HsaINT0096317 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168702 | LRP1B
Description
LDL receptor related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr2:140776098-140813806:-
Coord C1 exon
chr2:140813657-140813806
Coord A exon
chr2:140776239-140813656
Coord C2 exon
chr2:140776098-140776238
Length
37418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
AATATCTTTCCTTTTTCTAGATA
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAAGAAACTGTGGTGGGCAGACCAAAACTTAGCCCAGCTAGGAACCTGCAGCAAAAGAGACGGAAGAAACCCCACCATCCTACGGAATAAGACTTCTGGGGTAGTTCATATGAAAGTCTATGATAAAGAAGCACAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168702:ENST00000389484:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(10.8=7.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development