Special

DreINT0090630 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-401]
Coordinates
chr9:36698941-36714288:+
Coord C1 exon
chr9:36698941-36699090
Coord A exon
chr9:36699091-36714147
Coord C2 exon
chr9:36714148-36714288
Length
15057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
TCATCTTTTTTTTTTTTCAGGTG
3' ss Score
12.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTTTCGATTGACTTTCCAGCTGGGAAAATGTATTGGATCAGTTCCGCTAATGGCACTATCAACAGGTGCAATCTGGACGGCAGTGGCTTTGAGGTCATTGAAAGCATGAAGAGGGACTTAACTAAAGCCACGGCTCTTGCAGTCATGG
Seq A exon
GTAAGTGTCAGAGTGTCTGATTGTCTTCTCATTAGTCAGTCTTATGTCAAAGATTAACCTCAGTTAGGCATTCGGAAATGGTTGCTTATTGCTTGTGTTGAATCAGTGGCTGCTATTTTTATCTGCAGTTTTTTTCTACTCAATTACTGTTTGTTTGTCTATTTAGTGAGTTCTTTATTAAATTATTGCACTATGTTGCTGTGGTAACAAATAAGTCAAAATCAAAAGTGGTAGAAGAATGTGTAAATTAGTCTCACGTGGCCTGCCCACAAACCATCTGACTGGTTAGCGCCTGGCTGCCTTCTTTTATTTGTAATTTTCTTTTTTTTGTGGTGGTGAGGGGGTGCTGGGGGTTGATTGTATAGTGATTATAAGGTACCAGGCTGCAGCAATTAATGTGTTTCTAGGGAATAACTGGATTTTTCAAGGTTTGGAATTTTGCTGAGATGTTTTGTTTTAGGCGCTTGGTAACAATTGAAATAATTGCCATTTATTAATTGGGTCTTATTGTAGCAACACAGTCTCTTTGTGAAAACATACCCCTGTATACATTTCTGGATATCACCTTAAAAACAACCGCTACAAGGCGCTTCTGTTTCTTTTTGCACTATTGCTGGCTGCTTACCTCCTAGTGGATGGCTATTCCACTGTTACAGTTTGTCCAGTGGCTCGCCACGTATGTCAGTGGACTTGAGACGCAGGGTGGAGTTGACCATGGTGATTTAGTTCAAATCAGATGAAGAATGGTTCCAGAAAGCAGGTAAAACAAAAACAAAAGTCAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAGTAAATAATGGTGTGAGAACATGGGAACATCTAAAAACGGGGTATAAATTAGCCGCGATGGCATTTATTTTTCTAGATTTGGTTGGGTTTACAGTAGGGAAGGGGGTGATTGGATCAATTGGAAAAACTGCAATAAACATAGATCCTAGGAAGATTTCTATCTCCAGAAATGTATATAGGGTTTTGTATCAATAATGAGCCTATGTTAATTTGTAGGTGTCTTTGACTATTGTGTGTTAATGCTCTTGTATTCCAAAGCACTTTTATGTTTGGCCAGGTTGGATAGCGTTAAGTTACGTTTACATTTAGTTTTTTTTAGCATTCAAATATTTGATGTCAGAAAAAGAGGCAATAATGTTTATGAACATATAAGTTATTGTTTTTTTTTTATTAGGAGGAGGAATTTGTTTATTTTTTTATTTTTTTATTTTATTTTTTTTACAGTTGGTTTTTCAAGTCCACTTACCTATGTGAAACAAACTTCATTAATGCACAATGCGTTTGAATATATATATAGTGGTAGAAGAATGTGTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTATTATTATTTTTTTTTTTATGTTGAGTGATTGTAATGAATTGTCTGGTGCAAATGTCGGATAAAATTAGGGAGATGAATAAATGCACTTTCTACAGGTGGTTTGACAAGCCCACTTACTTGTGTGAGGCACACTCAGAACTACATAATGTTTTTAAGTTGTTGTGTGGCATGGTGGGGGGTTTGAAGAGGGGTCCTTGTTTTGTTTACATAGAAGTGATTCTGGAAGTAATGGGTTTTGTCATTGTCAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAGTGAATCAGCAGTTTATGTGGGACTGGAAAGACCTTTCCACCAGCAGACTTTGAACAAAAAAGGTTTTGGAAAGTGGCTTAGAAACTGATTTAGTGATATTAGTAGATTTAAGAATGAGTTGAAGTAGTAGTTGTATAGTAGTTGTATTTTTTGAAGTAGTAGTAAATTTATTTTTGCCATTTGAAGTAAGAGCAGGAGTTTCTTCATTAACTGAATGTACAGTACACCATTTAAATTTTCTGAAATCCATATTGCACAGTGGTTTCAGGCAGGATAAGCAACCAGTCTGGGGTTATTTATCCTACTTAAAATTAGTTTGAGCAAAAAAGTACCACAACTTAGAACCACAACTGGATACAATTTATTTGTATTCAATTGTAACTGAGGTAGTGGTGGAATAGATCAAGTCATACTAAGCTATGGTTCTCACCACAAGGCATATTCAATATAAATAGATAGAAAGTTTACAATTCATCTATAAATTAAAAACTTGTTGTCAGCTGGGTTCTCAACACCCCAAAAACTATGATGAGACACACAGATAACTGCAGTCTACAGTTCAAAGAGTTGTTAACCTTTGCTCATTTTTATAAAGCCAAACTTGCAAGTGAATAAAGTATTCAAATGTTGTTTAATATTCTGTCTGTGGTTGAAGTAAATTTATTGTGTCAGTTCTCCTAAATTAAACTCAGAACAAAGACAAAAATGACTTTTGGATCTGTGTGTAAAAGAATGCAAATATGGCAAATGTTAATGCTGGTAGTGCATGTAAATTTCAACATAGGCTCATTGGGGATATGTGGGCTACATTTTTAGAAACTAAAAAATACAAGCTCTGGCTGCATTTTGTGTTTAAAAAGATAGGGTGGTATGACACCACAGATAACTTATCTTCCTTTTAACTTTAGTACTGACCAATTATCTCTGTATAGATGGATTTTATAGTGAGATCAGTCTGCTTGGTAGGTTGCCTTGTATGGTGTCAGTCTTTGGATGCGGAGTGGACTAGTGTTGAAAGCAGGCAAAGGACAGTTTCAGAAACCAGGTAAGCAGGTTTAACAGGGTTAAATCGTGGTAATGTACATTTCTTTTCTAGGAAGGATGTGTAAATAGCACGCATGACCGATTGCACGTGTCTCAGTAACGTATGTGAGATTGTCTTTGAAAAACAAATAACTGTAAGCAGACGTTGCCTCTGCCATGTATTTTCGTAGCACATATTGTGGGCACAAATCTCCAATGAGCCTGTATTGGTAAATGTAGTAATTTTTAAATGAAAATTTAAATGTGATTTATTTTTATGTTTGCATTAGTTTTAAATGAACAGTACTCACATTTATTTGCAGATAAAATAAATTATGTAAATTTCAATATATAGGGATTGATGATACTAATATTAGTTGGGTCCCACGATTGTATAATTGACCTGGGACCTGTTTTATCTGTTTGTCAAAATAGTCAGTACTTCATCAGAATGAATTAATGGGATAGTTCTCCCCCCAAATGTAATCATGTTATTGATTTACCATTAAGTTGTATAGGATTATCTTAGTGTATTGTAAGGATGCTGACAACAGAGGTGAGGATTCATGTTCAGTTATTTTAATAAGAATAGTCAGACAGCCAATGGTCAAAATGAGTGAAAAATAGAAGCATAAAGGTAATTCAAAATACGTGGTCAGAATACAGGCAAAAAAAAAAGGCTAGGCGGCAAAGAATCAAAATGGGTTAACAAAGCAAGGATCGAAACATGGCTTGACAGACAAGGAAAAATGCTTAGTATCTTGCACATGGTAAAACAAGACTCAGCTATGTCTGTGTGTGTGCTATTTATATTGTCCATTTTGTCTTGAGTAGCTCCCAGCTGTGTGTGTAATCAATGAAGAACTGGAACAGGTGTGTGTGTGTGGTGCCTGAAGGGAGTTGTAGTTCATATGGTCTTAGAATTGTATAAGGGTTAGATCATTGGTTATTGTGAAACTTAGTTTAGTATCATTATGATTCAACCACTGACTGAATATGATTTATTTTTGTCAGTTACTTTTATAAAGATAACTGAATGTCTCAAGGGTTTGGCGATGACATGAGGGTGAGTAATAATAATAATAAAAAAAAACGATACATTTTGGGTGAATTATCTCTAGAAATTGAGCTCTTTTTGTGCTGATTGTCTTGGAAGTATGAATCTACAGTTGCATTGCTTCAGAAGGGTAATAGTAGATACATTCAAGCAATTTTGTCAAAAAAGCTTTACCAATTTCCATTTAGCCCTAGGAAGCACATGATGGAATAAGAATATAGAGCAAATTTTGGTTGCCTGAGGACTGTAAACATACATTTCAGTGATGGAGTCTTGAAGAGGTTTGATTGATTTAGCTTTATATAGAACCAAGATAATAAAGGCTGCCTTGGAAGATATCCATTTGATTCAACACAATCTTTAAACACACATTTTATGCTTACTGTATGACTCAAATGACAGCTTTTACCATAGGCCAGACGCTGTAATTCTCGGGATTATAGAAAATTTAGTCATGCTGGCAGCATCAGAAAGGCAGAGAGTTGCATAACATTTTTTAACCATGAAGTAATAAAAGCAGGAAAGCTTGTCAATGGGCACTTTCACTTTTTAATTTAGTTTGTGCTTTTATTATGTATTGCTTAAATGTATTACACTGTGTTTTAGACTACATCTGACATGTTTTCTCATATTACTCTCTACCTCTCTTTGCAGGTAGAAGCATATGCCCACAAATTATTCATTAGCATGTATTTATTTCCCTAAACCCCAGTTTTAACTGATTACACTGCCTTGATGCTACAAAGGTATTAATCTTGGGAAAACCTCTATAGTCACGTTCTATTTTAGAGCAGCTATGATGAGCTGAAAAACAAATGCAATTTGTAAGAAGTGGCGACAGACTCTTTTAATTAAACAAAGTTTGAGTCATTATTAAATTGGGAGCAGAATGCAAGGCTGCCATGAAGACTAATGGGTTACTTTCAAAGAAGTAGCACGGTACAGCAAAACAGCAAAATGATGCATTCAGTAGACGCTATCTATCACAATTAATAGGCCTTTGTATCGTAGAGGAAATGCCTTCCATTACTTCTGCAAAAACCTACGGGTCTGTAAAGTGAGCAGTTGTTTCTTATTTATAGTGTGACAAACTGCCAGAAATGTGTTTTTGTGCATGATTTCATTTTTTTAATTATTATTATTATTTCAAAACTGAACACACTTGCTGTTTGCTTTTTATACAGTAGT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Seq C2 exon
GTGGTAAGCTATGGTGGGCTGATGATGATCTGGCTCAGTTGGGGACGGTTGCCAAACGGGACGGACGAAACCCAGTGGTGCTGCGCAATAAGACCAGCGGATTGGTGCACATGAAGGTTTATGACCGAGATGGTCAGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061517:ENSDART00000139033:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(15.4=12.0)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]