DreINT0086512 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103394 | kif5bb
Description
kinesin family member 5B, b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070629-4]
Coordinates
chr12:41046832-41052834:+
Coord C1 exon
chr12:41046832-41046941
Coord A exon
chr12:41046942-41052732
Coord C2 exon
chr12:41052733-41052834
Length
5791 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGAGTAAGA
5' ss Score
4.36
3' ss Seq
TCTCTCTCTCTTTTTTTTAGTCA
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCAGTCGAGCAGCAGATCCAGAACCACAGAGAAGCTCATCAGAAACAGCTGAGCAGCCTGAGAGACGAGCTGGAGACCAAGGAGAAGCTCATCACTGAACTGCAGGA
Seq A exon
GTAAGACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCAAACTTGTATCCATGGTTTACAGGAACACTCTATAGGTGTAATGTATTTTATAATGTAGTAACCACTTTAATAGAGTACAACTAGGTCATACCCATGTCATTATGCAACTTTTTCCTGTAAACCCAGGAGTAAGACACTCAGGCCCAATCCCAATTCTATTTTTGTTCCCGTTCCCCTTTTCCCTTACAAGGGGAAGGGCTTCAAAATGTACCCCTAAGAATTGGGACAGCACTACTGTACCTGCACATCTCATCATATGTCCTCGCGATTTCTTGCTTTATATGAGATCAGACGATCGCGACTGCTGGAGTGATTCCAGTTGTGCTATTTTTTGGTATTTATCTTTAGGAAATAATTGAAGGCATATATTATGTTATCATAACGATCTAATGTGGCAATTAGATTGTAATACTGTACATTTAACACAGTGGCCATAGTATACTCATCATTGTAAACACAAAAACAGCATTAACATTATAGCAGACATTGTAAAAAGCTCATTGATGGCCACTAGACTTTTCTCACAGGGTATTCCAGTGTCATTGAGTGTGAGAATGTTGTGGGACTGCTGTACAGGAGTTATGATTAGGGATTATAGATCACGAATAGATTGTGAAATTTAGTGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTAAAGCATGACGGTAAAACATGAACGCGGTTATAAATATATTAAAACGTATGTTTGTTTGTTGTAAAAATTCGTAATAATGACAAAAAATACTAATTTGTGGATCTTTTTCCGGGTGCAGCTGTTGCCGGGGTATTCTGGGAATTTTTTCTTACTCCTTGGTTTTAAGTGTGGTCCTGAAAAGTCTTCGTTTGAAGGGGTGTATACCCCTTGCCCTTAGCCCTACACCTTCAAGCTAAAGAGAATTGGGATACCACTACCACTTCACGGGCATGCGCAAAACAAGGAAGGGCTAAGGGGTAGAATTGGGATTGGGACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACACACTTACTCACTCACTCACTCACTCACTCACACTTGTATACATGGTTACAGGAACACTTCATAGGCGTAATGCACTTTAGTAAGGTGGTTTCTACTTTATAAAATACAGTTAGGTCATACCCATGTCATTATGCATTTTCTTGTCCTTTTAAACCACATAAACATGTTCTCACACACACTCAAACTTGTTTACATGGTTTACAGGAATACTCCATAGGCATAATATGTAATTTATAAAGTAAAAAGCACCTTGTAAATCACCTTAATAGAATACATCTAGCTTGTACCAACCACATATAAGTATACAACCACACACTGAGACTTGTTTACATGGTTTGCAGGAACACTCCATAGTATTTTATAAAGTAGAAACCACCTTAATAGAGTCTAAACTAGGTCATATCCATGTTACTGAACAACTTCTTGTCCTGGTAAACCACATAACCATGAAGACTAACACACACTCAGACTTGTATACATGGTTTAAAGGAACACTCCATTGGCGTAATAAAGGAAAAACCACCTTGCAGTCCATCTTGATAGAGTACAGCTAGTGCATACCAATGCCATTAGACAACTTTGGGTCCCTCTAAACCACATAAACATGTACATACATGCACACTTGTATACATGGTTTACAAGAAAGCTCTATAAGCCTCCTTTTTACTGCACATGACAAACGACAGACCGGAAGTCGTTCATTTCCAATGGAGAGCAGTCCGGGAGTTGCGTTGAGTTCAGATCATCGCCGTATGCAGAAAATTCAGATCCGAATTGAGTTGCAGATCCGTTAAAATATTTTAACTCCTGCGACTCGAGTGTATGTGACCGGCTGACCGGATGTGATGTATTCCAGTGTTTTCCAAGCAGATCCGTGCACGCGAGATGAGAAATAGTAGTTTATTTGGTAATTTTTTTTATTATAAAAAGTCTATATTAAAAAAAAACTTTTCTGTTCAAAAATGTAAGTAAGAAAGTAATAAAAATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTAATTTATTAGACCACTTGTTTTTTTCCCCCCAATTTCTGTTTAGCGGAGAGAAGATTTTTTCAGCACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAATTAATTTTTAATAACTGATTTATTTTATCTAGACCATGATAACTGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACAATTCTGTACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAAGTTAACTAGGCAGGTTAGGGGAATTAGGCAAGTTATTGTATAACGTTGGTTTGTTCTGTAGATTATTGAGAAAAAATATAACTTAAAGGGGCTAATAATTTTCTCCCTAAAATGGTTCATAAAAAATTCAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAACAAATAAGACTTTCTCGAGAAAAAAAAAATATTATCAGACACACTGTAAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGAAAATGTTTAAAAAAGAAAAAAAATCGAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCATCTGTATATTTTTAACGTTGTCTCCACATTCCCTCCAATATTTTAGGAGTCTATGAGTTTCTAGTATTCATTCATCCATTAAACTATGTAAACGCACAGAGAACAACGACCCTTGCTTTTGCACTCCTTTATTTCGGACACCGTGAGAATCAGCTTTTCCCCCGTGGTGCACGACAACACTGAAAATACTGTGCGGCTGCCACAAGGGGGCGTATTCCGACAGTCGTGTCCAAATGTTGTGTGCAGTGGAAAGGCGGCTTAGGCTTGTCTAATGTATTTTAATAAAGTAGAAACCGCCTTAATAGAGTACAACTAGGTCATACTCATGTCATTATGCAACTTCTTGTCCTTGTAAACCACATTACCATGGACAGACCACTCAAACACATTCAGAGTTGTATAGATGTTTTTTTTTATAAATTATAAACCACCTCAATAGAGTACAACTAGGTCATACTCAAATCGTTATATAACTTGTCCTTGTATACCACATGAACATGTAACCACACACACACATCTACAGATGGCTGTACAATAGATACATTTAATGTGGCGATGCATTTCAATACATCCCTCAAAATGGTCTATATCAGTGGATCTCAAACTTTTTTCACTAAGTACCACCTCAACAAAAAAAAAAGTCACTCCAAGTACCACCATAATGAGCAAAATTGAAAAACAGTAGGCCTAGTATAGAAGATATAGCACTGCACAGTTCAAAAAACAGGCAGATTAATTTCTATTATTAAGAATATTTCTTATTATCAGCCACTTTAAACATTATAAATAGTTTAAACATCAACACTGTACTGTGCTCATATGCAAAAAATAAACAAACAAAATAAAACGTTAACATTTAAATTGATATGTGCTTTTAAAAGTCCATTAAAAAGGGTAGGCTACTGTTCTTAACAAGTAAAAATATAGTAGCCTATTCATCAAAACCTGGAAATGTTGCTTGGACCTCATAAATATAGGCTATATGTCATCACGTTGATAGGGCTGTGCAATTAATCGAAAATCCGATTTCGATTTTAGCTTCAAACTATAATGAAAAAGCATTAATTGAGATAAACGATTATTGCATCATATACTGCCCCCCTTCCAGCTGTTGCTCCTAAAAGCGCGAAAGACCGCGTGCTTATGTGTGTGCGGCAAGCGCACACAGCCAAAAGCATGCGGCCAGGTCAGCATTCGCACACTGAAGCTGGAATTATACTTGCGCCTGGCGCCGCATCGCGCGCCTTCGCTGACCGCGCGTGCACCTCGCGAAACGGACGAGGCGCAGACATCTAAAGTCATCTTAATGTGAGCGCTTTAATGGTCAAATAGGTGTCAAAACGCAGTGTTTAGTGATTATTCATAATAACCCTCATTTGTGTAATAAACAAACGAGTTACGAGTTGAGGATCAAAAGACACGTGAAAGAGAAACCATCAAAGAGACAGCGCGCAATGTTGTTTTTATCATTAATCAAACAAAACGAGAAAATCCCTCTGCTCTTGACTGAAGGATTTTTGTAGCTAAAGTTTTATTCTTACAGTAAAAATGCTTAAAGCACAGCTTGTTTCATATTTTTATTCTATTGTATTTTTTTCCTTTGCAGGGAGGAAAATAACTGTATGTATACATTGAAGTCAGAACTATTAGCCCTCCTGAATATTAGCAATCTTTTTCCTGCCCAATTTCTGTTTAATGGAAAAAGTTTTTTTTTACTTATTTCTGAACATAATAGTTTTGATATATCATTTCTGATTACTGATTTCTTTTATCTTTGCTATGATGACAGTACATAATATTTTTTTAGATATTTTTCTAAATACAAGCATTCAGATTAAAGTGCAATTCAAAGACTTAATAAGGGTAATAAAGCAGTTCATTGTTTCTTCTGCAGACAGTCAAAAAATATATTGCTTAAGGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATGGGTTTCAAAATATTTAAACCTGCTTTTATTCTAGCTAAAATAAAACAAATAAGCCTAGAAGAAAAAATATTATAGGAAATACTGTTAAAATTCCTTGCTCTGTTAAACATTATTTGGGAAATATTTATTTTAAAAAAACATATTCCCATGAGCGCTAATAATTTTGACTTAAACAGTAATCATTTTAAATAATCGTGATTACAATTATGACCAAAATAATCGTGATTTATGATTTTTCCCAAAATCGAGCAGCCCTACACGTTGATATACAAATAATTTTTTGAACTTTATGTAGCATGTACAATATTACATATTTGATTCCTCCGCGTACCACTAGACGGAAGCTCACAAATCACTAGTTGAACAGGTACCACAGTTTGAGAACCACTGGCCTACATGTTGAAATATGACTAATGGCCTATTAGGAATGCACAAGTATGCAATCACTTGAATTGGGATATGCAGATGTAAATTTACTTACA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Seq C2 exon
TCAAAACCAGAAGATCATTTTGGAGCAGGAGCGCTTGAAGGTGGAGCATGAAAAACTCAAATCCACTGACCAGGAGAAGAGCCGCAAACTGCACGAGCTCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103394:ENSDART00000170976:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.757 A=NA C2=0.543
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]