAGCCGCCCGGCCTGGAGGGGCTGCGTGCCGGGGTTGCTGCGTCGGGTGCCGGTGGTTGTCCGGGGGTGCCGCTGCCGACACCGCTCAGCTGCGGGCTCTGCACGTCCGGCCCCGGAGCTCAGGGAGGCCGCGCGTCCGCCCTCTCCCACTGTCGGGCGCTGCGCGTTGCGTCCCCGCGGGCGACGGTGTCAGCGCGGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACCACACGCAGATGCCCCGCGGGATGCAATTGCATGCAGCCCCCCCAGCCCCATTTCCGTGGGGCCCAACCGGCAGCGCCGGGGGTGGTGCTGGGGAAGGGGGGGCGGGGGGGCTTTCAGCAGGCAGGAACATACCAAGATGAGGGCTCCCTTCCATCCCCCTGCACCCTGCTGTGCTCCGATGCACTCCATTGCACCCAACGCATCTTTCTGCACCCAGCTGCACCTCATTGCTCTCCACTGAGCCTCCCTGCACACCACTGCATGCTCTCAGCACGCATCCCTTTGCATCCCATTGCATCCCATTACATCCCATTGCATCCCATTACATCCCATTGCATCCTGTTCCATCTCTTTGCACCCCATTGCATCCCATTTCATCGTGCAACCTATTCCATCCCATTACATCCAGCTGCATCCCATTGCATCCTGTTACATCCCATTTCACCTGTATTGCATCCCATTGCATCCCATTACATCCCACTGCAACCCATTCCGTCCATCCGCATCCTGTTTCATCCCATTATGTCCCGTTTCATCCCATTGCATCCCATTGGATCCCACTCCATCCTGTTACATCCCACTGCATCCCACCACAGTGGGGAGGGGGTTCCAGCCAGCACAGCCCGTGGGTCGGGGTTCTGCCTCACGGGACAGGCGCTGAGCCGCTGCTGCCCGGCCAG
Seq C2 exon
GTGCTGTCCCTGGGTGCCGACGTCCTCCCCGAGTACAAGCTGCAGGCACCGCGCATCCACAAATGGACCATCCTGCACTACAGCCCCTTCAAGGCGGTGTGGGACTGGCTCATCCTGCTGCTGGTCATCTACACCGCCATCTTCACACCCTACTCGGCCGCCTTCCTGCTCAACGACCAGGAGGAGGCCCAGCGGCACAACTGTGGCTACTCCTGCAGCCCCCTCAATGTGGTGGACCTCATCGTGGACATCATGTTCATCATCGACATCCTCATCAACTTCCGCACCACCTACGTCAACTCCAACGAGGAGGTGGTGAGCCACCCCGCCAAGATCGCCATCCACTACTTCAAGGGCTGGTTCCTCATCGACATGGTGGCCGCCATCCCCTTCGATCTGCTCATCTTCGGCTCCGGCTCTGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000027043:ENSGALT00000045642:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=36.6),PF0052026=Ion_trans=PU(31.6=45.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]