MmuINT0091675 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000009207 | Lnp
Description
limb and neural patterns [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918115]
Coordinates
chr2:74369933-74375558:-
Coord C1 exon
chr2:74375361-74375558
Coord A exon
chr2:74370039-74375360
Coord C2 exon
chr2:74369933-74370038
Length
5322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAAC
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TGTTTTTATTTATTTGCTAGGCC
3' ss Score
7.29
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATTCGTCAGCGAACTGCAGCTCAAAGAAACCTTTCCCCAGCACCAGCAAGCTCTAGTCAGGGTCCTCCTCCACAAGGTCCAGTGTCTCCTGGGCCAGCGAAGGACGCTTCAGCTCCTGGGGGACCGCCAGAAAGAACTGTTGCTCCAGCCTTGCCCAGGCGCCTTGGATCCCCTGCTACTTCAGTTCCTGGAATGG
Seq A exon
GTAAACAGAGCACTTAATGTTATTTACAGTTTATATTGTTTTCTCTGGTTACCAATAAAATGGGCCATTTTCAGACAGTATGGAAATGGCATTTCATTTGGAAATAGCAGAGCAGTTATCTGATTAAGCAGGAGTTCCATATTCAATTAGCTATAACTCTTTACAGCTGGCACCTTGTGATACCAAAACCTATTTCTTGAGCTCATTTAACTGTTATGGCTTCTTTGTTTAAATGGCAATAAAACTTTGTAGCATTCTGTAGTCTACAGTGTAGCATTATCTTTTTATATTCAATTCTTAGAATGGCTCCAGATTTATATATGGTAGGGATAGAGGGGAACGCTTTAGGAAGTACTTATATTCCTTGCTAATTCCTCATATAGACAGTAAAACATGACAATTACCATATTTCAGGAAAATATTCAAGCATTGTGGTGCCTGATATTACTTTTGTAAATAAGAGCTAGTAGATTCTTTTCCTTCTAAGTCATGGAACTGTAGTAGTATTCTTTGATTAGGCTCCTTTAAGTTCTACCAGGAGTGTGATAGATCTGTAGATTTTATTCAGGGGTATAACATACTTTGTATTTTTCTTTTTTTTAATGTGTGATTGGGGGCATGGAAATCCACTCACTGCTTTAGCAGGTGGCATTATTTATTGTATTTCCCCATGTCAGATTATTAAATAAGAGTAAGCTATATTTATGGTATTTAATTCTAATTCAGGTACTGTAGTATTTCATGACTGACTGTTATATAACTAGAGTTTATAATGATTTGAGACCAGATACTACTTTAATCAGGTGGATAATTTATGTAAATTAAAAAAAACCTAGTGTTACTTATGGTAGATTCTTGTATTCCTTTAAAAACTCAACTGAGATTATAGAAGACTAGGAAACTATTGATTTACACATTAAAAGAACTGACTACAAATGAAATACATAAAAATTTTACAGCACTTAAGATGATTTTAGTAATACCTCAAAATTTTATGTATAAATAGTCATATATTTTGTGAAATTGAGACAGTTAAATGGATTTGAAATAATTAATTTGAGATACCTATAACTTGTAAATTCAAGTTTTGGTTGTTTAATGTAAGAACTTTGGGTAAGAGTCTTTTAACTCACATGCAACTTGAGCACTCCCATAGCTGTAAGGACTGCGTTATAGCACAGGGCTGTACAAGCAGCTGGAGTTTAATAAAGCATGTTTTGCCCAAGTTTTTAATTAGATTCTATGAAAATACTGTTTATATTGTACATTGCCAAAAAATGTGAAGGAGTTAAATAATTTATCATAGAGAAGATTAATAGTTCATTTTTCTGTTTTAATATATTTGTAAGAGAATCAATTTAATTTATATGATCACAGTGCTCCCATATGCTTGAAAATTAATAACCAGCAGGTACTTGATAATTTGCCAAATTGTAAGAATGCCCCGTGTTCCCACGATAATTCCTTTTGATGGTTATTTACTGTTGCCCACGCAGCATGAGTATTAAGATATACTATTTTTAACGTTACCAGGTTATTTAACCAAGTTATTACCAAGTTGCAGAAAACTTAAAATACTTAAAAACTTAAAAAGCCTTAATAAAGGCTTTTATGTGCCCAGATTGCTTTGTGGACATGTTCAGTTTTAATATGTACAAGACTGAAATACTCCAGCAAGTTGATGTAAATGCTTTTAACATCTAACTGGGAATGTAGCTCAGTGGTAGAATGTTTGCTTACATCCTCTGTTAACTGTATACATATTTTTTATAGTTTTTATTTATTTTTATTTAGCTAAGTATTTTCTAATTTCTGTTTTGATTTGCTTTGCATACTGAGTTATTTAGATATAACTTAATCCTAAATGTTTGGTTGAGTGTTTAGCTGTTTTCTGTTGCTGATCCTAATCCTTTAATCAGAAAATGGATGCTGTTTTGAAACTGATTAAATGTATTGAAACCTGTTTTATGACCCATTACACAGTATCTTTGTAACTGCTTTCTGTCTGCTTGAGTAAACATGTATTTATTTATTCCTGTTGGGCAGAGCAGGTATGAAAGTCCATTAAGTAAAGCTGGGAGTAGTGAGTGTTCAAGTCTTTTCTTTTTTCCTAATTTTATGCAGATCAAATTACTGATAGAAAAATGTTAAAACTGTCAACTATAATTTTAGATTTGTCTTTTTCTTAAATTTATTAAATTTTTGTTAGTTTTGTTTTGTGTTGGAAGCTTTGTACGATGCACTTAAGTGCTTGGTATGTTGTTCTTTAATGAAAAACAGTCACATCTATTCATTTATGTGTGGGTGTGCATGGGTGTGTGCATGGGTATGGAGGTTAGAGGACAACATGAGGGCTTAGGTTCTCTCTACCATGTGGGCTCCAGAGATTGAATTCGGGCTATCAGGCTTGAGGGTAGGCACCTCTGTCTACTGAGCCATCATGCTGGCCCCTTGTTCTTGATAAGTTGATGCTTTTGTCATGGTGAACTTTGTAGTCATTCAAGTTTTCCTATACTTAGTGTTAGCAGATTTATATATTTTCTGTAATTTTTAACTTAAATTTATTTATTTTTCCTGTTTTCATTTAAAAAGTTATACAGAGCGTTTAATGAACAGTTGCTTTTTTTTTTTTCAGTCAGACAGACAGTTTCATCATAGGAGTGTCTGAAATTTGATGCAATGATTATGTGTGAGTTTGAGTTTAAATGTTCTCTATGAAGTAAACTCATTGGTCCTATGTGTGTGCTATCCTGTCCCTCATTTTCTCTATCCCTTTGAGCTGAAATTGTTTGACTACATTTAACCTTTTCACTGCCATATTGCTGCTAACACTTTTTTGACACGTGATTTTAGTGGTTGTACTGAAGTTAAGTAAATCTCTGTAGTCACAGTTGTTCAACTGATATGCCATCTCGCATACAGTTTTAAAGATCTGACAATAATATACTTATATTTTTCTTCTCTTGGCCTTGATGTTATTTATTTAGCATTATTTTTTAAAAAAGTTTATTGGGGTTTCAGATATTGCTGGGGATATTACTTTTATACTTTTCACTTTTTACACTTAGTCTGCTACTTTTCATTTCCTTTTTGCTTTTATTTTTACATTTTATTACTATACATATTATAAATCTCCCTTTAATTTTTTTCTTTAATCAGTTATACAGTCTTACTATGTAAATTTCACTGGCTTGGAACTTGTTATGTAAGCCATAGTTAACCATGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATCAAATGTGCTCACTCCAAGCTCTGCCGTATATATTTGTGCACCTAGCTCCCGCGAGGACAGAAGGGAGGCATTAGATGCTGTGAGCCTGGAGTTAGAGATGGTGGTGAGCCTTTGTGTGGGACCTTGCAGGAACCACCAAAGCTAACAGGAGTTAACCGACACCAAGATCTGCTGCAGCCCAAGTCTTTTATATTTTTAATCTATTGTCACTTTCTTTGGTCTTAAGGACTTCTAAAAATCATTCCCATACTGTTGTTTGACCAATGATAAATTTTTGTGTTTTGAACATCTGAGAAAAGACCTCATTTTGCATTGCCTTCATTTAAAAAAGACATTTTTGCTGGATATATATTCTAGTCTGACAGCTTTCATTTTCAAGATGTCAATGATAAGTTTCATTTTAGTTTGCACCTGATGAAAGTTGGCTGTCATTCTTATTTCCTTTCCTCTATAATGCACCTTTTGGCCTTCTTTTAAGCAGTTTGCTCATTTTGGGAGGGTGGGGTGCAAAATTATGTCTTGTGTTTGGGATTTGTTAAGATTCTTTGCTAACTGGTTTTAAAACTTTCAAATTTGGAAAAATATGTATTTCTTAATTGTGTATATATTTTTCTTTAGATAACTGTTTATTTGAATATTTGATATTATTCTACAACTTACTGATCTCCTCTGCCCCCTTAATTTTTGGTCTTTTTCTATTTTAATTTATATGGTTTCTATTGCTATGTCTTCAAGTACACAAATATATATAATTATAATTATATTATTAATTATTAATAACATGTTATATTACATATTTAATAATGTCTAAATACTTGTTTATCCCATCTGTTGATTTTTTTTTTTAAACCCTACATACTGTTGCGTTCATGTTTGAAATTTAGTTTTGGTATTTTAGTTTTTTCTCCATGTCTTTATTTAGCATACCTAGTCTTTTCACTAAATTCTCAAACATGTCAAGTTAGATATAATAAGTGTTTTAGGACTTTTGCCTGCCAATTCAGTCATATCTGAAACAATTTTTATTTTTTTCTTACTATAGTATTTTTGTTTCTTTGTTTACATGGCTAGTATTTTTTGAATGCCAGACATTGCAAATTTTACAATACAATACAAGAGGTATATTTCTCTTCTTCCTCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCCTCCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCCTCCTCATCTTCAAGCTTTTCTTCTTTAACTCTTGGAAATAGGCAATCATTCTGTAAATATTGTTTCCTTTAATTTTTTTGAAAGACAATTTTCTCTTCTCAGTTTCCTCAGATGCATGGCTGTAATCTACTGAGTGATAGTCCCTCTGGAGGGGTTTCTCCTTTTCTTTCCTCCACATTGACCTCCTTCTCTGTCACTGTCTTGTGAATTGAGCTTCATTGTCTTCTCCAGAATTCCGGTGCTATCTTCTCAACTCTAGGGACAGCTACCGCTCCTCTGGGTTTAGCCTTTTACCTCTGCTTACAAATTGTAAGAAAAGGCTGGGAGCAGCAATTGGGATGTAAAATAAATAAACGTGAAATTAATGGAGGAAAAAAATACCCAAAGCAAAACAAAACAAAAAAGACTGAAACAGTTGCAAGGGCTTATCTTGGTTTTTAGTTTGTAAGTGAAATTTAACCTATATTGCCTGACACACATGTTGTTAATTCTTCATACACTTCATATATTTCTCATAGTCTTTTGGGAAGATAAACCTGATCTGTTTCTCTGAGTCCAAAGTGGAAGTCTTCAAATTCGTATCATAGGCTTTTAGGAGTAGGCTATTTTAAAATTTAGTTAGTACAGAACCCAACATAGTTTCATACCCTAATGAATCATGTTGGTTGTTTTGGTGTAGTACATATGTAGTAGATTTTTATAGTATGGTAGGTTTAATGAATATTTAATATTGTACAGAGATTTATAAGAGTATTTTGTTGCTTTGTTAAAATCTTTTAAATGTTCTAACAATCTTAGACCACTTTGGAAGTTGAATTAAATCTTGTGTATCTTCTACATACAGGTTTCACGTGTTTTTATTTATTTGCTAG
Seq C2 exon
GCCTTCACCCTCCAGGTCCACCTTTAGCAAGACCCATTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTCTGGATAGAATTGTTGAATACTTAGTTGGTGATGGTCCACAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000009207-Lnp:NM_027133:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.560
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: