GgaINT0049403 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009283 | KIAA1715
Description
NA
Coordinates
chr7:17504426-17510462:+
Coord C1 exon
chr7:17504426-17504650
Coord A exon
chr7:17504651-17510356
Coord C2 exon
chr7:17510357-17510462
Length
5706 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAAC
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TATAGTTCATGTCTTCCTAGGTC
3' ss Score
7.46
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATTCGTCAGAGGACTGCAGCTCAAAGAAATGCTTCTACACCCACGCCTGCTACTCCTAAGCAAGGCTCTCCAAAATTGCTTGTTTCGTCAACACCGTCTCCCGATCTGCAGAGGGATGCATCTGCTCTTAGTGGACCACCAGAAAGAACCGCTGTGCCATCCTTGCAGTCAAATGTTCTACCGAGACGCCCTGGATCCCCTGCTACTTCAGTGCCTGGAATGG
Seq A exon
GTAAACAGAATGCTTACTGTTATTTACAGTTTATATTGTTTTCTCTGGTTACCAATAAAATAGGCCATTTTCAGACAGTATGGAAATGGCATTTCATTTGGAAATTGCAGAGCAGTTATCTGATTAAGCAGGAGTTCCATATTCAATTAGCCATAACTCTTTGCAGCTGGCACCTCTTGATGCTGAAACCTATTGCCTGAGCTCATTTAACTGTTATGGCTTCTTTGTTTAAATGGCAATAAAACTTTGCAGTATTCTGTAGTCAACAATATAGCATACCTTTTTATGTTCTTAGTTTAGAAGAACTCTACAGTTATATAAATCAGATATAGAGGAGAACACTTTCCGAATGCATTCATGTTTCTGGCTAAACCCTGCACATATTTTTTTTAACATGCATCTTGACATTTATTTAAATTTTTACTCCAGGAGGTATACTCAGGCAATCTATATTCATAGATTTTAAGTATGAAATATCAAGTATGCTAGAAGAATTGTCTGTGTCGTAGCTGGATTTTTTTCTTAAATTGCATGTTAGTTTGGTGCAATAGTCAAAAGTTTACCAACAGGTCAAAATCCTGTAGAAATGAAAGTTCCTTAAAACTTGGTATCGTATCCTGGAAGTATTTTTCCTTTTGTTTCTTGTCTCCTGTTGTGAAGGGATGGACTTAATCAAATGGAACACGGTTCAGAAGGGGTGCTAAAATTTGGGAGATTTTGAGAGAAGGAGTGTTTTTGTTCTGCTCATTGAAGGTGAAGCAGTAGGGGCCAGACCCAGCGTATCCATTTGTTGCGGAATATTTGGCAAGTTGGATCTCAAGACAATGAAGGAGATCACAGTCTCAAAAATGTAATCATAGAATCCTTGGAGTTGGAAGGGACCTTTAAAGGCCATCTAGCCCAACTCCCCTGCAATGGAACAGGGACACCACAGCTAGATCAGGTTGCCCAGGGCTATTCCACGGATTATTTTTGTGCCCACTTCTGGATGTGCTGCAACATGTCTGTGTCTCTTCTGTACTGAGGAATCCACATCTGGATGCAGTACTCCAGGTGAGGCCTCACCAGCGCGGAGTAGAGGGGCAGGATCACCCCTCTTGACCTGCTGGCCACACTTCTTTTGATGCAGCCCAGGCTACAGTTGGCTTTCTGGGCTGCAAGGGCACATTGCTGGCTCATGTCCAGCTTCCCATCCATCAGTACCCTCAGGTCTTTTTTGGCAGGGCTGCACTCAATCCTTTTGGGCCCCAGCTTGTATTTGTAGTGAGGGTTGCCTCGGCCCAGGTCTAAGACCTTGCACTTGAATTTGTTGAACCTCATGAGGTTCACCTGGGCCCACTGCTCTAGCCTGTCTAGGTCCCTCTGGATGGCATCCTATCCATGTCATTGAAAGTGATTTGGTGACTACATCAGCTAATTTCCTCAAGATTCTGGGATGCGTCTCATCAGGACTCATAGACTTGCGGATGTTCAGGTTCCTCAAGTGGTCATGGGGATGCAACTTGCCAAGATTCTTTTCAGCACCACTGTAATTTGGTGCAGTGTTCGTGAGTAGTGATGTTTTCTGCACTTTGTTAAGCCTTGTTACTGCTTAGTAATTGTTTACCTTTATTTTGAAACTGCTAAATTTGTTTTTATCCCTGAAGTGAACTATAATGGCAAGATATTAATACTTCTTGATTATCTTGAAGTACTGTAAATTAGCTTTGCACACCAAGTAAGTGGTCATTTGGGTTCAAAATGTGTTTACTGAGACCTGCTTATTGGAAATTCTTTAATGAGTTTAAAATCACATGTTCCTTCTCGGTTAAGATGCTGGGTTTATAATGAAGTATCAGAGATCTGCTAGTTTTGTTATTGGAAAAAAGAGTTGGGTACAATGAGTAAGCTGGATAAGTGTTAGCCTTTACTTGCAGAAAGGGTTTAGAGGGGAAAAAAAATTAGCTTGTTTAAAAGGACAGTTGCCAAGACTGTTAATTAAAATATTTAATGTAATTTTCATGATAATGCTTTATATGCATGTGCATTTTTTCTACTTAAACACACTGTTCTGTTGCAGCAATGTTCTGTTGTATACTGTAACTGTCAGTGTGAAAGCCTTGTTTTCTCTTGAATTTTCCCAAACCTTTCAAGCATATAAAATCTTAGTCATGTAGCTGTAGTGGGAAGTATGTAAATTCACTATCTGTAAGAGTAATATCATTGCCTCTAAGTTTATGCATGGCTTGCAACAAATGTGAATAGCCTTAATTATCTCTAAAGTAGAGAAGATTAATAATTCATTTTCATTATACTATATTTTGTAGAGGAGAATCAATTTAACGTGTATTACCACGGAGCTCCCATATGTTTGAAAATTAATAACCAGCAGGTAGTTGAGAGTTTGCCAAGCTTTGCAAAAATGACCAGTCTTTCTACAATGATTGCTTTTGATGTTCATATTAATTACTGGTGTCCATAACAGCATGAGAACTAAGATGGTTGGTTTGAGTTATTAGTAGGCAGGTAATTGAAGTTTTCCTTGGAGCATGTTGTAATGCTAGGTAGTTTTACTTAAATTTTACCTTTTTTAACTACTGGAGACTTTGTTATGATATATGGGGCATATAAAAATGTGATCTTTTGGATATTAATCAGTGTTTGAATACTAACCAGATAGTGGGGAAAAAAAACTGTAGAGTTTTTATTGCAGGTCATATCAGTTTTCCAAATCCTTGCCATTGCACTTATGTTGAACCTTGACCATTCACTTTTTCTTAAATGGAGACACTGAATTTTTTCTGTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTGAAGCCTTAGGAAATGCGTTTCGCTTGAAGTTTTCTCTGGACAGCCTTGGAAAAAATCTGTAAAGTGTAGGGTTCTGCCTAGTTAACATTGCAGTGAATTTGTTTTGGTGACTGCTTTGAGGTTTTTCTTAGTCTTAAGTACTACTTGTTTGCGGAATACAGGAATATGTTGAGCATGCTGATTTATATTTCCTGATTTCAGTGCTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATCATCCTCATTTTCACAAACGTTAAGAAAGAAAGTCTGTGTTTCTTGGAGGCATGTAAATTGTAGTATATGCTCATCAAATTTTATTGTTCTTGTGTAGATCAGGACAAACCCTTTAGATCAATTTTCCAGAATTGATGAGAGGCATTTTCTTTTAGATAAATTGCACCCTTAACGACAAGATGAATCTCATTCCCAGCGTAGGACTGTGAGAGGACACAGCTCCAAATGTTTGAGGCCTACTTTGTGAAACAGTTTGTTTTTTACCTTAGGAGATGCAGATACGTTACTACTGAACTTGAGGTTTACAACTGATAGTAGCGCATTTTGGCAGTGACTCTTCCCTTTGCTTACATCTGTGGAGGTTAGAAGATAGAAGGTTTGAGAGACAATTGCTGTCGGTTACATTTAATACTGTTTAAGCAGAATGCCCATCTTAAATCAGCTTACTAAGTGGCAAGACCTGCTGTGTTGTCTTTGCCTGCGTATACCCATAGCATACATAAATTTATCTTCTGTGAAGCTTGAGGTCTGCTTTTCTGAATTAGTTCAACTAATCCAATCTGTGAAACACATTTCCAAGAAAAATACTCGAATAGAGAATCAAAAGCTAAATGTGTGGTCACGGAAAGCCCTTCTAAGCTATGTGTTTTATATAAGTGTTTTTATTGGATATATTGAATAGTTACAATCCAGAACTCTTCCCTGGGAGAATATTAGTTGCTTTTTGGGCCTTGAGAATTTTACTCCTAAGGATTAAATATACTCAGTTCTTGCATGGCTTCAGATTACCCCACGTTGATTTTCTCCTTGGCATTCAGCAAAATCATAGCAACAGGACGAGTTGTCTGGAACTAATGTTGTATGTTGACCCATAAGGTTATAGCATTGTTCAGCTGTAAGTATTTTTTTTTTCCTCTATGATGTGTTAGAGGTTTAGTTAATGAGCTGCCAAATATGATTTCAAATGCTGTAGTAGCTTTCTCAACTTCTGAATGAGCTTTCAAGTATAGATATTAGTCTCCTGGGTCTGTGGGTGTAGCATGGTCTTTGTCTCAGGTAACTGTGTGAGATCCTGGAAGGAATCTCTCCTTATCATTAATGTGGATGAACTCTGGACTGAATAATCTGCAGAATCCTTACTCAACTAGAGAGTCAGAATTTAGGAGGCAATACTTAGGAGGAATGGGAAGTGTGTGTATTCTCACAACTCTGCCAAGTGTTGAAGCTGTAGAGCAGACTGCAGTTAGTGTCACCTCTAAAAAGAATCTGTAGGGCTAGGACATAAATTAATCTTGGGTAGTATAAGTGGTCTCTAAAGGACGTGTTCTCAGATTCTGTCCTTTAGGATGAGAAATCAGATATTTTCAGTTGGTAGCACTTATTTGAACTTAACCTGATGTGGATGTTGGCTGGTGATTGGACACACAATTAAGAGATTTAACTATAACTGATGAAACAGTTTTTCTAAGTGAACCATTGTCTGTAGCCTGCAAGTATGACGACGTGATATGCCAGTTCTGGGAGGCATACATATTGTTGTATAGAATTACTATGGATTAAAAGCAGTATTTCCTTTAAAATAGTAACCATTAACTAACAGGGAAGTGGAAGGCAGTATATGTTGCCCTATAATCTGATTAATGTGTTAAGTTTTTGAATGTACTGTAACTTATCTCATGTGTGTAAAATGACTTTTGGCCAGGAGTGTCCTCGATTTGAAGTGTTAGATATTTGAGTGGTCATTTTTATTGTATTTTGTTCGCTATGCCTAACTTCTTCTTTGTTAGGACTAGAAGTGAAGATAGAAGTATGGATGTAAGTGACATAAATGGAAATTGGTAGTTTATGATGGTCTTGGAGCAGACCAGAGGTTTTCAAACTTTGTCAAAAGAGAAGTGTGTGCCATTGCTGTGCTTTAATTGCTATATGTGAACAGAGATGA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Seq C2 exon
GTCTTCATCCTCCAGGCCCTCCTTTAGCGAGACCTATTCTTCCTCGAGAAAGAGGAGTTGTGGATAGAGTTATTGAGTATTTGGTTGGAGATGGTCCTCAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009283:ENSGALT00000015103:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.993 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]