DreINT0084791 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069560 | kcnh3
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-23]
Coordinates
chr9:28109753-28130039:-
Coord C1 exon
chr9:28129790-28130039
Coord A exon
chr9:28109968-28129789
Coord C2 exon
chr9:28109753-28109967
Length
19822 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
TTTATGCTTTTATCAAACAGGAA
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAAGGGGATCTGATTGGATCGGATTCGCTAACAAAAGAGCAGGTGATCAAGACTAACGCAAACGTGAAAGCACTGACGTATTGTGACCTGCAGTACATCAGCCTGAAAGGACTGCGAGAAGTGCTGCGCCTCTATCCTGAATACGCCCAGAAATTTGTCAGTGAAATTCAGCATGATCTCACCTATAACCTGCGGGAGGGCAGCGGAGCTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069560:ENSDART00000146284:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.6)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=65.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]