DreINT0089820 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006639 | lnpb
Description
limb and neural patterns b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9455]
Coordinates
chr6:10613748-10618614:-
Coord C1 exon
chr6:10618402-10618614
Coord A exon
chr6:10613854-10618401
Coord C2 exon
chr6:10613748-10613853
Length
4548 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGG
5' ss Score
5.63
3' ss Seq
ATATCAATTGATTATTACAGGTA
3' ss Score
6.58
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCTACGGCAGAGGCATATTGCCATGGCTACTCCAGGCCCAGTACTCGGCCCTATGTCTCCGGGAACCACACCTCTCCGTACCGCCCCAGGAGGACCTCCAGAGAAAGGGTTAGCTGGGTCTGCATCCACCCCTGCTGGAGCCAGTCAAGCAGAAACACCACAACAAATGATGAGAAGAAGCATGAATCCATATTCTCCAGGACCTGGATCAG
Seq A exon
GTTTGGTGCTCTCATTATTGTGGTATATACTTTATATGGATCCTTAAAGGTCCCATGAAATTAAAATAAAGCATTATTCGCATTGTTCGTTTTTAGGATATCTATAAGCTAATGTGCTCTATAACAGTGACAACATTCATGTTTAGAAGATAAAAATCTGATATAAACATGTAAAGCTTGTAGTTTGTCACCTCTGCCTAAATGGATCAGCGGTTTTATTCACATCACCTCATAGTTCAGTTTCTCACCAAATTGTAATCAAAAGCTCTCTAATGCAGTGTTTCTCAACCATGTTCTTGGAGGCCCACCAACACTGCATGTTTTGGATGTCTCCTTAGTCTGTCACACCAATCAAAGGTTTTTTTAATCTCTGGCAGTTTTTTAAAAAAGGGGAGGAGCTACACTATGTCCCACCCTCTCTTCATATTTCAGTTGGATTATATCAAACATTAAATAAAAATGCACATTTCGGTGCACTTAACGGGGCTCTTAAGCCTGGTTTATACTTCTGCGTAGCTGTATATTTATACTTCTGCGCGCTGTCTCTGTTGGTCTGCATTAACACTTCATCCGGAGCTCCTTCACGGGACTTCATACATGTAAACAATCGCTCCAGCGGGCGCACGCCGCGTGCGGCTCTCGGTCCCGCCCTGACTCGTCAGTGCCACCAAGGCGACCAATCACAGAGCTTGCGCTACGCGTTGTTGTGACGTGTAGTTACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGCGACGCCGACATTTACTAACATTTATTAACTATGTAAAACATAGTAATAAAATTTGTAGCTATATTGCTATTACATTGTTATAACATTGTAGTTGCAACTATGGTAGTATTGGAAATGTTTTTGTATATTTCATGTACAGTATTTGTGTTAGTTATATACACTGTACACTAAATATGTGATTACAAACTTATCTTGGATGTAATTACAATATCGTTACATTGTAAGATAATATTTATATTTACTATGTAATAAAATTGTAATTACATTGTTAAAGCAATGTAATAACAGCAATGTTATTTAATAACATAATTACTATTGTATAACTTTGTAACTACTATGTAATAACATTGTAATAACATCCAAAAATAATATTTAAAATGTTTCTGTGTATATTGCATGTACAGTATTTGTGAATTTATATGTAAATATACACAGTACATATGTAATTAGTCTTTTATTCAGGGTGTAATTACATTTTCTGTACAGTATAAATTCTGTGTAACATCATTGTAATTACATAGTTAAAGCACTGTAAAAAACATTATAATTACTATGTAATAACATTGTACTTACTCTGTAATGACTTAGTAAGAACCTTGTAATAGATATTGTAGATCTGCCTATGGTAGTATTAGAAAGTGTTGTAATTACATTGTTACATCCAAGGTGATATTCATAAATGAAAATCTTTCTTTTCATATTGCATGTATAGTACTTGGTTATTTGTAGTTGTTTACTTAATATACACAGAACACGTAATTAGAAACTTAATTACTACGTCGTTGCATTGTAATTACATCCAAGATCATATTTATAAACTTAAATGGTTCTTTTTATATTGCATGTACAGTACTTATGTATTTATACGTAAATATACACAGTACACATGTAATTACAATCTTTTATTCTGATGTAATGTGTAATTACGTTTTAATTACTATGTAAAACATAGTAATAGAGTTTGTAGCTATATTGTTATTATATTGTTGTAACATTGGAATTACAACTATGGTAGTATTGGAAATGTGTTTTTGTATATTTCATGTACAGTATTTGTGTTAGTTATATACACTGTACACTTAATATGTGATTACAAACTTATCTTGGATGTAATTACTATGTTGTTACATTGGAAGATAGTATTTATAATATTTACTATGTAATAAAATTGTAATTACATTGTTAAAAGCAATGTAATAACATTGTAAGTACAATGTAATAAGCATTACTATGTATTAACAATGTAATTACTATGTAGTAACATTGTAATTACATTGTAAATACAACAAAATAATATTTATTAACAAATGTTTCTTTGTATATTGCATGTACAGTATTTGTGTATTTATAGGTGAATATATACAGTACATATGTAATTAGTCTTTTATTCAGAATGTAATGACATTGTCATTACATTATAAATACTTTGTAACAACATTGTAATTACATCGTTACAGCACTGTAACAACATTGCAATTACTATGTAATGACATTTTACTTACTGTGTAATAACATAGAAATAACCTTATAATAGCTTTGTAATACATTGTTATATCATTGTAATTCCACCTATGGTAGTATTAGAAAGTGTTGTAGTTACATTGTTACATCCAAGGTGATATTTATAAATGTAAATCTTTCTTTGTATATTGCATGTAAAGTACTTGGTTATTTGTAGTTGTATACATACATATACACAGAACACGTAATTAGAAACTTAATTACTATGTTGATATATTGTAACTACATCCAAGATAATATTTATTAACTTAAATGTTTCTTGTGTGCAATTACTGTGTCGTTACATTGTAATTACATAGCAGTCACATCCATGATAATAATTATAAATGTAACTATCTTATTAATTTGCATGTAGATTTTTAGTTATTTATAGTTGTATATGTAACTACACAGTACACGTGTAATTAGAACCTTAATTACTACATTGTTACATTTTAATTACATCCAAAATAATATTTCTAAACTTACATATTTCTTTTGTATATTGCATATACAGAATTCATGTATTTATACGAAAATATAAACAGTAAATATGTAAGTAGTGTCTTTTCTGGATGTAATTACATTGTCATTACATTATAATTAATATGAAATAATGTAATAACATTGTTCTGTCAATGTAATAGCATAGTAATTACCGTGTAATTATGGTAATAACATTGTAATAGACATGTAATAACATCAAAGTTACATTGTTATAACATTGGTATTACACTGTAATTCCATTGATATAACATTGTAGCTAGATTGTTATTACATTGTAATTACAGCTATGGTAGTATTTGAAATGTGTTTTTGTATATTTCATGTACAGTATTTGTGTGTTATAGTTATATACATTTAATATGTGATGACAAACTTATCTTGAATGTAATTACTATGTTGTTACATTATAAGATAAAATTTACAAACTTATGTTTCTTTGTTGATATCAAGTACAGTATTTGTGTATTTATATGTAAATATACACAGTACATATGTAATTACAAACTTATCTTGTGTGCAATTACTGTGTTGTTACATTGTTATTACATCAAAGATAATATTTATAAACTTAAATGTTTCTTTGTATATTGCGTGTACAGTATTTGTATATTTATAAACACATTATTATACATTATTAAAATACATTATTAAATACATTTATAAATATACACAATACATATGTAATTACAATCTTTTGTTTTGGATGTAATAATATTGTCATTGCATTATATTTACTTTGTAATTACATTGTCAGAGCATTGTATTTACATTGTTACTACATTGTTGTTACATTGTAAATACATTGTTTTAATGTTGTAATTACATCAGAGAAGTAATATGTATTTACAAACTTTTGCTTTATATGTATTTTTTATGTGTTTTATGTGTATTTTTATGTAATTACATACAGGAAATATGTAATTATGATACGTAAATGTGATACGTAATATGTGAATAGATGTAAAACCAAAATTGGTCATTCCAAAGAATCATGATTCATTTTGTTTCCCTGCAGAACTCAAAATAATGTTTTTTAAGCAGTGTTTACTTTGTTGACTTCCAATATATGGACAAAAACAAACACTGAGACATTTTTCAAAACATCTTATTTGATGTACACAAGAAGAAAATCAAACAGATTTGCAATGACACAAGGGTGAGAAAATGAAGTGAGAATTTTAAATTTTAGGTAAATATCTTACAGTTTAAGCATGTATAAAGACTCCCAGCCAGCTTTGTATTCAAGGATTAATGCATTCCTCACTAAATCAGTACTTTCTGAGACTTTAAAACAGACTTGTGTTGGATGTTTTCAAATAGCCAATCAGACATGTTTCTGTTGATCTTTTAACTGTTGAAGCCAATTAGATGCGTTTATATTAGTCAATACAATGTGGACTTACTGATGTAATTCTACATTTTTTTCTGTAATAATATTAATGTTTTCGTAATAATATTGTACAAAATTTTTCTGTATTGATATTGCAACCCTAAATTTCATTAAGTGCCATTGGTACCTCTTTCTTTAATATAAGCTTTAACAGTAAATCTGAATGATTAAAATCATTAGTTATTAAATTTAAGCATTTGACATGAATGATAACACAGATGCAGTTATTTAATATTAATAATTATAAAATTGCATTTACAATGGTTAAAATGCTCCTTCACGTCACTCGCGGGGAGAAAAAAAATCACCCCTTAAAGAAAAAATAATGTCACATTTCTGAAAAATCACTGCATGCAATATATGTTATTGTAATTTCAGAATTTGTGATATCAATTGATTATTACAG
Seq C2 exon
GTATGCGTCCCCCTGGCCCACCTCTCGCTCGACCCATCCTTCCACGAGAGCGTGGCGCTGTGGACAGAGTCATTGAGTATCTGGTGGGAGATGGACCTCAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006639:ENSDART00000133893:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.639
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]