RnoINT0085908 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001593 | Lnpk
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:RGD Symbol;Acc:1312042]
Coordinates
chr3:61443988-61449567:-
Coord C1 exon
chr3:61449370-61449567
Coord A exon
chr3:61444094-61449369
Coord C2 exon
chr3:61443988-61444093
Length
5276 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAAC
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TGTTTTTATTTATTTGCTAGGCC
3' ss Score
7.29
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATTCGTCAGCGAACTGCAGCTCAAAGAAACCTTTCCCCAGCACCAGCAAACTCTAATCAGGGTCCTCCTCCACAAGTTCCAGTATCTCCTGGGCCATCAAAGGACGCTTCAGCTCCTGGGGGACCGCCAGAAAGGACTGTTGCTCCAGCCTTACCCAGGCGCCTTGGATCCCCTGCTACTTCAGTTCCTGGAATGG
Seq A exon
GTAAACAGAGCACTTAATGTTATTTACAGTTTATATTGTTTTCTCTGGTTACCAATAAAGTGGGCCATTTTCAGACCGTATGGAAATGGCATTTCATTTGGAAATAGCAGAGCAGTTATCTGATTAAGCAGGAGTTCCATATTCAATTAGCTATAACTCTTTACAGCTGGCACCTTGTGATACCAAAACCTATTTCTTGAGCTCATTTAACTGTTATGGCTTCTTTGTTTAAATGGCAATAAAACTTTGTAGCATTCTGTAGTCTACAGTGTAGCATTATCTTTTTATATTCAATTCTTAGAATGGCTCCAGATTTATATACGGTAGGGATAGAGGGGAACACTTTAGAAAGTACTTATATTCCTTGCTAATTTCTCATACAGACAGTAAAACATGATAATTACCATATTTCAGGAAAAATATCCAAGCACTGTGTTGCCTGATGTTACTTTTGTAAATAGGAGCTAGTAGGTTCTTTTCCTTCTAAGTCATGGAACTGAGGCATTCTCTGACAGGGTTCCTTTAAGTTCTGTTAGGTGTGTATAGACCTGTAGATTTTATTCAGGGGTATAGCATACTTTGTTTTTATTATTGTGTGATTAGGGGTCGTGGAAATTCACTCTCTGCTTTAGCAGTGTCATTATTTCATGTGCATTTCAGATTTAATGTCAGGTTATTAACTAAGAATAAGCTATATTTGTGGTATTTAATTCTAATTCAGGTACTATAATATTTCATGACTAATTACTACTATATAACTAGAGTTTATAATGATTTGAGACTAGATACTACTAAAATCAGGTAGGTAATTAAAGGATTTATATAAATATAAAAAAACAATGTTACTTATGGTAGATTCTTGCTTATGTTCCTTTATAAACTCAACTGAGATTATAGAAGAGTAGGAAACTATTGATTTACAAATTAAAAAACTGACTACAAATGAAATGCATAAAAATTTTACAGCATTTAAGATGATTTTAATAATGCCTCATTTTTAGGTATAATGATAAAAATAGTCATATATTGTGTGAAATTGAGAAAGTTAAGTGGATTGAAAATTAATTTGAGATACCCATAACTTATAAATTCAAGTTTTGGTTGTTTAATGTAAGAACTTTGGTAAGAGTCTTTAACTCCCAATCAACTTAACCACACATAGTTGTAAGGACTGCACATTGTAGCATAGTGCTGTACAAGCACCTGTAGCTTAAACTTCATGTGTGTATAAACAAAGCTTGCTTTGCCTAAGCTTGTAATTGGCTTCTGTGGAAGAACTATTTGTATTGCACATTGCCAAAAGATGTGAAGGGGTTAAATAATTTATCATAGAGAAAGTTAATAATTCATTTTCTTAACCCATTTGCAAGAGAATCAATTTAATTTATATTATCACAGTGCTCCCATATGCTTGAAAATTAATAACCAGCAGGTACTTGATGGTTTGCCAAACTGTAAAAATGCTCAGTATCCCTATAATAATTGCTTTTGATGTTTGTTTACTGTTGCTCATGCAGCATGAGTATTAAGATACACTATTTTTAAAGTTACCATGTTATTTAACCAAGTTATTACCAGGCTGCAGAAAGCTTAAGATATTGTAATAAAGTCTTTTATGTGCCCACATTGCTTTGTGGACATGTTCACTTTAAATATGTAAAACAGTAAAATACTCCAGCAAGTTAGGGTTATGTAAATGCCTTGAAGTCTTAACTGGGAATGTAGGTCAGTGATAGAACGTTTGCTTCAGTGCTCTGTTAGCTGTACATAGATTTTTAAAAATATATTTTATGCATTTACTTTTTATTTAGCTAAGTATTTTCTAATTTCTGTTTTGATTTGCTTTGCGTACTGAGTTATTTAGATATAACTTAGTCCTAAATGTTTTGTTGAGTTCTAAGCTGTTTTCTGTTGCTGATTCTAATTCTTCTGTAGTCAGAAAATGTACTGTGCTGTTTGGAACTGATTAAATGTATTGAGACCTGTTTTATGACCCATTATGTCATGTCTTTGTAACTGCTTTCTGTCTGCTCGAATAAACATGTATTTATTCCTGCTGGGCAGAGCAGGTATACAAGTCCGCTAGGTAAGGCGGGTAGTAGTAGTGTTCAAGTCTTCTCTTTTTTCCTAATTTTTACAGATTTAATTTAATCGAATTACTGATAAAAAATTGTTAAAACCATCAACTATAATTTTATATTTGTCGTTTTCTTAAAGTTTTGTTAGTTTTGTTTTATGTGTGTAAAGCTTTGTTAGGATGCACCTACGTGTTTGATATGTTGTCCTTCAGTGAAAAGTGTCACATTATTCATTTATGTGTGGGCATGCATGGGTGTGTGCATGTGTATGGAGGCTCAAGGACAACTTGGGGTAATAGGTTCTCTCTACCATGTGGGTTCCAGAGGTTGAGTTCCGGTCAGCAGGTTTGCTGGTAAGCACCTCTGTCCCCCGAGCTGTCTTGCTGGGCCCTTGTTTTTGATAAGTTGATGCCTTTGTCATTGTGAAGTTTATAGTCATCCATGGTTTCCTATACTTAGTGTTAGCATATTTATATATTTTCTATAATTTTTTACTTAAGTTTATTTATTTTCCCTGTTTTTATTTGAAAAGTCACAGAGAGCATATAATGCAGTGAACAGTGCTTTTTATTCAGACAGACTGTTTCATCATGGGACTGTCTGCAACACATGAGCTGATGCCCTGATTGTGTGTGAGTGTGAGTTTAAATGTTCCATATGAAGTAAACTCATTTGTCCTATGCGTGTGCTTCCCTGTCCCTCATTTTCTCTTTTCCTTTGAATTGACTGTTTTTATGATTACATTTAACCTTTTCTTACTGCCGCATTGTTGCTAACACTGTCTCGGCATGTGATTTCAGTGGTTGTACTGAGGCTTACTTAGTAAGCCCTGCAGCCACAGTTGTTCAAGTGATGCAGGCCGTCTAGCATACAGTTTTAAAGGTCTGACAGTATATACTTAACGTTTTTCCTCTCCTGACCTTTGTGCTATTTATTTAATATTTTTAAAAAAGTTTACTGGATGTTCAGATATTATTGGGGATATTACTTTTATATTTTTCACTTTTTACAGTTAGTCTGCTACTTTTTATTTCCCTTTTGCTTAATTTTTACGTTTAATTTCTACACATATAATAAATATCCCTATTATTTTTTCTTTAATCAGTTATACAGTCTCACTATGTAAATTTGACTGGCTTGGAACTCGCTCTGAGTTCCAGAGTTAAACATGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATCAAAGGTGTTCACCCCCAAGCTCTGCCTATGTTTGTGACCCTAGCTCCCATGGAGGACAGAAGGAAGGCATTAGAGAGCCTGGAGGTACAGATGCTTGTGAGCCTTTGTGTGGGACCTTGTAAACAAATCCAGTGCCTCTGCAGGAACCACCCATGCTAATAGGAGAGCTAACAGACACCAAGCTCCAGTGCAGCCCACATCATTATATTTTTAATCTGTTGTCACTTTCTTTGGCCTCAAGGACTTTTTCGTAATGTAGTTTGACCAATGATAAATTCTTGAGTTTTGAACATCTGGAAAAAGACCTCATTTTGCATTGCCTTCATTTTAAAAAGATATTTATGCTGGATATATATTCTAGTCTGAGAGGTTTCATTTTCAAAATATTAAAGATAAGTTTCCCTTGGGCTTGTGCCTGATGACAGTCTGCTGCCACTCTTATTTCCTCTCCTCTGTAATGTACCCTTTGGCCTACTTCTAAGCAGCTTGCTCATTTTGGGAGGGTGGGGTGCAAAATTCTATGTCTTTGGGATTTGTTAAGATTCTTTGATATGTAGTTTTAAAACTTTCAAATTTGGAAAAATATGTATTTCTTAGTTATGTATTATTTTTCTTCAGAGAACTGTTTACTTGACTATTTGATATTGTTCTACAATTTACTGATCTCTGCCCCTTAGTTTTCAGTCTTTTTCTGTTTTATTTTGTATGTTTTCTATTGCTGTGTCTTCAAGGTCTAAATGCTTGTTTATCCCATCAGTTGGTTTTTTTAACTATATATTGTAGGCTTCATGTTTGAAGTTTAGTTTTGGTATTTTAGTTCTTTTCTGTCTTTACTTAATATACCTAGCCTTTCCACTAGAGTCTCAAGCGTGAATATAAATATAATAAGTATTTTAGTACTTTTGCCTGCCAATTCAGTCATATCTGAAACAATTTCTATTTTTTATTATATTTTGTATTTTTGTTTGTTTACATGGCTAGTATCTTTTGAATGCCAGACATTGCAAATTTAACAGGTATGCTTCTTTCCCCTCTTCTTCCTCCCTCCTTCCTTTTCTTCCCTCCTCTTCCTCTTTCTCTTCCCCTCTTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTCTTCTTCCTCCTCCCTCCTCTTCTTCTTCTTCAAGCTTTTCTTCTTTAACTCTTGGAAATAGACAATCATTCTGTGAATAGTTTCCTTTAATTTTTTGATGGAAAATTTTCTATTCTCAGATAGTTTCCTTGGGTGCTTGGGCTGATCTGTGATCTGCTCAGTGTTTTCATAATCCCTCTGGAGGTGTTTTTCCCCTTCATGTTAACCCTCTTCTTTGGCACTGTCATGACTGTCAGCTGCATTGATTTCCCCAGAATTCCAGCGCTGTCTTCTCAACTCTTGGAGACAGCTCTAGTTCCTCTGCTTACAAATTGTAAGAAAAGGCTGGGGGGGTGGGCAGTGATTGGGATGTAAAAGAAATCAATGTAAAATTAATGGAGAAAACACCCAGCAAAAACAATACAAACCAACAAAAGAAAAGACTGGGGCAGCTTCAAGGACTTGTCTTGGCTTTTAGTTTGTCAGTGAGATGTAACCTGTACTGCTTGACACGCGTGTTGTTAAATTCTTCATATATTTCTCTCTCAGTCTAAGAAGACAAACCTGGTCTGTTACCTGAGTCCAAAGTGGAAGTCTTCAAATCAGTGTCCTAGGCTTTCAGGAGCAGGCTATTTT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Seq C2 exon
GCCTTCATCCTCCAGGCCCACCTTTAGCAAGACCCGTTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTCTGGATAGAATTGTTGAATATTTAGTTGGTGATGGCCCACAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001593:ENSRNOT00000068018:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.556
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]