HsaINT0087125 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144320 | KIAA1715
Description
KIAA1715 [Source:HGNC Symbol;Acc:21610]
Coordinates
chr2:176804280-176812420:-
Coord C1 exon
chr2:176812208-176812420
Coord A exon
chr2:176804386-176812207
Coord C2 exon
chr2:176804280-176804385
Length
7822 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAAC
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TGTATTTATTTATTTAATAGGTC
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATTCGTCAGCGAACTGCAGCTCAAAGAAACCTTTCTCCAACACCAGCAAGCCCTAACCAGGGCCCTCCTCCACAAGTTCCAGTATCTCCTGGACCACCAAAGGACAGTTCTGCCCCTGGTGGACCCCCAGAAAGGACTGTTACTCCAGCCCTATCATCAAATGTGTTACCAAGACATCTTGGATCCCCTGCTACTTCAGTGCCTGGAATGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTTCATCCTCCAGGTCCACCTTTAGCAAGACCTATTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTTTGGATAGAATTGTTGAATATTTGGTTGGTGATGGTCCACAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144320-KIAA1715:NM_030650:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.523
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)