HsaINT0096317 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168702 | LRP1B
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:6693]
Coordinates
chr2:141533667-141571375:-
Coord C1 exon
chr2:141571226-141571375
Coord A exon
chr2:141533808-141571225
Coord C2 exon
chr2:141533667-141533807
Length
37418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
AATATCTTTCCTTTTTCTAGATA
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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ATTTCCTCTCATATATAATGTATTGGCCTAATTTTCACTACAAATTAATCATTTACTATGCATGATTTTGGCTCAGCTTGTGTTGTTCATTTGAAAAACATTGCTTCTTTCAGTTATGTATATCTTCCCAGTGTAGACATGTTTCATTATACCATATAAAAAAAATGCATTCATGAATATTTCCAGAAATCTCATTAGAAAAATTTTTAGGTATTAGGAAGCTGTCAGACTTACGGTATTGAGAGAAGTTTTCCAACACTCTAATCTTCATTTGAAAGCTTTAATTTTATCATTGAAAATAAATTATCTCAGTTTTCTTATATGACAGTTTTTATATTCCATTCATTTTTGAGTAAACATCTTTTAAATATTGAACTCTGAATAGCCATAGTCTGTCAGTCATTCTTCAAAGATAAAATGATGTTCTATGAAAAAAGTAGCTAATTCTTTTTGCAGTTCAAGCAATCTCATAAGACATTCCCTCCAGGCAACTGTATGTTGGTAGGCAGCAGAAGGACCTTATGCACTTTTCATTTTGTGACACAATATTAAAATGTCATGTCCTAGCTTTAATAAAATTAATAGTTTTTATTGATCAATTAAGGTAATTTTTAAGTAAAACTGGCATTTTTTTCCCCCTGTGAGTGCATGGCAGTAGTGAATTCAGTGATTCCTAGTACAGTTTAATGCTACTGGGCTTTCAAAACAAATATTCTACTAATCTTTTTTTTACTTTTTTCCTACCATTTTCTGAGGTTTCTTTGGTCTTTTTTCTCTATATTATGGAAGGTTGCCTCTACCATATTTTCTGATCATTCTATTGAAAAATACTTCTTGGTAGATTTTTTAATCTCTAAAGACTCTTCTTTTGTAATTGTTCATTTTTTACAGCATCTTTTACTTTCTTGAGGGGTATATGTACTAGAATCTCTTGAGTATGTTAATTAGATATTAGATAATTTAAAACAAAAGGATTTTTTCTAAATTATTATTTGTGCACCTATGTTTATCTTAGTGTTTATTTTTCATTGTGCTACTATTTCCCATTGAGCTGGAGATCCTTGATTTCCTGTGATGTTTAACAAAGAAGGACTGTTTATCTTTCATGGATGTCTTTTACCTTTATGAGAGTAGAAGTCTTTTCACTTGGTATCTTCCTTGAGGGGAGTTCTGCAAGGCATTCGACACTGTGACTTGTAGGTTTAGTTTCAGGAGGGACCTGGGGGCCAGGATTTGATTCCCATGAATGCTAGAATGAAGAGAACTGTGTTGCATGGCACCAGCTTTAATATTCAAAACCTCTTCACTGAGTATCTTAGAAAAGAGCTGTGGCTAGTTATTTGACACTTTTTATCAGCTGTCAGCCCTCTGTGAGCTAGGGGCAAAGGGCTAAGGAGATGGAGGTGGTATTACATGTAAAAATATCTTTAATTGCCCAAATAGAGTTAAATAACCTTATTTTAACTTCTAGGTAGAAATTGATTTGTGGTCTCAATTTGTGGCCATTAATTCTATTCTTCTTGATAAGTCTAAATCATTCAAATCCTTTTACATTATAACTTTATTTTAAATTACTGCATTGCCTTAAATGTTTTAAAGCCTCTCATGGAGTCTTGGAAAGAACACAAGTTTTTCAGATAGGGAGATGAAATATGTAAATTTGATTAAGTTACTTAATCTTCATAGAGTCTCAGATTCTTTATAAAATGAAACAATAATCATTTCCTTACAGTTTTGCTTTCACAATTTGAAATAATACAATAAGAGGGGGAGATCTCTATTTTTTTATCTGTGGCACACTGTAGATTCTCTGATATCAAATGAACACTCAGTAGGTGGTACCGGTATAAATTAATGCAATTTTGGAGAAAGGGTCACTAGAAGAAATAGAGAAGGTTAACAATTGTGAAGAGACCGGTAATGGAGAGCACACATGATCAAAAGCTTACACACTTTTAACAAATAAAAAGTGGGAGAACAATGTATATTTTATAATTGTTGTTTAGATATTTTGTTAGATTTTGCCATTTATTTACAAATACGTATCGTACAAAACTACATGATTATGTTTAAGTATGTAAATAATAAAAGCTGATTTTATATTAATTTGAAATACGCTTTTATTTACATCTATATACTTACATGTTATGTAAAATATAAGAATATTATATATTCTTTTCTAAGAAAAAGAAAAGTTAAATTGAAGAGTCTAACTGTAGAGGAGGAGGAAAGTTTGAACAATAAAATGTCACTACGAGCTGCATTTTTAAATGTGACAGTGATTTTACTGTTTCCCTTAGAAACAGAGTTTGGAAATATAACAAAAGAAATCAGAGAGTATTATAGTTTAGTAAGTATTTATTATTATTTAATAAGATAATTATACTTTCCTTTAAAAAATATCTTTCCTTTTTCTAG
Seq C2 exon
ATAAGAAACTGTGGTGGGCAGACCAAAACTTAGCCCAGCTAGGAACCTGCAGCAAAAGAGACGGAAGAAACCCCACCATCCTACGGAATAAGACTTCTGGGGTAGTTCATATGAAAGTCTATGATAAAGAAGCACAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168702-LRP1B:NM_018557:32
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(10.8=7.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)