BtaINT0081317 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018061 | KIAA1715
Description
Bos taurus KIAA1715 (KIAA1715), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075989]
Coordinates
chr2:20992747-21000838:+
Coord C1 exon
chr2:20992747-20992965
Coord A exon
chr2:20992966-21000732
Coord C2 exon
chr2:21000733-21000838
Length
7767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAAC
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TGTGTATATTTATTTACTAGGTC
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCAGAGATTCGTCAGCGAACTGCCGCTCAAAGAAACCTTTCTCCAACACCAGCAGGCTCCAGCCAAGGCCCTCCTCTGCAAATTCCAGTTTCTCCTGGACCACCAAAGGACACTTCAGCCCCTGGTGGACCCCCAGAAAGAACTGTTACTCCAGCCTTATCATCAAATGTGTTACCAAGACGTTTTGGATCCCCTGCTACTTCAGTGCCTGGAATGG
Seq A exon
GTAAACAGAGCACTTAATGTTATTTACAGTTTATATTGTTTTCTCTGGTTACCAATAAAACGGGCCATTTTCAGACAGTATGGAAATGGCATTTCATTTGGAAATAGCAGAGCAGTTATCTGATTAAGCAGGAGTTCCATATTCAATTAGCCATAACTCTTTACAGCTGGCACCTTGTGATACTGAAGCCTATTTCTTGAGCTCATTTAACTGTTATGGCTTCTTTGTTTAAATGGCAATAAAACTTTGTAGTATTCTGTAGTCAACAGTGTAGCATATCTTTATATTCAGCTTTAGAATGGCTCCAGATTTATATAAAATGAGGATAGAAGAGAACATTTTGGGAATGTATTCATGCTTTTTGCTAAACCCTTCATATATATTTTTAAACTTGACAGATTAACATTTCAGGAAGAATATTCATGTACTGTAGTGTGTAATGCTACTAATGTTAATGTGAGCTTGGTAGATTTTTTCTTTTTTTAAGCCGTAGAGCCTCAATATTTTCTGACAGATACTTTAACATAAAGTCCTATTGAATTAACATACTGCCTTTACTACTATTTCATCTCTTTGGATTCTCCTTTTTCAGTTTTGTAGATCTCTAGGGGAAGATCCCATTTTAGGAGTGTAATAGATTATATTACCCTGCAGCTTTCTTTTGGAGTATGATTGCGACATGAAAGTCTTCTTCTTCAGCAGATCACATTATTGTATGTAGAGTCCCATGTCAGATTCTTAAATATGATAGTAAATTATTTATTTTAGGATATTTAATTTTAATTTAGATTAATTTCATATTTCATGACTAATTACATATAATTTATGACTTTGAGCCTCATCAGAAGTTGATATTAGATATTCAGGGCATTTACATAGTCTTACTAAAATCAGTAAGCAATCTAAATGATACTAATACAGTAGATTTTTTCCCCCTCCTTTTTCTTTGAAAACAGCATAAGATTTTAGAAAACTAAAAAACTATTAATTTATAAATATATTATGAAAGCTAACTACAAATGAAATGAATACAAATCATAACTTTTAATTGTTGATTATTGAAAAAATACTTTTAAACTTAACATATAATGATGTCACTCAGGGCAATTGTATATTTTGTGAAATTGAGTAAATTGGTTGAAAATTTTTCATCTTTCATTTGTTACTGGTTGATTTGAGATACCCATGACTTGTAAAGCTCTTAATTGTTTAATGGAAGAACTAATTTTGTAAGAATGTATTTTGTATATCTATTTTTAAAGAAATTAGAGTTTATCAACTTATACAGAGTAATAAAAACTATATAATAGCACACGTAAGAACAGGGTTTCAGTAGCCTACCATTTCATGATCATGTAAACATAATATATTTTACTAAAGTTTTTAATTAGTTTCTGTGTAAAAGACTTTGTATTTAAGTTGTACATTGCCAAAAATGTGAGTGAGCTAAGTGATTTCTTATAGAGAAGATTAATAATTCATTTTTTCATTATGCCATATTTGTGAAAGAGAATCAATTTAATGTGTATTACCACAGGGCTCCCATATGTTTGAAAATTAATAACCAGCAGGTACTTGATAATTTGCCAAGCTGTGTAAAAATGACCAATATTCCTACAATGATTGCTCTTGATGTTTGTATTAATTACTGTTACCCGTAACAGCATGAATACAAAGATGTGTTATTTTAAAAGTTATTAATATGCAAGGGAGTTAAGATATTTTTATGAAATCTGTTGTTTTATTTATCCAGATTCCCTTATGGACATTTTCATTTTAAGTAGGTAGAAGTAAAATACTCCAGCAAAAGTTAAGCTGGCTTAAATGCTTTCAGAATTTAATTTGGCGTACTTATTTAAGTTGAAAGTTTGATAATGAGGGATGACACTTAATGTCTGCATTCAAGTTTATTTTTTGATGCTAGTGATTGAATGTTAAGTATGACTGTACTTAACATTAGCCAAAGAAATACCAATAGCCAATGAGATATGAAAAATGCACTTGATTCCTAATACTGAAAACTTATTTTAGAACCTAATTTCATTTACTAGCTATAATTCTATATCATTCCCCCCTTTTTAAGATGGTAACAGCCTTAAGATTTGTGACTATTTACAATGCAGATCTCTTATCTTTTAGAATAGTAATATCATATTGCTGCCCTAAAGTCATTTTTTAATGCTTTAAAGGTTTTGTCACAGTCATTTTGAAGACCTTTAATCCATGTATTGCAGGGCTTGTTTCAACAAGACCTCATTTTGTTTGGAAGTCTTCTACAAGGTCTCCATGTAAACGTCCATTGCTGCCTATCTTACTTTTATCTGGCCTTGATTTACAAAGGCAAACATCACATCTTGTTTATTTTATTCTCTAACTTTCTTCTCAGTGCCTTCTGTGTAGTCTCTAATTTTAGAATATCTCCTGCAAACAGTTCTGTTTCAGTTTTCAGAGATTGTGGAGTTACAATTCATAATTTTGAATGTGTAACTTTATTTTTGTTACTGTTTCTATATAATGTAATATTAACTAAATTCTAAGTTATTCCTCTACTCCTGACTCTCCATTCATCATCTCTGATACTGGCTAATTTATTATAGGAATACAATGTATCTCTCCATTTATTTAGATCTTCTCTAGTTTCTCTTAGCAATGTTTTGCAGTGTTCATAGCTTTTGTACCTTTTTTGATTAAATGTACATCTGATTATTTCATGTTTTTATCCTAGTTTAAATACTTTATTAACTGTTTCCATTGTTCACTGGTAATGTAACAGAAATTGATTTTTGTATAGTGATCTTATATCCTGTAATATTGCTAAAGTCACTGGTTCTTATAACTTTTATATAGATTCCATAATATATCCTAAACAGGCTTCAGATTGTTGGTGACTAAATACAATTCTACTTCTTCCTTTTAAATGTAGATTCCTTTCATTTCTTTTTCTTGCCTTATTACACTAGCTAGAATTTTCAGTGCAGTGTTAAATAGAAGTGGTGAGAGCAGACATCCTTGTCTTACTGCTGATCTTAGGAGGAAAGCATTTACCTTTTTACCATTCAACTCAGTGTAAGCTATAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATAGATAGCCTCTATCAGATTGAGAAATACCCTTCCATTCCTAGTTAGCTGAAGGTTTTTATCAGTAACAGATGATGAATTTTTTTGAATCTTTTTTTTACATCTATTGAGATGCTCTTATAGGGTTTTAGTTTAGTTATATATTTTTTTAATATCACTATTTCATATGGTGAAATACATTGATTGATTTTTTTTTTTTTAACATTGACTTTTTTTTAGACATTAAACCACCGTGCTTTCCTGAAGTAAATTTGACTTGGTCATGATGTTTTAATTTTTATATATATTATTGGGTTCAGTTTGTTAAAATTTTATTAGAAATGTGTACATCAATTTTCCTTAAAGATACTGGTCTGTTTTGTTTTTGCTTTTTGTTTTTTTTCTTGTAATTTTGTTTTATCTGTTTTCTTTATTTGTTTTCTTGTAATTTTTTTGGTTTTCTTGTAATTTTTTTGGTCTGGTTTTGGTATAAGAGTAATGCTGGCCTCAGTATGAGAAAGCGTTTTCTTGTCTTTAGTTTTATGGACAAGTTTGTATAGAATTGGTATTATTTCTTAGTAATAAATTTAAATGTTACAGGTTGAAGTGGCTAGGCCTGGTGTTTTCTTTGCTGAAGGTTTTTTCTTTTTTTAAAAAAAATTCAACTTTTTTAAAGAAAAAGAAACTACAGACCAATATCCTTATAAATATAGATGCAAAAATTCTTAACAAAATTTTAGCAAGTTGAAGTTTCTGTTTCTTGTTGAGTAAGTTTTGGTAGTTTGGTAGTCTTGAGGAATTTGTTTCTCCTAACTTACAGAATTTATTGGCATAAAGTTATTCATAATATACCCTTATTATTCTATGAATATCTTTACTATCTGGATTTATGTCATTTCTCTCATTGTTAATATTTTATATCTTTCCTTTTTATCCTGATTAGTCTGAGTAGAGCTTTATCAGTTTGGTCTTCTCAAAGAACTAGCTTTTCTCTATTATTCTAGTATATTTTTATTAATTTCCACTCTGATCTTTATTATTTCATTTATTCTGTTTACTCTGGGTTTCATTTGCTCTTTCCTTTTAGGTTCTTAAGGTAGAAACTGAATTCATGGATTTTAGATCTATCCTCGTTTGTAGGTGTTTAGCAGTATAGGTGTTTAGTGTTATAAATTTTCCTCAAAGTATTGTTTTAGTTGCATATCATACATTTGATATGTTGGTTTTTTGTTCTCATTCAGTTAAAAATACTTTCTAATTTCTTTATCTTTAAAGCTTGGATTATTTATATATTACTGAGTCTTCAAATATTTGAGTATTTTCCTGATGTCTTTTTGTTGCTTATTTCTAGTTTAATTCTGTTGTGGTCAGAAAACATACTTTGTATTATTGAATCTTCTTGAATGTATTGAGATTTATGTTTCAGACTATCATTTGTCTTGGTATATGCTTTGTGTTCACTTGGAAAGAATATATGTTTTGTTCCTGCTGGGTAGAATGGCTGTAAATGTTGATTGCATCAAGTTGGTTAAGTAGATAGTATTACATATCATTAATGATTTTTTGTCTGTTTATTCTGTCAGTGCTTGAGAGAATGCTGTTGAAATCTCCAGCTATAATTGTGTATTTATTTCTTTTTGTATTTCTTTTAGTTTTTGCATAATGTGTTTTGAAACTCTGTTATAATGCACATACATCATAGGTTTAGGATTATTATGTCCTCTTGATGAATTGACTCCTTGTCATTATGAAATTACACTTTTATCCCTGTTTATATTCTTTGCTCTAGAATCTACTTTGATTGCTATTAATACAGGTGCTCTAGGTTTCTTTTGAATAGTGTTAGTGTATTTATGTAGTTTTCCCTGTCATTTACCTTTGGTCTGTTTGTGTTTTTATATTTAAAATGGATTTTTTGTAAGCA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Seq C2 exon
GTCTTCATCCTCCTGGTCCACCTTTAGCAAGACCCATTCTGCCTCGAGAACGAGGTGCTCTGGATAGAATTGTTGAATATTTAGTTGGTGATGGTCCACAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018061:ENSBTAT00000024045:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.932 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]