HsaINT0087125 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144320 | LNPK
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21610]
Coordinates
chr2:175939552-175947692:-
Coord C1 exon
chr2:175947480-175947692
Coord A exon
chr2:175939658-175947479
Coord C2 exon
chr2:175939552-175939657
Length
7822 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAAC
5' ss Score
3.32
3' ss Seq
TGTATTTATTTATTTAATAGGTC
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATTCGTCAGCGAACTGCAGCTCAAAGAAACCTTTCTCCAACACCAGCAAGCCCTAACCAGGGCCCTCCTCCACAAGTTCCAGTATCTCCTGGACCACCAAAGGACAGTTCTGCCCCTGGTGGACCCCCAGAAAGGACTGTTACTCCAGCCCTATCATCAAATGTGTTACCAAGACATCTTGGATCCCCTGCTACTTCAGTGCCTGGAATGG
Seq A exon
GTAAACAGAGCACTTAATGTTATTTACAGTTTATATTGTTTTCTCTGGTTACCAATAAAACGGGCCATTTTCAGGTGGTATGGAAATGGCATTTCATTTGGAAATAGCAGAGCAGTTATCTGATTAAGCAGGAGTTCCATATTCAATTAGCCATAACTCTTTACAGCTGGCACCTTGTGATACTGAAACCTATTTCTTGAGCTCATTTAACTGTTATGGCTTCTTTGTTTAAATAGCAATAAAACTTTGTATTATTCTGTAGCCAACAGTACAGCATATCTTTTTATATTCAACTTTAGAATGCCTCCAGATTTATATAAAACAGGGATAGAAGAAAACACTTTTGGAATGTATTGATGTTTTTTGCTCAACTCCATACATATATTTTTAAACATGACAACATATTTCAGGAATAATACTCCTGTATTGTATACTTTTGTTAATGTGGGCTAGTAGATTTTTTTTTTTTAAGGCATAGAACCTTAGTATTTTCTGATAGATATTTTATAAAGCTCTATTAAATGAACATATTCTCTTTATTTCATAGATTATCTCTTTTCACTGTGGTGGATCTCTAGGGGAAGATCCCATTCTGAAGTGTAATAGACTATAGTACCCTCCAGTTTCTTTTGGAGTGTGACTGGGGCATGGAAGTCCACTGCTTTAGCACAGATCACATTGTTTTATGTAGATTTCCATGTCATATTGTTGCATATGTTAGTAAATTATTTATTTTGTTTTAGATTATTCTAATGTAGATTACTTTGTTATTTCATGACTAATTACTAATATATAATTAATAATGATTTTGAGGCTAGGCAGTAGCTGATATCAGGTAATCAGAGTATTTGTGTAGTAAAATCAATAAAAAATGGAAATGTCACTTAGTACAGTAGATGTTTTTCCTGTTTTCCTTCAAAAATGCAGCATAAGATTTTAGAAGACTAAAAAAACTCTTCATTTATTAACAAATTAAGAATACTGACTATAAATGAAATGTATACAAATCTTAAAACTTTTAAAATAGTTACATAAAACAATACTTTTAAATTTGACATATAATGACAATACTTAAGGCAGCCATATATTTTATGAAATTGAGAAAAGTTAAATTGATTGAAAATTACTAATGTTTCTGTTGTTATCTGGTTGATTTGAGATACCCATGATTTGTAAATTAAAATTCCTGGTTGTTTAATGAAAGAACTTTTTTGGGTGCGAATGTATGGATTATATACATTTGTATATCTAACTTATTTTAAGCAAAAAGTTTAGCAACATATAAAGTAATAAAAATTGTATTGCACATGTAAGAATAGGGCTATAGAAGGAATAATAGCCTAGATTTTATGATCATGTAAATATAACATGTTTTACTGAAGTTTTTAATTAGTTTCTGTGTGAAAGACTGTGTTTAAATTGTACATTGTCAAAAATGTGAATGAGTTAAATAATTTATTATAAAGAAGATTAATACTTAGTTTTTTCTTTATGCCATATTTGTGGAAGAGAATCAATTTAATGTGTATTACCACAGAGCTCCCATATGTTTGAAAATTAATAACCAGCAGGTACTTGATAATTTGCCAAGCTGTGTAAAAATGACCAGTATTCCTACAATGATTGCTTTTGATGTTTGTGTTAATTACCATTGTCTATAACAGCATGCATATAAAGGTGCATGTGCAAGAGGTTTAAGATATTTTTATGAAATCTATTATTTCATGTATCCAGATTCTTTTGTGGATATGTTCACTTTAAATATGTAGAAGTAAAATACTCTTGCAAGTTAAGTTGGCTTAAATGCTTTCCAAATCTAATTTGGCTTGCTTATTCAAGTTGAAAATTTGATAATGAGGGATGACCATGTCTGGATTCAAGTTTATTTTTTGATGATAATAATTGAATGTTGTTAGCACAAGTAAACCAGTAACTTAGCTGATGGAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTGAGACACAGTCTTGTTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGTCATGGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTACGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTGCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGGGCACCACCAGGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGGAGTTTCGCCGTATTGGCCAGGCCGTTCTCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCACTTTGGTCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCTGCCAGTGATGGAAACTTAAAAGTGTATTTGAGAGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCGGCACTTTGGGAGGCGGAGATGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACTAACGCGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCCTGGTGGCAGGTGCCTGTATTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTGGAACCTGGGAGGTGGAGGTTACAGTGAACTGAGATATCGCCACTGTGTCTCAAAAAAAAAACAAAGTGTACTTGATTTCTAATACTAAGAACTTGGTCTAGAACCTAACTTTTATTTACTAATAGCTATAATTTTGACATCAGTTGCCCTTTTATAGATGGTAATAGCCTTTAAGTTTGTGATTATTTACAAATCAAATTTCCTTTTTATTCCTTTAAATTATAAGAATTTAGTATAATGTAGTATTGCTATCCTAAAGCCATCTTGAATACTTGAAAGATTTTGTCATAGCCATTTTGAAACCCTTGTATCCCTATATTGCAGGGCATCTTCCAACAGGGTTCCATTTTGTTTCAGAGTCTTCTATGAAGTCTCCATGTAAACCTCCATTGCTGCCCACCTTATCATGTTCATTCTGTCTTGTTTTACAAAGGCAAACATCACATTTTATTTTATTCTGTCACTGTCTTCTCAGTGCCTTCTGTGTTGTCTCAATTCAGAGTATCTCCTGCAAATAGTTCTCTTTCAGTTTTCAGAGGTTATAGGGTTACAATTCATAATGTTTGAATGTGTAACTCTTTATTTTTGTTATTATTTTTATATAAAATAAAAATTATTAACTAAATTTTATGTGTTATTCCTCCACTCCCAACTCACCATTAGTATCTTATGATATTGTCTAATTTATTACATGAACACAGTATATTTCTCTTCACTTATTTATGTCATTAATTTCTTTCAGCAATGTTTTGTAGTGTTTGGTGTATAGATTTTGCACATTTTTTGGTTAAATTTACATCTAATTTCATATTTTAATGCTATTGTAAATGGTATTGTTTTATTAACTATTTCCAACTGGTTATTGCTAGTATATAGAAATACAATTGATTTTTGTATATTGCTCTTGTATCCTATAACCTTGATAAACTAATTTATTGGCTCTAGTTAGTATAACTTTTTTGTAGATTACATAGTATTTTCTACATAGCCACATTGTCTGAATAAAGAAAATTCTACTTCTCCCTTTCCAATCTGGTTTTCTTCTATTTATTTTTCTTACCTTATTATATGAGCTATAACCTTCAGTACAATGGTAATAGAAGTGCTAGGAGTGGACATCCTTGCCTTTTTGTTGGTCTTAGGGGAAAAGCAATTATTCTTTCACAGTTTTGCATGATGTTAGCTCTAGGGTTTTTTGTTTTAATAAATACTCCTTATCAGCTTGAAGTGCCCACCTATTCTTAGTTAGCTGAAGGTTTTCTTTTAAATCAGTAATAGATTGTGTATTTTTTCAAATGCTGTTTCTACATCTATTGAGATGTTTATATTGGGCTTTGTTTCTTTGTTTTAATGCCTGTTCATATAGTGAGTTACATTGATTTTTAAATGTTAAACTAACTTGCTTTCTTGGAATAAATCTCACTTGATCATGATGAATTATCTTATATGCATATTGTTGGCTTCGATTTGCTAATATTTTGTTAAAAATGTTTATATCAATACTCATTAGGAATATTGGGTCTGTGGTTTTTTTGTTTATTTTTTCCTTGTCATATCTTTGTCTGGTTTTGTTATCAGAGTTATCAGAGTTATGTCGGTTTCATTTCATAACGTTATGAGTAAGTATTCCCTATTCAATTCTCTGGACAATTTGTGTAGAATTGGTATTATTTCTTCCTTAATTTAAATGTTTCCTTAATTTTAAAGATATGACCAGTTGAAGCATCTGGGCCTGGTTATTTTTTTTTTTTTCTTCTGAGAGAAAAAGGTGTTTTTTTTTTTTAACTAAAAATTCAGTTTCTTTAAGAAAAACTGTGACCAATATCACACATGATCATAGGGGCAAAAATTCCTAACAAAATTTTAACATAATTATTTTTATCTTCTTGAGTGAACTTCGGTAGTTTGGTAGTCTTTCAAGGAATTCGTCCATTTTATCTAACCTATAGAATTTATTGGCATTAAGTTGCTTGTAATAGTCCCTAATTATTCTTTTAATGTTTTTACAATCCGTAGTTATGGCATTTTTCTCCTTTCTGATATTAATAGTTTGTATCTTCTTTTTTTTTTTTCCTGATTAGTCTGGCTAGAGGTTAACAATTATATTGATCTTTTCAAAGAACCAGCTTTTCTTTATTATTTTTGTATTTTCTGTTGTATTAATTTCCTCTCTGATCTTTATTATTTCTTTTATTCTGTACTTTGGGTTTCATTTGCTCTTCTTTTTTAGTTTCTTAATGTGGAAGCTGAAATTATGGATTTTAGTCCTATCTTCTTTTGTAATATAGGTGTTTAATATTATAAATTTTTTCTTTTAAGTATTGCTTTAGCTGCATATTATAAATTTTGATTTTTTTTCCATTTTCATTCAGTTCAAAATACTTTCTAATTTTCATTTTTTCTTTGAATCCTGGGTTATTCAAATGTATGTTATTTAGTCACCAAATATTTGGAGATTTTTCAGATGTTTATCTGCTGCTGATTTCTAATTTAATTATTTTGTTAGAAAACATACATT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Seq C2 exon
GTCTTCATCCTCCAGGTCCACCTTTAGCAAGACCTATTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTTTGGATAGAATTGTTGAATATTTGGTTGGTGATGGTCCACAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144320:ENST00000272748:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.519
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF100584=DUF2296=PU(31.4=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development